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LncRNA与凋亡相关基因在小鼠肠缺血再灌后肠黏膜表达谱中的变化及共表达网络关系
[目的]研究小鼠肠I/R损伤早期肠黏膜中长链非编码RNA(lncRNA)的变化,建立差异表达的lncRNA表达谱及功能角色,并对lncRNA和凋亡相关基因进行编码-非编码基因共表达(CNC)生物信息学分析.[方法]采用lncRNA芯片高通量筛选小鼠肠I/R损伤早期肠黏膜中差异lncRNA的变化并用qRT-PCR验证芯片重复性,通过对与lncRNA同时差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)富集分析,重点分析凋亡相关功能.后,挑选差异变化的已知凋亡相关基因的mRNA,通过CNC分析计算出与之显著相关的IncRNA-mRNA关系对,构建差异lncRNA和凋亡mRNA共表达网络.[结果]与假手术组相比,肠I/R后小鼠肠上皮细胞lncRNA表达谱发生了显著变化,其中表达上调的lncRNA有1 503个,表达下调的lncRNA有2 099个(Fold change≥2,P＜0.05).同时,1 528个mRNA表达上调,1 630个mRNA表达下调(Fold change≥2,P＜0.05).GO分析富集指数得出,参与调控的功能主要与脂代谢过程、氧化还原反应、应激反应、凋亡过程、程序性细胞死亡、细胞周期、炎症反应、内皮细胞分化增殖、组织重构、MAPK、Wnt、血管内皮生长因子信号通路等有关.“凋亡”相关的子条目在上调和下调的GO分子功能条目注释中以不同形式多次富集,且排在前列.后生物信息学分析发现,凋亡相关mRNA与差异表达的lncRNA存在着显著的共表达网络关系.[结论]本研究筛选出小鼠肠I/R损伤早期肠黏膜差异变化的lncRNA,建立并初步验证了差异lncRNA表达谱,生物信息学分析得出调控“凋亡”相关过程是其重要的生物学功能,大量的差异lncRNA与凋亡基因确实存在高度的共表达关系,为后继研究提供了基础和方向.
