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基于医院信息系统的多学科诊治肿瘤数据库系统设计
目的 针对肿瘤的多中心诊疗、病历数据繁杂等特点,设计了一种对肿瘤临床数据可进行有效管理、信息共享、查询统计及数据挖掘的数据库系统.方法 通过导出医院信息系统(hospital information system,HIS)中所需的信息到中间数据库,运用ASP.NET技术对中间库进一步过滤,将数据整理为具有结构化、标准化字段的肿瘤数据库.结果 本系统实现了病历分析、统计,并采用基于模糊数学的方法实现了临床辅助决策.结论 该系统可规范医生诊治流程,有利于多科室共同治疗,体现了多学科一体化模式在诊治肿瘤中的医疗价值和社会价值.
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肿瘤数据库及组织库的建设
随着肿瘤研究的日益深入,肿瘤组织库的重要性逐渐显现,世界各地都建立了肿瘤组织库.作为肿瘤组织库管理系统和肿瘤临床资料收集、管理者的肿瘤数据库在组织库建设以及肿瘤研究中具有重要的作用.近十年来,我国的肿瘤数据库和组织库开始出现,仍处于起步阶段,存在着诸多问题,建立标准化数据库和组织库具有十分重要的意义.
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利用公共数据库挖掘肿瘤关键基因
目的：利用公共数据库挖掘肝癌发生过程的关键基因，为后续的功能验证奠定基础。方法以肝癌表达谱芯片数据GSE33006为例，采用免费开源的R/BioConductor分析工具，介绍基本分析步骤，对肝癌表达谱数据进行分析。结果芯片数据GSE33006中，差异表达基因有2134个，同一基因在癌组织和癌旁组织具有不同的表达模式，说明该基因与肝癌相关；同一基因在不同的癌组织表达存在差异，说明肝癌存在异质性。结论在公共数据库中挖掘肿瘤关键基因能为研究者提供生物信息学信息，能减少研究范围。
关键词： 肿瘤数据库 基因表达 R/BioConductor 数据挖掘 -
肿瘤标本库的建设与发展
肿瘤标本作为恶性肿瘤疾病信息及研究资源的重要载体,在基础医学、转化医学及临床医学研究中扮演着不可替代的角色.国外已在上世纪末逐渐建立多种标准化的肿瘤标本库,我国的肿瘤标本库建设起步较晚、现存问题较多.建立起标准化的肿瘤标本库对我国恶性肿瘤的研究具有重要作用.
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基于数据挖掘分析PTGER3在肠型胃癌中的表达及临床意义
目的:探讨PTGER3在肠型胃癌中的表达及临床意义.方法:从GEO数据库的GSE29272数据集中下载58对肠型胃癌组织和癌旁组织的基因表达谱数据,筛选出差异表达基因,并利用DAVID数据库进行基因的功能富集分析.采用WGCNA软件对差异表达基因进行权重基因共表达网络分析,以挖掘出肠型胃癌发生发展过程中的关键调控基因.分析关键调控基因表达水平与肠型胃癌预后的相关性,并在Kaplan-Meier Plotter数据库中验证其预后意义.结果:共获得393个差异表达基因,DAVID功能富集分析显示它们主要涉及ECM受体相互作用、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路和癌症信号通路等.PTGER3是癌症信号通路上的一个重要成员,在肠型胃癌组织中的表达明显上调.差异基因的共表达网络分析发现PTGER3是模块枢纽基因,与胃癌的发生发展关系密切.GSE29272数据集和Kaplan-Meier Plotter数据库的生存分析均显示PT-GER3高表达与预后不良显著相关(P=0.034;P<0.001).结论:PTGER3表达上调可能参与了肠型胃癌的发生发展,而且其高表达提示患者预后不良.
