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鸡传染性支气管炎病毒LX4株mRNA5和mRNA6 cDNA的分子特征
本研究参照已发表的IBV基因序列设计合成了一对引物,经反转录-聚合酶链式反应(ReverseTranscription-polymerase Chain Reaction,RT-PCR)技术扩增得到我国地方分离株LX4 mRNA5和mRNA6的全部cDNA大小约1.7kb的片段.将该片段克隆并进行序列测定,与国内外部分参考毒株的相应序列比较分析发现:LX4 5a基因与已发表的国内外IBV毒株之间同源性很低,而这些参考毒株间5a基因同源性却很高(推导的氨基酸同源性在90%以上).5b基因与国内分离株D971同源性高.在所选的12株参考毒株中,LX4N基因推导氨基酸同源性与国内分离株SD/97/02高(94%),与HB次之(93%),与其他毒株核苷酸和推导氨基酸同源性在谮89%和92%以下.对已报道的N基因所编码蛋白的三个保守碱性区同源性比较发现,LX4在第66-88位与Beau、M41、H52及HB同源性均为100%.在第181-234位,推导氨基酸同源性与SD/97/02高(94%).在第334-373位推导氨基酸同源性与H120和ZJ971推导氨基酸同源性均为93%,与其他毒株在82%以下.同时还发现在C末端350-409位,LX4与H120推导氨基酸的同源性为100%,与HB次之(98%),与其他毒株在95%以下.以上研究结果提示:我国地方分离毒株LX4 mRNA5和mRNA6cDNA序列与国内其他分离株高,表明与国内其他分离株具有较近的遗传衍化关系.但在N基因序列比较及对N基因编码蛋白的局部功能区比较分析发现,LX4与H52和/或H120存在很高的同源性,这表明LX4的存在可能与我国应用IBV疫苗株H52和H120有一定的联系.
关键词： 传染性支气管炎病毒 mRNA5和mRNA6 cDNA 分子特征
