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环状非编码RNA文献资料
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头颈部鳞癌中FOXP3基因相关的竞争性内源性RNA网络分析
目的 探索FOXP3基因在头颈部鳞癌中的作用机制.方法 选取TCGA数据库中的279例头颈部鳞癌二代测序样本,利用cbioportal筛选样本中FOXP3的共表达基因;利用String数据库,建立FOXP3的共表达网络;利用DAVID数据库分析共表达网络功能;利用miRTarBase和StarBase数据库,筛选能够调控FOXP3的短链非编码RNA (microRNA)、长链非编码RNA(ln-cRNA)和环状非编码RNA(circRNA);后,利用Cytoscape软件建立FOXP3的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络.结果 在TCGA数据库的头颈部鳞癌样本中共筛选出FOXP3的共表达基因950个.(Spearman分数大于0.5)功能分析结果显示这些共表达基因的功能主要为免疫应答,T细胞、淋巴细胞和粒细胞激活等免疫相关功能.ceRNA网络揭示miR-31-5p和miR-210-3p能够靶向调控FOXP3基因.此外,XIST、TUG1、JRK和LINC00473等42个lncRNA和ZNF223_hsa_circ_ 000898和ISY1_hsa_circ_ 001090等31个circRNA能够通过ceRNA作用调控FOXP3.结论 成功建立FOXP3基因相关的ceRNA网络,并挖掘出42个lncRNA和31个cir-cRNA可能通过ceRNA作用调控FOXP3,可为头颈部鳞状细胞癌的分子机制研究和分子靶向治疗提供新的切入点.
