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Discovery Studio软件在分析中药成分透过血脑屏障中的应用
血脑屏障是药物能否进入脑组织发挥作用的重要屏障.中药有效成分的结构与其透过血脑屏障的能力有一定的关系.Discovery Studio软件对非糖苷类成分通过血脑屏障的分析结果与文献报道基本吻合,而对糖苷类成分则无法准确预测.
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HIV-1辅助受体CCR5与其天然配体结合效果的综合评价
[目的]探讨CCR5蛋白与天然配体的结合姿态位置,寻找CCR5的优化对接靶点及与天然配体结合的优姿态,为HIV-1新型药物研发提供依据.[方法]运用SWISS-MODEL构建天然配体的三维结构,运用Discovery studio软件ZDOCK模块模拟3种天然配体RANTES,MIP-1α和MIP-1β与CCR5对接,分析对接姿态,计算ZDOCK综合得分,评估结合效果优劣.[结果]RANTES、MIP-1 α和MIP-1β这3种天然配体主要是在N末端或第二个胞外环与CCR5蛋白结合.并且RANTES较MIP-1α和MIP-1β有更强的抑制作用.[结论]第二个胞外环可能是多肽抑制剂与CCR5结合的主要位点.对于RANTES的分子修饰是未来研发多肽类CCR5抑制剂的首选方向.
关键词: Discovery Studio CCR5 HIV-1 天然配体 -
基于Discovery Studio分子模拟药物设计软件的拉伸分子动力学
Discovery Studio是BIOVIA公司研发的一款药物发现计算模拟平台.在Discovery Studio 2017中新增拉伸分子动力学模块,拉伸分子动力学模块的功能包括研究配体(药物分子)与受体的结合方式、蛋白质的去折叠构象变化、拉伸配体(药物分子)通过通道蛋白等.本文介绍Discovery Studio 2017的拉伸分子动力学功能.
关键词: Discovery Studio 分子模拟 药物设计 拉伸分子动力学