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基于左归丸作用于高糖负荷小鼠胚胎细胞RNA-seq数据的3种差异基因分析方法的比较与分析
目的 以具体实验数据为例探讨在使用RNA测序技术时如何选择恰当的数据处理方法.方法 以左归丸作用于高糖负荷的小鼠胚胎的转录组数据为例,分别运用目前通过转录组数据进行差异表达基因分析常用的cuffdiff、DESeq-2、edgeR 3种数据处理方法对数据进行了处理.结果不同的数据处理方法得到的差异基因数及后续的分析结果均出现了明显的不同.纵使基于共同的计算理念,参数选择的不同除了导致差异基因数的不同之外,差异基因在组间的差异程度上也会受到很大影响.这种差异会导致对相应研究目的的阐释出现偏差.结论 在运用生物信息学恰当地处理和分析RNA测序技术带来的海量数据时,根据研究内容选择恰当的基因表达差异分析方法至关重要.
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三年生白木香机械伤害转录组学研究
国产沉香为瑞香科(Thymelaeaceae)植物白木香(Aquilaria sinensis (Lour.) Gilg)含有树脂的木材.白木香树体只有在受到伤害等胁迫,才在伤口周围的木材内产生倍半萜等沉香类物质,但是伤害如何诱导沉香倍半萜生物合成途径至今尚未揭示.为揭示伤害诱导白木香结香的分子机制,本研究应用RNA测序技术对机械伤害后的白木香木质部转录组进行测序,研究其基因表达谱,挖掘其功能基因.本研究共获得40295条表达序列标签(express sequence tags,EST),平均长度305 bp.经序列合并拼接,获得22095条单基因簇(unigene).通过核苷酸和蛋白质序列等方面的同源性分析,表明其中61.6％(13611条)与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性.通过功能分类研究(GeneOntology)和代谢途径分析(KEGG)获得参与沉香倍半萜合成的序列26条(编码7个关键酶).这些基因的发现为研究沉香倍半萜化合物的生物合成途径及伤害诱导沉香形成的分子机制提供了基础数据.
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原发性局灶节段性肾小球硬化的转录组学研究
转录组学是从RNA水平研究基因表达情况的学科.目前用于转录组数据获得和分析的方法主要有基于杂交技术的生物芯片技术和基于测序的RNA测序技术,这些方法的出现使得对细胞、组织表达谱的高通量分析成为可能,通过这些方法可以获得许多与疾病相关信息.原发性局灶节段性肾小球硬化(FSGS)是导致成人及儿童激素抵抗肾病综合征和肾衰竭的常见原因之一,其病理生理机制至今仍不清楚.因此,有必要对其发病机制进行深入研究.近年来,数项FSGS的转录组学研究结果相继发表,进一步了解FSGS的致病机制提供了重要信息,本文就其在FSGS中的发现做一综述.
关键词： 原发性局灶节段性肾小球硬化 转录组学 生物芯片技术 RNA测序技术 -
RNA 测序技术在筛选食管鳞癌差异表达基因中的应用
目的：构建食管鳞癌组织与配对远癌旁正常食管组织的差异表达基因库。方法应用RNA测序技术及差异分析软件筛选并分析食管鳞癌与癌旁正常食管黏膜的差异表达基因库，通过Real-time PCR验证部分差异表达基因。结果应用RNA测序技术检测发现，食管鳞癌与配对癌旁正常食管组织间共142个（93个表达上调，49个表达下调）差异表达基因。其中，与增殖相关的基因16个（11个表达上调，5个表达下调）；与细胞迁移功能相关基因9个（7个表达上调，2个表达下调）；与细胞黏附相关基因12个（均表达上调）；与血管生成功能相关基因2个（均表达上调）；与凋亡相关基因6个（4个表达上调，2个表达下调）。通过Real-time PCR方法检测其中5个差异表达基因，证实癌及癌旁正常组织mRNA表达水平间差异有统计学意义，且上调或下调趋势与RNA测序结果一致。结论应用RNA测序技术成功构建食管鳞癌差异表达基因库，差异表达基因与肿瘤的增殖、迁移、黏附、血管生成及凋亡等生物学行为密切相关。
