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信息频谱法文献资料
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基于霍乱毒素B亚单位结构功能分析的霍乱弧菌基因分型
目的:描述和分类自然发生的霍乱毒素B亚单位DNA和蛋门序列的多态性.及时提供潜在有用的霍乱诊断、疫苗研制和流行病学信息.方法:采用生物信息频谱分析平台,同时包括Clustal W,MEGA和PyMOL分析法,对245个霍乱毒素B亚单位DNA和蛋白序列进行结构和功能及基因分型特性的研究.结果:所分析的霍乱毒素B亚单位的103个氨基酸区域有共同的信息频谱特征,其卡峰特征为F(0.3333,19),显示了霍乱菌株的霍乱毒素B亚单位的共同作用模式.霍乱毒素B亚单位蛋白的T681氨基酸残基关键变异明显增加了F(0.3333)的特征峰高.可能对"人类"作用的模式有较大影响.经过系统聚类分析,发现了19个霍乱毒素B亚单位DNA序列多态.基于以上结果和流行病学资料,提出了19个霍乱弧菌的霍乱毒素B亚单位基因型.霍乱弧菌古典牛物型参考株(569B)的霍乱毒素B亚单位基因型为1a(CTBgenotype 1a).霍乱弧菌埃尔托生物型参考株(N16961)和霍乱弧菌O139血清群的参考株(4260B)的霍乱毒素B亚单位基因型都为2a(CTB genotype 2a).结论:以上内容可对霍乱毒素B亚单位DNA和蛋白序列的多态性提供更好的理解;提供了对霍乱毒素B亚单位分子变异监测的一个技术和方案;可为今后预防和处置霍乱弧菌的感染和流行,进一步扩展了鉴别潜在的免疫、治疗和诊断的分子靶标的可能性.
