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游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中 DNA 甲基化差异基因的 MeDIP-seq检测
目的：检测游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中可能存在的DNA甲基化差异基因并探讨其可能作用机制。方法：原代培养肺成纤维细胞和肺泡巨噬细胞，建立共培养的矽肺体外模型，采用甲基化DNA免疫共沉淀测序技术检测分析不同染毒时间（0、24、48 h）的肺成纤维细胞之间的DNA甲基化差异基因，并采用DA-VID工具对检测到的甲基化差异基因进行KEGG的通路富集分析。结果：共发现8791个基因的DNA甲基化程度在3个染毒时间组中均存在差异，DAVID工具分析发现这些差异主要集中在代谢、环境信息过程、细胞过程、生物体系统、人类疾病相关通路等通路中。结论：矽肺形成过程中存在大量DNA甲基化程度发生改变的基因，且这些基因涉及多个通路。
关键词： 矽肺 DNA甲基化 甲基化DNA免疫共沉淀测序 -
MeDIP-Seq法检测冠心病患者全基因组甲基化谱
目的:探究冠心病(CHD)患者与健康志愿者全基因组甲基化的差异,从表观遗传学角度初步探讨DNA甲基化与CHD的相关性.方法:采用病例对照研究法,将受试者分为CHD组(CHD患者50例)和健康对照组(Health组,健康志愿者50例),采用甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq)法对两组受试者DNA进行测序,分析比较其全基因组甲基化的差异.结果:CHD组甲基化峰(Peak)的数量高于Health组,差异有统计学意义(P<0.05).Peak主要分布在5'UTR、Intron基因功能元件上.CHD组APQ1、SHB等基因启动子区域内的reads数低于Health组,其甲基化水平降低;而GRK5基因及染色体chrX上多个基因启动子区域内的reads数则高于Health组,其甲基化水平增高,差异均有统计学意义(P<0.01).结论:CHD患者全基因组甲基化水平高于健康志愿者,相关基因启动子甲基化水平的变化可能与CHD的发生有关.
关键词： 冠心病 DNA甲基化 甲基化DNA免疫共沉淀测序
