首页 > 文献资料
-
实时荧光定量PCR快速检测腺病毒方法的建立与评价
目的 建立针对人腺病毒Hexon基因的实时荧光定量TaqMan PCR检测方法,用于腺病毒感染的早期诊断及病毒核酸定量分析.方法 根据人腺病毒Hexon基因高度保守区设计引物和TaqMan探针,建立人腺病毒实时荧光定量TaqMan PCR快速检测方法.对方法的灵敏度及特异性进行评价;选取3个浓度的标准品,进行5次重复检测,对方法的重复性进行验证;用该方法对90份临床标本进行检测.结果 建立的检测方法对人腺病毒的检测与其它呼吸道病原无交叉反应;检测灵敏度为10拷贝/μl;对103、104、105拷贝/μl 3个浓度标准品分别进行5次重复检测,其Ct值的变异系数均小于5％.对临床90份发热病例的咽拭子标本检测的腺病毒阳性率为90％,与普通PCR检测法的结果(90％)一致;检测准确率达100％.结论 本研究建立的TaqMan荧光定量PCR方法的特异性、灵敏度和重复性均好,适用于人腺病毒的日常监测和暴发疫情的应急诊断.
-
2017年黑龙江省禽腺病毒4型分离株Hexon基因的遗传特征分析
目的分析2017年黑龙江省禽腺病毒4型(fowl adenovirus-4,FAdV-4)分离株Hexon基因的遗传特征.方法 提取疑似心包积液综合征(hydropericardium syndrome,HPS)的病鸡肝脏DNA,以其为模板,经PCR扩增Hexon基因,并进行测序.采用BLAST软件对Hexon基因序列进行数据库比对;采用MegAlign软件进行核苷酸和氨基酸同源性比对;采用Mega 6软件将分离获得的FAdV-4菌株及35个参考FAdV菌株的全长Hexon基因构建系统进化树.结果 Hexon基因PCR产物长度为1 204 bp,将分离株命名为FAdV-4-DQ.与其他8个FAdV分离株核苷酸和氨基酸的同源性分别为34.6％ ～ 98.7％和22.0％ ～ 95.7％,其中与中国2015年FAdV-4 HNHB分离株及2016年FAdV-4 HN151025分离株的核苷酸和氨基酸的同源性较高,分别为98.7％、95.7％和98.6％、95.2％;其次是与印度2008年的FAdV-4 PJ-06分离株的核苷酸和氨基酸的同源性较高,分别为98.2％和94.4％.基因进化树分析显示,FAdV-4-DQ株与中国2015及2016年的15个分离株基因型属于同一个进化分枝,并由同一祖先进化.结论 本研究获得的FAdV分离株属血清型FAdV-4型,FAdV-C种,与中国2015及2016年流行毒株同属一个基因簇,并推测该分离株起源于印度早期菌株.
