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caveolin结合基序文献资料
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SARS病毒蛋白中caveolin推测的结合位点
目的:获得SARS冠状病毒蛋白与caveolin-l蛋白相互作用的信息,识别病毒蛋白中可能的caveolin-1结合位点,为SARS冠状病毒蛋白的功能研究以及设计抗SARS病毒的药物和疫苗提供线索.方法:基于3个caveolin结合基序,采用氨基酸基序搜索方法预测SARS冠状病毒蛋白中可能与caveolin-1相互作用的区域,并用分子模拟和分子对接的方法进一步证实它们之间的相互作用.结果:通过生物信息学分析,在SARS冠状病毒蛋白中发现了36个caveolin结合基序.经过分子模拟和分子对接,获得了SARS冠状病毒蛋白与caveolin-1相互作用的8个结合位点.这些caveolin-1结合位点分别位于repli case 1AB、S蛋白、ofr3蛋白和M蛋白.结论:caveolin-1可能是SARS冠状病毒蛋白结合的一个靶点,它们之间的相互作用可能与SARS冠状病毒的感染、复制、装配和释放有关.
