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长角血蜱细菌群落结构及多样性研究
目的 了解长角血蜱细菌的群落结构及种群多样性.方法 应用Illumina Miseq PE300二代测序技术测定长角血蜱细菌16S rDNA基因的V3～V4高变异区段序列,分析其细菌的群落结构、种群多样性、优势菌群以及常见病原菌的分布.结果 获得用于分析的序列和OTU数目分别为1 070 624条和145 479个;香农多样性指数的稀疏曲线接近平台期,说明此次测序的深度合适,可充分代表长角血蜱细菌的实际种群结构.长角血蜱微生物优势菌群依次为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门,其中以γ-变形菌纲相对丰度高.长角血蜱的“核心微生物群”,聚集成2个“蜱簇”,GⅠ和GⅡ簇分别有21和11个特有微生物群.发现菌群中存在大量致病菌和条件致病菌,但未检测到螺旋体和支原体.结论 野外长角血蜱携带的微生物物种组成和丰度均表现了较大差异性.
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宁波地区人群肠道菌群的特点及对结直肠癌与癌前病变发生和发展的影响
目的 探讨肠道细菌在健康人类、大肠肿瘤患者和大肠息肉患者之间的差异,分析微生物对大肠息肉及大肠肿瘤的发生、进展的影响.方法 样本来源于常规做肠镜检查患者的粪便以及术前愿意参加实验的患者,分为3大组:肠镜检查健康组、息肉组和大肠腺癌组,同时以高血压为独立的考察因素,健康组和息肉组又各分为高血压和非高血压2个亚组,样本经过DNA提取后,16SrRNA基因全长扩增和V3、V4区PCR扩增,采用DGGE预评判提取DNA质量,采用高通量测序技术分析各样本中细菌的种类和丰度,并通过主成分分析探讨不同分组患者肠道细菌的多样性和群落结构差异.结果 不同分组患者的肠道细菌具有较高的多样性,在获得的所有OTUs中,厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门分别占44.9％、28.4％、18.6％和5.5％,这4门的OTUs累计占97.4％.这些构成了大多数样本中的优势菌,但不同样本中优势细菌的组成有显著的区别.各分组的多样性指数统计分析发现,不同组之间的多样性指数差异不显著.健康人肠道细菌群落结构与肿瘤患者有着显著差异,结肠息肉患者的肠道细菌群落结构与健康人群的肠道细菌群落结构差异显著.健康组中非高血压和高血压组的肠道细菌群落结构差异无统计学意义,结肠息肉组中非高血压和高血压组的肠道细菌群落结构差异无统计学意义.结论 肠道菌群的变化可能影响或导致结肠息肉和结肠肿瘤的发生、发展,观察肠道菌群的变化有助于研究结肠癌发展的微环境及机制,而高血压对健康人和肠道息肉患者的肠道菌群变化的无显著影响.
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鼻咽癌患者在放疗过程中鼻咽部细菌群落结构的动态变化
目的:探索鼻咽癌患者在放射治疗过程中鼻咽部细菌群落结构的动态变化情况.方法:取7例鼻咽癌患者在放疗过程中不同时点的鼻咽拭子样本,利用T-RFLP技术对其鼻咽部菌群结构进行分析.结果:在放疗不同时点的鼻咽拭子样本中共获取115种末端限制性片段(T-RFs),其中以放疗前的数目多(91种),放疗结束时少(49种),片段62 bp、65 bp、77 bp、120 bp、146 bp、253 b p、333 bp、398 bp、400 bp、469 bp所代表的菌群贯穿于整个放疗周期中.鼻咽部菌群结构随放疗时间变化而改变,至放疗结束时T-RFs数量下降46％,香农指数(H)下降5％,均匀度指数(E)增高5％,辛普森指数(D)变化趋势不明显.结论:放疗可影响鼻咽癌患者鼻咽部菌群的生长,致群落中的T-RFs数目减少,优势细菌分布发生变化,菌群结构多样化程度下降.
