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基于功率谱的流感病毒蛋白质序列结构分析
基于经典HP模型,本文采用离散傅里叶变换获取蛋白质特征,利用分层聚类方法进行蛋白质序列的结构分析.其目的是将自动信号频谱分析技术与层次聚类方法相结合,并应用到蛋白质序列结构分析中.通过流感病毒HA和NA蛋白质序列的实验结果表明:应用该方法可得到非常好的分类结果.这些研究为基于大数据的蛋白质序列的自动信息提取和结构分析提供基础.
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树鼩膜转运蛋白ATP结合盒转运体A1cDNA和蛋白质结构分析及其组织表达
目的 获得不易感动脉粥样硬化动物树鼠句的膜转运蛋白ATP结合盒转运体A1的cDNA和蛋白质序列,鉴定其组织分布,探讨其是否参与树鼠口勺独特的高密度脂蛋白代谢.方法 以树鼠句肝脏mRNA反转录获得的cDNA一链为模板,应用SMART-RACE技术,获得树鼩ATP结合盒转运体A1 cDNA序列并推导出其氨基酸序列,应用实时聚合酶链反应技术分析树鼩旬ATP结合盒转运体A1 mRNA在各组织中的分布情况.结果 获得的树鼩ATP结合盒转运体A1 cDNA序列全长为7 762 bp,其中开放阅读框架6 786 bp,编码2 261个氨基酸的蛋白.该蛋白与人ATP结合盒转运体A1的长度相同,二者在氨基酸水平上高度同源(95%).多组织表达谱显示树鼠句ATP结合盒转运体A1在多种组织中广泛表达,其中表达量高的依次为肺脏、肝脏、肾脏和脾脏,这与人和小鼠ATP结合盒转运体A1在肝中高表达而在肺和脾中低表达的分布有很大差异.结论 树鼩ATP结合盒转运体A1组织表达谱的特点有可能增加其在体内的浓度和数量,从而可能间接增加高密度脂蛋白的合成.
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生物信息学及在寄生虫学上的应用
人类基因组计划及模式生物基因组研究产生了大量的基因组信息,对如此巨大且具有高度复杂性的生物数据的管理和分析产生了生物信息学这门新的学科.生物信息学的主要研究对象是DNA及RNA序列和蛋白质序列.本文重点介绍了生物信息学的概念、研究对象、研究内容、研究方法及其在寄生虫学上的应用.
