首页 > 文献资料
-
鸭肝炎病毒基因组3'末端序列的克隆和分析
用3'RACE和RT-PCR扩增并克隆鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)Ⅰ型毒株C80和Ⅰ型变异株E63的3'末端序列.分析结果显示,C80株和E63株基因组3'末端均包含1 359 nt的3D、终止密码子TGA、长314nt的3'UTR,而poly(A)尾分别含18个A和19个A.由2株DHV 3D核苷酸序列所推导的3D蛋白均含453个氨基酸,均包含KDELR、DxxxxD、GxxCSGxxxTxxxNS、YGDD和FLKR等小RNA病毒RNA聚合酶的特征基序,该结果进一步证实Ⅰ型DHV属于小RNA病毒科的成员.两株DHV与小RNA病毒科9个已知属之间3D蛋白的氨基酸序列同源性为16%～37%,介于属间3D蛋白的氨基酸序列同源性范围(18%～60%)之内;此外,Ⅰ型DHV的3'UTR在小RNA病毒科是长的.用3D蛋白进行进化分析的结果表明,Ⅰ型DHV可能属于小RNA病毒科的一个独立的病毒属.
-
牛肠道病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用
牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV)是2011年在我国部分牛场新发现的一种消化道病毒病病原,因此亟需建立针对BEV快速、有效的检测方法.本研究根据BEV 3D基因保守序列,设计并合成一对特异性引物,建立了检测BEV的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法.该方法与引起牛的病毒性腹泻的其它几种牛的病毒均无交叉反应,检出敏感度达7.13×101拷贝/μL,比常规RT-PCR检测方法高10倍.应用该方法检测了3个规模化奶牛场送检的41份奶牛腹泻样本和3份气溶胶样本,腹泻样品阳性检出率为39.02％(16/41);3份气溶胶样本均为阳性,表明该方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可同时检测大量临床样本,本方法为BEV的早期快速诊断和定量分析提供了技术支撑.
关键词： 牛肠道病毒(BEV) 荧光定量PCR 检测 3D基因
