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Id蛋白N末端突变体真核表达载体的构建及其三维空间模型预测
目的:构建Id家族蛋白N末端突变体的真核表达载体,并模拟其突变前后的三维空间模型.方法:用带有突变的引物从质粒中扩增出两段突变序列,用拼接PCR的方法将两段突变序列合成一条N末端包含两个突变点的Id序列.应用Swiss-PdbViewer3.7(SP5)软件模拟其突变前后的三维结构模型.结果:构建了一系列Id家族N末端突变体的pcDNA3.1(+)真核表达载体.预测出其三维结构的变化.结论:构建Id蛋白家族N末端 突变的pcDNA3.1(+)真核表达载体,为进一步研究ld蛋白N末端结构的生物学功效奠定基础.
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粉尘螨der f28的抗原表位特征及三维结构分析
目的 对粉尘螨的过敏原蛋白之一的der f 28的结构与性质进行生物信息方面的分析,为粉尘螨所导致的变态反应性疾病的诊断和治疗提供线索.方法 通过对der f 28进行BLAST得到的相似序列进行构建进化树,同时对der f28的二级结构、亲水性区域、可塑性区域、抗原性区域进行分析.结果 粉尘螨与其他微生物物种中的热休克蛋白70(HSP70)在进化上相似性不高.der f 28的主要抗原位点为24～39、93～103、150 ～ 163、202 ～ 205、244 ～ 281、414～434、450 ～ 484、551 ～ 605.Motif的预测表明der f 28具有热休克蛋白70家族的特征.其预测的三维结构基本能反应der f 28真实的空间构象.结论 掌握der f 28结构和功能的的关系,对粉尘螨所引起的变态反应性疾病的诊断和治疗有临床意义.
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甲壳类动物4种过敏原的序列分析、抗原表位预测及三维结构建模
目的 探明甲壳类动物各种过敏原之间是否存在相似性,以期深入研究甲壳类食品过敏原的构效关系.方法 应用生物信息学方法,分析预测了甲壳类动物的4种过敏原—原肌球蛋白(TM)、精氨酸激酶(AK)、肌球蛋白轻链(MLC)和肌质钙结合蛋白(SCP)的二级结构、亲水性、可塑性、抗原性、表面可及性、线性抗原表位和三维结构等.结果 TM为超螺旋结构,而AK、MLC和SCP均为复合蛋白,含有较多的Turn和Coil结构;TM、AK、MLC和SCP 4种过敏原的亲水性区域均在60％以上,可塑性区域约为50％,抗原性区域均在60％以上.TM、AK、MLC和SCP分别有11、10、4和4个线性抗原表位.TM、AK、MLC和SCP的三维结构建模结果与相应的二级结构预测结果—致,基本能够反映此4种过敏原的空间构象.结论 通过生物信息学方法分析,同时获得了甲壳类动物4种过敏原TM、AK、MLC和SCP的分子特征、抗原表位及部分三维结构,可望为进—步采用实验方法研究其构效关系奠定理论基础.
