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白纹伊蚊Rh类糖蛋白基因的克隆与生物信息学分析
目的 应用简并引物RT-PCR和RACE方法获取白纹伊蚊Rh类糖蛋白(Aedes albopictus rhesus-like glycoprotein,AaRh)基因的全长cDNA.方法 根据冈比亚按蚊、埃及伊蚊等亲缘关系较近物种的Rb类糖蛋白同源性分析结果,在氨基酸高度保守区域184/343和219/337氨基酸位点设计2对简并引物,以白纹伊蚊雌蚊总RNA为模板,应用巢式RT-PCR扩增AaRh的基因片段.根据获得的AaRh基因部分序列,设计2对特异性引物AaRh GSP1、CSP2和AaRh GSP3、GSP4,应用5'RACE和3'RACE分别扩增AaRh基因的5'端和3'端cDNA片段,然后拼接出全长cDNA序列.通过在线生物信息学分析(NCBI和Expasy),对目的 基因序列进行生物信息学分析.结果 应用2对简并引物进行巢式RT-PCR,获得379 bp AaRh基因片段.应用5'RACE和3'RACE方法,分别获得AaRh基因5'端1008 bp、3'端822 bp cDNA序列,根据两个片段的首/尾共同序列拼接为1717 bp的基因片段.该核苷酸序列经BLASTn分析显示,与埃及伊蚊Rh蛋白的一致性高达95%,鉴定其为白纹伊蚊Rh类糖蛋白基因.AaRh基因具有完整的开放阅读框,其ORF从第128位到1516位含1389bp,编码462个氨基酸.Expasy在线生物信息学程序分析显示,白纹伊蚊Rh类糖蛋白是一个整合膜蛋白,跨膜11次,58aa-446aa具有铵离子通道的结构功能域;理论等电点(pI)5.37,分子量49775.10 Mr,1aa-26aa可能为分泌信号肽序列;含有4个潜在的天冬酰胺糖基化位点和17个线性抗原决定簇,翻译后可能进行糖基化修饰,提示其为糖蛋白.结论 成功获取AaRh基因的全长cDNA,生物信息学分析结果为AaRh蛋白的生物学特性和功能研究奠定了基础.
