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融合基因芯片数据上下文特定网络的重构
目的 在特定类型细胞或特定环境条件下,已有的全基因组代谢网络中的部分反应并不参与到实际的代谢过程中.为反映特定条件下生物体代谢系统的工作状态,本文提出一种重构上下文特定网络的新方法,用来构建特定条件下的代谢网络.方法 首先根据基因芯片数据中蕴含的PA Calls信息,由基因-酶-反应之间的调控关系,计算出在表达层面上为“Absent”状态的反应集合.然后使用一个混合整数规划模型,从全基因代谢网络中删除表达为“Absent”状态的反应及其关联反应,在满足计量平衡等约束条件下,寻找与表达层面吻合优的网络,即为特定条件下的上下文特定网络.结果 重构了肝脏和心脏两种组织的上下文特定网络.实验结果表明,两种组织的上下文特定网络存在很大差异性,尤其在某些具有组织特异性的代谢功能上,如胆汁酸合成等.结论 融合基因芯片数据信息的上下文特定网络重构方法,能够有效构建反映特定条件下生物体代谢系统状态的上下文特定网络.
