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龙骨马尾杉PcHDR1基因克隆及序列分析
该研究采用RT-PCR方法对龙骨马尾杉Phlegarirus carinatus (Desv.) Ching 1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-焦磷酸还原酶[1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate reductase,HDR1基因PcHDR1的编码区进行克隆并利用生物信息学方法进行序列分析.根据实验室已获得的龙骨马尾杉转录组数据,从中获得1条编码HDR的转录本,采用RT-PCR方法获得该基因的全长cDNA序列,所克隆的PcHDR1基因编码区长为1 437 bp,编码478个氨基酸残基,GenBank登录号为JQ957845.PcHDR1与银杏Ginkgo biloba的HDR序列同源性高,达78％.生物信息学预测PcHDR1蛋白没有跨膜区,具有LytB保守结构域,不含信号肽.该研究克隆并获得了龙骨马尾杉PcHDR1基因的编码区序列,并对其编码的蛋白进行了序列分析及结构域预测,为进一步研究HDR的功能奠定基础.
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铁皮石斛1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-焦磷酸还原酶基因的克隆与表达分析
目的 从铁皮石斛Dendrobium officinale中克隆1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-焦磷酸还原酶[1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl-4-diphosphatereductase,HDR]基因,并分析其在铁皮石斛不同组织中的表达差异以及不同信号分子诱导下的表达模式.方法 采用RT-PCR和RACE等方法获得铁皮石斛HDR基因(DoHDR)全长,利用DNAMAN和MEGA6.0对其他物种的HDR基因编码的氨基酸序列进行同源性分析和进化关系分析,使用实时荧光定量分析HDR基因的表达模式.结果 成功获得DoHDR基因,GenBank登录号为KC344827,全长1 658 bp,编码460个氨基酸,与其他科属植物的同源性达到80％以上.DoHDR基因在铁皮石斛叶片中表达量高,从高到低依次是根、茎、原球茎;且受到脱落酸(abscisic acid,ABA)、水杨酸(salicylic acid,SA)信号分子的诱导.结论 从铁皮石斛中获得DoHDR基因,为进一步阐明铁皮石斛萜类化合物合成途径中该基因的重要作用奠定了理论基础.
