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采用MS-Fit进行肽质量指纹谱鉴定蛋白质时主要参数的优化
目的:为了优化肽质量指纹谱(Peptide mass fingerprinting,PMF)鉴定蛋白质时采用MS-Fit引擎搜索的分析参数.方法:将2-DE分离后的Carbonic anhydrase-2和BSA进行胶内充分酶解,肽段经过MALDI-TOF-MS分析得到PMF数据.选择Swissprot数据库,以Carbonic anhydrase2为模型优化搜索参数.结果:主要搜索参数的佳设置为:半胱氨酸修饰为Carbamidomethylation,肽质量容错模型为百分数,在研究中0.1%容错数为好.结论:本文通过标准蛋白对搜索主要参数的优化,建立了方便、可靠的MS-Fit搜索参数模式.
关键词： MALDI-TOF-MS PMF搜索 蛋白质 MS-Fit
