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2型、5型腺病毒DNA与12型腺病毒DNA、大肠杆菌DNA序列的对比研究
目的 通过对2型、5型人腺病毒DNA(Adv2、5 DNA)与Adv12 DNA及大肠杆菌DNA(EC DNA)序列进行对比研究,确定Adv2、5 DNA中能够拮抗细菌DNA的可能的活性片段--抑制性CpG寡核苷酸(CpG-N ODN).方法 从NCBI核酸数据库中获取Adv2、5、12 DNA和EC DNA序列,采用DNATools、BioEdit等软件对Adv2、5、12 DNA和EC DNA进行序列分析和比较,确定Adv2、5 DNA特征性的CpG基序,查找出Adv2、5DNA中以上述CpG基序为核心的12碱基寡核苷酸(12-ODN).结果 确定了19种Adv2、5 DNA特征性的CpG基序,Adv2、5 DNA中以这19种CpG基序为核心的12-ODN共504条.结论 504条12-ODN可能是Adv2、5 DNA的CpG-N ODN.
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拮抗细菌DNA的CpG-N ODN筛选
目的 在抑制性CpG寡核苷酸(CpG-N ODN)分子设计的基础上,选择部分序列加以合成并对其生物学活性进行鉴定,筛选出能够拮抗细菌DNA的CpG-N ODN.方法 对合成的10条CpG ODN进行生物学活性的初筛和复筛,观察其自身的刺激性及其对CpG-S ODN诱导的TNF-α释放的抑制作用.使用RNAstructure version 3.71预测CpG ODN的二级结构及自由能,根据10条CpG ODN构效关系分析结果,对CpG-N ODN分子进行再设计,并从中选择11个序列进行生物活性的筛选.结果 首次合成的10条CpG ODN仅1条是对细菌DNA拮抗作用较弱的CpG-N ODN.通过对其构效关系进行分析,推测CpG ODN的生物活性可能与自由能相关.在此基础上对CpG-N ODN分子进行了再设计,合成的11条CpG ODN中有5条是拮抗作用较强的CpG-N ODN.结论 获得了6条CpG-N ODN.CpG ODN的生物活性可能与自由能密切相关.
