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Ion Torrent PGM测序技术在MPN患者临床诊断中的方法学建立
目的:探讨通过自主设计定制的MPN致病相关基因的多重PCR引物试剂盒,使用Ion Torrent PGM第二代测序平台快速和准确地获取MPN患者基因突变信息的可行性和可靠性.方法:收集2015年1月至2015年10月就诊于南方医院血液科,经Sanger测序法检测JAK2V617F+和(或)CALR+、Ph-的10例MPN患者骨髓标本,然后使用Ion Torrent PGM第二代测序复核检测骨髓并对比两种方法结果的一致性.结果:Ion Torrent PGM第二代测序检测JAK2 V617F、CALR和MPL就这3个基因而言,所有样本CALR基因52 bp缺失均未被检测出,其余测序结果与Sanger测序结果完全一致.结论:L on Torrent PGM测序平台检测MPN患者多个基因突变,方法上具有可行性,能满足临床检测需求.本研究方法在1-2d内可完成23个基因突变检测,具有灵敏、特异、快速、高通量及低成本的优势.
关键词： 骨髓增殖性肿瘤 基因突变 Ion Torrent PGM 测序 -
子宫内膜异位症不孕女性腹腔液菌群构成及TNF-α与IL-37水平研究
目的 探讨子宫内膜异位症(endometriosis,EMs)不孕患者腹腔液中的微生物菌群及其肿瘤坏死因子α (TNF-α)和白介素37 (IL-37)水平的变化.方法 采集内膜异位症不孕组(T) 29例和对照组(C) 19例女性的腹腔液(peritoneal fluid,PF)标本,分别进行基因组DNA提取后Ion Torrent PGM平台测序检测微生物菌群和酶联免疫吸附试验(ELISA)检测IL-37及TNF-α水平.结果 EMs不孕患者和对照组女性PF中均发现了多种菌群存在,在菌门水平上主要分为变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteriodetes、放线菌门Actinobacteria、梭杆菌门Fusobacteria,其中Proteobacteria为主要菌群,占60％以上的序列,软壁菌门Tenericutes只在对照组中检出1例,各菌门在两组间差异无统计学意义(P＞0.05).EMs不孕妇女腹腔液中TNF-α和IL-37水平分别为(75.87±8.47) pg/ml、(372.03±68.02) pg/ml,高于对照组(57.76±8.29) pg/ml和(261.37±52.78) pg/ml (P＜0.05);EMs不孕组Ⅲ～Ⅳ期TNF-α的水平为(83.47±4.73)pg/ml,显著高于Ⅰ～Ⅱ期(74.29±8.26) pg/ml (P＜0.05),IL-37的水平在二者中差异无统计学意义(P＞0.05);内膜异位症不孕组中两者存在正相关关系(r=0.569,P＜0.001),对照组中两者不存在相关关系(r=-0.247,P=0.522).结论 EMs不孕患者和对照组女性腹腔液中存在多种菌群,EMs不孕组中TNF-α和IL-37含量增高可能在EMs不孕症的发生机制中起到重要作用.
