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埃可病毒6型分离株KM57-09VP1基因的遗传特征
目的:分析2009年昆明市无菌性脑膜炎患儿脑脊液埃可病毒6型(ECHO virus 6,E6) KM57-09分离株VPI基因的遗传特征.方法:采用RD、Hep-2细胞对无菌性脑膜炎患儿脑脊液样本进行病毒分离,应用RT-PCR法扩增VP1基因,并进行测序；采用NCBI BLAST软件对所测定的节段序列进行数据库比对；采用Omiga软件对所测定节段序列的核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行编辑、比对、拼接；采用Mega4.1软件分析,并与18个参考株的VP1基因序列进行比较.结果:分离株为E6,其VPI区的核苷酸长度与其他E6均为867 bp; KM57-09株与其他E6分离株核苷酸同源性在77.6％-96.0％之间,氨基酸同源性在95.2％～99.0％之间,与山东株2010D0010005核苷酸和氨基酸的同源性高,分别为96.0％和99.0％,与中国其他几种分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.7％～80.9％和95.8％～97.2％；基因进化树分析显示,KM57-09株与山东株2010D0010005株属于同一个进化分枝,与中国其他几种分离株属不同分枝.结论:KM57-09分离株为埃可病毒6型,为中国3个分离株分枝中的一枝.
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2008年福建省肠道病毒71型分离株的遗传特征分析
[目的]分析福建省流行的肠道病毒71(Enterovirus 71,EV 71)分离株的遗传特征.[方法]对2008年手足口病例(HFMD)EV 71分离株进行RT-PCR扩增全长VP1基因,测序并分析病毒遗传学特征.[结果]从福州、泉州及龙岩3地市散发的手足11病例中分离到8株EV 71,种系发生树显示2008年福建与阜阳分离株和中国大陆1998年以来的病毒株均为C4亚型,至少分为4个谱系(lineages).8株福建分离株核苷酸与氨基酸同源性分别为97.4%～100%和99.3%～100%,与Genbank安徽阜阳的5株分离株病毒同源性高,核苷酸与氨基酸序列同源性为97.6%～99.5%和96.4%～99.3%,其111福建株HF08-17、HS08-140与阜阳分离株同源性为99.2%～99.5%,为同一传播链上的病毒;福清市2分离株(HA08-68和HA08-69)以及长汀县3株(HA08-124,HS08-139和HS08-140)病毒间核背酸差异性为2.1%～2.2%,说明同一地区存在不同传播链.[结论]2008年福建省EV 71分离株均属于C4亚型,C4亚型病毒在中国大陆具有多传播链、广泛快速传播的特点;福建省内存在亲缘关系较近的EV 71多传播链病毒同时流行,应加强监测与分析.
