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基于ITS序列的藏药“川布”的分子鉴定研究
目的:对常用藏药川布进行品种整理.方法:野外实地考察,经典分类学鉴定,植物核糖体DNA内转录间隔区序列测定与分析.结果:确定西藏产川布的2种基原植物为大戟科大戟属的高山大戟Euphorbia stracheyi与大果大戟E.walli-chii;前期基础工作表明,在甘肃藏区所使用的川布,基原植物为甘肃大戟E.kansuensis;序列分析显示,高山大戟E.stracheyi与大果大戟E.wallichii的完整序列(ITS1-5.8S-ITS2)总长度均为646 bp:其中ITS1区为261 bp,ITS2区为221 bp,5.8S编码区为164bp;高山大戟E.stracheyi的ITS 1区序列在72号位具有1个杂合位点(C/G).结论:nrDNA ITS区序列在藏药川布及来源于大戟属的中药品种的鉴定中具有很好的种间分辨率,可用于川布及其相关品种的分子鉴定.
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用核糖体RNA ITS区序列寡核苷酸探针鉴定临床常见真菌
目的:建立一种快速鉴定临床常见真菌菌种的方法.方法:选取真菌核糖体RNA的ITS区为靶基因,设计通用引物和种特异性探针,将3个属的6种临床常见真菌(白色念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、新型隐球菌、烟曲霉和黄曲霉)的种特异性探针加尾后固定于硝酸纤维素膜上;用标记生物素的真菌通用引物扩增11种医学真菌DNA,产物与固定在膜上的探针杂交.结果:通用引物可以扩增所试11种医学重要真菌的DNA,扩增片段长度约为560 bp.6种真菌扩增产物只与其对应的探针杂交.结论:此方法快速、简便、特异,适合常规实验室开展.
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药用植物束花石斛、流苏石斛及其形态相似种的PCR-RFLP鉴别研究
目的建立简易的采用rDNA ITS区作为分子标记对中药石斛的基源植物进行分子鉴定的技术.方法用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法获得ITS片段的限制性图谱.束花石斛及其形态相似种的PCR扩增产物用Cla I和Apa LI酶切,流苏石斛及其形态相似种的PCR扩增产物用Sph I酶切.结果根据预测的PCR-RFLP图谱,可以鉴别药用植物束花石斛、流苏石斛及它们的形态相似种.用这种方法鉴定了市场上收集的25件商品束花石斛、流苏石斛新鲜药材的原植物.结论 rDNA ITS的PCR-RFLP可用于鉴定石斛药材的原植物,具有简便、费用低的优点.
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基于核糖体DNA ITS区和COX1基因鉴别华支睾吸虫囊蚴
目的 基于核糖体DNA ITS区和COX1基因,PCR鉴别鱼体内华支睾吸虫囊蚴. 方法 于2013年5月底采集广西横县某水库的麦穗鱼,用消化法从鱼肉组织中分离单个华支睾吸虫囊蚴及其他吸虫囊蚴;PCR检测华支睾吸虫核糖体DNA ITS区和COX1基因,并分析检测的灵敏性和特异性. 结果 分离到不同发育阶段的华支睾吸虫囊蚴并经PCR检测证实.用针对核糖体DNA ITS区和COX1基因的PCR均能检测到单个华支睾吸虫囊蚴DNA,其特异性扩增条带大小分别为437/549、156/249和195/166 bp.用核糖体DNA ITS1和ITS2区的通用引物和特异性引物扩增华支睾吸虫囊蚴DNA的阳性数之比分别为0.905和0.952.针对COX1基因的特异性扩增均检测到目标DNA,并且扩增条带较亮.用该方法对其他吸虫囊蚴检测的对比试验显示特异性引物均未出现任何非特异性扩增反应;用ITS区通用引物检测其他吸虫囊蚴则显示出严重的非特异性扩增反应. 结论 通过形态观察结合PCR法识别出了不同发育阶段的华支睾吸虫囊蚴.用华支睾吸虫核糖体DNA ITS区的特异性引物进行PCR检测的灵敏性和特异性均优于相应通用引物.针对COX1基因的特异性PCR检测的灵敏性和特异性与核糖体DNA ITS区的检测结果相当.
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4株产抗肿瘤活性物质喜树内生真菌的鉴定及其主要代谢产物HPLC初步比较
采用MTT法测定了4株喜树内生真菌发酵产物的体外抗肿瘤活性,4菌株发酵产物分别对HL-60、HeLa和HepG2肿瘤细胞株增殖有一定抑制作用.通过PDA培养基上菌落、菌丝和孢子形态观察以及ITS区(包括5.8S r DNA)核酸序列分析,4株喜树内生真菌被鉴定为链格孢属(Alternaria spp.)真菌.HPLC分析显示4菌株主要代谢产物存在差异,说明植物内生真菌遗传代谢的多样性.内生真菌代谢产物是天然产物的丰富来源.
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8种病原真菌DNA条形码的构建和应用评价
目的:构建我国8种重要病原真菌DNA条形码数据库,评价rDNA-ITS区在系统发育学中的价值.方法:进行8种病原真菌的ITS区序列测定和序列分析,使用NJ法和BI法构建种系发育树.结果:ITS序列在2株须癣毛癣菌和2株红色毛癣菌之间完全一致；而在不同物种的真菌间,该序列存在数十到数百个核苷酸替代差异.依据ITS区构建的医学真菌系统发育树与传统分类学一致.结论:ITS区适合作为我国重要医学真菌物种鉴别的DNA条形码.
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核糖体DNA ITS序列分析在药用植物研究中的应用
药用植物核rDNA是高度重复的串联序列,由于同步进化的力量,大多数物种中这些重复单位间已发生纯合或接近纯合.5.8SrDNA把核rDNA的内转录间隔区分为ITS1和ITS2两部分.由于ITS序列变异较快,能够提供较丰富的变异位点和信息位点,已在药用植物鉴别、道地性研究、栽培与野生药用植物遗传差异分析、较低分类阶元的系统发育和分类研究中发挥重要作用.
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密脉鹅掌柴居群的ITS1和ITS2分子鉴定研究
目的 对密脉鹅掌柴3个居群内的ITS区DNA序列进行生物信息分析.方法 采用ITS区特异引物ITS4/ITS5对密脉鹅掌柴3个居群进行PCR扩增并测序.结果 密脉鹅掌柴的ITS区全序列总长为658bp,其中ITS1、5.8S和ITS2序列长度分别为223bp、164bp和223bp.在ITS1、ITS2片段上,3个居群的密脉鹅掌柴种间K2P小遗传距离均大于种内K2P大遗传距离,NJ系统发育树也显示3个居群的密脉鹅掌柴均可与Genbank数据库中鹅掌柴属17个外源种植物鉴别开,其中ITS2和ITS1序列上分别具有2个和1个有效鉴别位点.结论 ITS1和ITS2序列均适用于密脉鹅掌柴的DNA条形码,且ITS2比ITS1更适合密脉鹅掌柴的分子鉴定.
