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拉伸分子动力学文献资料
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cADPR解离过程的拉伸分子动力学模拟
目的 研究cADPR从CD38活性口袋解离的过程中配体和受体间的相互作用,并寻找接近真实条件的蛋白结构模型.方法 采用拉伸分子动力学的方法模拟cADPR从CD38活性口袋解离的过程.在cGDPR和CD38晶体复合物基础上进行修改,得到cADPR和CD38的复合物;再用动力学优化得到平衡稳定的cAD-PR和CD38复合物结构;后施加一个简谐势促使cAD]PR从活性口袋解离.对解离过程中所施加外力进行监测,计算对比拉伸过程和平衡过程中氨基酸残基的波动情况.结果与结论 得到了cADPR解离过程中的一系列蛋白构象.发现cADPR与Trp189、Glu146、Glu226以及Ser126、Arg127的作用是抑制cADPR离去的主要作用.在克服了这些作用之后,cADPR还要克服一些稍弱的水桥作用,终才能完全离开活性口袋.上述残基在拉伸过程中波动幅度较大.也证明了这些残基在解离过程中的重要性.实验结果加深了对CD38结构和功能的关系及其与底物的相互作用机制的理解,为抑制剂的设计提供了信息.
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基于Discovery Studio分子模拟药物设计软件的拉伸分子动力学
Discovery Studio是BIOVIA公司研发的一款药物发现计算模拟平台.在Discovery Studio 2017中新增拉伸分子动力学模块,拉伸分子动力学模块的功能包括研究配体(药物分子)与受体的结合方式、蛋白质的去折叠构象变化、拉伸配体(药物分子)通过通道蛋白等.本文介绍Discovery Studio 2017的拉伸分子动力学功能.
关键词： Discovery Studio 分子模拟 药物设计 拉伸分子动力学
