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云南边境地区禽流感H5N1亚型病毒NS基因进化分析
目的 阐明云南边境地区禽流感H5N1亚型病毒NS1 、NS2基因变异特征及遗传进化关系.方法 在云南边境地区采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品,经H5N 1亚型特异性多重RT-PCR检测,阳性样品对病毒NS基因进行扩增,克隆至pMD 18-T载体测序,获得NS1、NS2基因序列,并与已知参考毒株序列进行序列比对及系统发育分析.结果 自1240份样品中检出H5N1亚型阳性样品71份,阳性率为5.72％；30份代表性阳性样品病毒NS基因测序获得17种序列,存在3个不同进化(亚)分支(Ⅰ-1、Ⅰ-2、Ⅱ)；NS1/NS2基因与病毒血凝素(HA)基因呈现不同进化关系；NS1蛋白涉及核定位信号区、RNA结合区、效应区及其他致病性相关的关键性氨基酸位点存在替代或突变.结论 云南边境地区H5N1亚型病毒NS1/NS2基因具有遗传差异,2010年以来NS基因进化分支Ⅰ-2、Ⅱ已成为当地流行的优势毒株.
关键词： 禽流感病毒 H5N1亚型 非结构蛋白1 非结构蛋白2或核输出蛋白 遗传分析 -
云南省边境地区禽流感H5N1亚型病毒基质蛋白2基因进化分析
目的 了解2008-2012年云南省边境地区禽流感H5NI亚型病毒基质蛋白2(M2)和离子通道蛋白基因变异特征及遗传进化关系.方法 于2008-2012年采集云南省边境地区(越南、老挝、缅甸与云南省交界处)家禽和野生鸟类棉拭子样品1240份,经H5N1亚型特异性多重RT-PCR检测,对阳性样品病毒M基因进行扩增,克隆至pMD18-T载体测序,获得M2基因序列,并与已知参考毒株序列进行序列比对及系统发育分析.结果 自1240份样品中检出H5N1亚型阳性样品71份,阳性率为5.72％；选择其中的30份阳性样品进行病毒M2基因测序,共获得14种不同序列,存在3个不同进化分支:1.2.1、1.2.2、2,各有5、7、2份.通过基因系统发育分析发现,M2基因与HA基因呈现不同进化关系；M2蛋白涉及表位、金刚烷胺抗性和禽源、人源毒株的关键性氨基酸位点存在替代或突变.结论 2008-2012年期间云南边境H5N1亚型病毒M2基因具有遗传差异,M2基因进化分支1.2.2毒株已成为当地流行的优势毒株.
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福建省麻疹野病毒分离及核蛋白基因特征分析
目的 了解福建省流行的麻疹野病毒基因型别及特征.方法 应用B95a细胞[Epstein-Barr(EB)Virus-Transformed,Marmoset B Lymphoblastoid Cell Line,埃泼斯坦-巴尔病毒转化的绒猴淋巴母细胞]或Vero/SLAM细胞[Vero Cells Transfected to Express the Human Signaling Lymphocyte Activation Molecule(SLAM),淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞],从疑似麻疹病例的咽拭子或尿液标本分离麻疹病毒,用逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)扩增分离株病毒的核蛋白(Nucleoprotein,N)基因3′端450个核苷酸片段,分析其基因型别及遗传特征.结果 2002年、2006～2009年,共从6个设区的市分离了24株麻疹野病毒,均为H1基因型、H1a基因亚型,未分离到其他型别的毒株.福建株间核苷酸同源性为97.8%～100.0%,在遗传树图中属于4个独立分支谱系(Lineage),Lineage 4分支病毒出现了3个新的氨基酸突变位点.福建株中来自不同地区和年份的MV(Measles Virus,麻疹病毒)07-29FZ(Fuzhou,福州)、MV07-20ND(Ningde,宁德)、MV07-47ND和MV08-78QZ(Quanzhou,泉州)、MV06-32LY(Longyan,龙岩)、MV07-30FZ、MV07-39FZ和MV07-46ND的N基因3′端的450核苷酸同源性均为100.0%.福建株与H1基因型中国代表株、H2基因型及疫苗株S(Shanghai,上海)191相比,与S191疫苗株的A基因组差异大(核苷酸同源性90.1%～93.3%,氨基酸同源性86.8%～91.4%).结论 H1a为福建省本土麻疹野病毒优势基因亚型,未发现其他基因亚型.近3年的分离株出现了新的氨基酸位点突变.不同地区或同一地区内存在多传播链同时循环,也存在同一野病毒株在不同地区、不同年份持续循环.
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柯萨奇B5型病毒安徽分离株的鉴定及VP1区基因特征分析
目的 了解手足口病相关病原CVB5病毒安徽分离株VP1基因遗传进化特征. 方法 用RD和Hep-2两种细胞对采集的手足口病临床病例咽拭子标本进行病毒分离,出现CPE后培养物上清,采用微量中和试验鉴定毒株血清型;抽提病毒RNA,用RT-PCR扩增VP1基因,对扩增产物进行基因序列测定,采用ClustalX2.0和Mega5.0生物软件对测序结果与国内外参考毒株进行基因亲缘性进化分析. 结果 2株毒株微量中和试验鉴定为CVB5,基因测序显示VP1区核苷酸长度均为891 bp,其核苷酸和氨基酸序列同源性均为100％;基因进化分析显示,安徽分离株与山东、河南和浙江分离毒株亲缘性较近,处于同一进化分支Clade Ⅰ,核苷酸同源性为92.56％～98.94％,氨基酸同源性为92.93％～100％;与国外参考株及CVB5的原型株(Faulkner/)比对,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.89％～83.84％和96.81％～98.59％. 结论 分离到的2株病毒均为肠道病毒CVB5,其VP1区基因和氨基酸序列变异较小,与国内流行参考株同源性高.
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2013年广西分离株H9N2亚型禽流感病毒全基因组特性分析
目的 对2013年从广西分离的H9N2亚型禽流感病毒进行全基因测序,并分析其基因组和遗传进化特性,为进一步研究H9N2禽流感病毒的致病机制提供科学依据. 方法 运用RT-PCR方法克隆广西分离株H9N2亚型禽流感病毒8个基因片段,进行全基因测序,对测序结果进行序列比对和遗传进化分析. 结果 序列比对分析表明,H9N2亚型分离株的HA序列裂解位点为RSSR↓ GLF,受体结合位点为YWTNKLY且发生Q226G和G228R双重位点突变,NA耐药相关位点发生3处突变(E119V,R292W和R294G),M2蛋白跨膜区存在S31N变异;编码内部蛋白的6个基因与同年H7N9亚型分离株相似度为90.9％～97.6％.其分子遗传进化关系属于欧亚种系,其中HA基因属于Y280亚系,M基因属于G1亚系,PB2基因属于Korea亚系,PB1、PA、NA、NP和NS属于SH/F/98亚系. 结论 2013年广西分离株是由4种不同H9N2亚型禽流感病毒亚系发生自然重排的产物,属于低致病性禽流感病毒,但对抗流感药物存在一定耐药性,故应加强对禽农场中H9N2病毒流行株变异趋势和传播风险的监测.
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遗传,环境和心血管疾病
问题普通慢性多因素疾病对医疗服务的需求为明显.在西方国家里,它导致的死亡率位居第一.这些疾病包括心血管疾病、癌症、糖尿病和精神紊乱症.它们在家族中呈现遗传分离,但不符合孟德尔单基因分离规律.多个易感基因和多种环境因素作用通过动态的、外源的、调节机制终整合成疾病的表型,这直接导致了疾病在个体、家族和群体中的分布特点.多因素疾病的遗传分析是目前人类遗传学家面临的复杂困难的研究.研究基因信息以了解普遍的慢性病的病因学和诊断、治疗高风险的病人目前还是存在很多问题的,而心血管疾病集中体现了这方面的难题.我们呼吁每个心血管病研究者了解心血管病的病因学,但在设计、执行、和报告心血管病遗传研究时多数被拒绝或忽视.后我们建议以采取措施来解决这个矛盾.
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糖尿病分子遗传学与分子生物学研究的现状、问题、对策和展望
本文评述了糖尿病等复杂性状疾病分子遗传学与分子生物学研究的现状和存在的主要问题,提出了一些解决的对策和建议,并展望了其未来发展趋势.
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糖尿病分子生物学研究的历史使命
本文从遗传分析、生物学功能和分子作用机制等3个方面概述了糖尿病分子生物学研究的现状、存在的问题和发展趋势.特别强调了合理的实验设计和整合分析的重要性,并就糖尿病易感基因的筛查和鉴定、与糖尿病临床表型相关的"组学"数据资料分析以及分子和(或)通路间的相互作用的分析提出建议.
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一篇好文章——简评“中国汉族人群中IRE1a基因多态性与糖尿病前期风险的相关性研究”
大约二、三年前,我曾应约对发表在本刊的纪立农教授课题组的一篇有关基因多态性与2型糖尿痛相关性的meta分析文章做过推荐和评述.在那篇简评中,笔者就我国糖尿病和其他复杂性状疾病遗传分析的研究中所存在的主要问题进行了初步梳理和阐述.
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一个心肌致密化不全合并病态窦房结综合征家系的遗传分析
先证者女性,17岁,未婚,学生.因乏力、晕厥数次而入院.查体:体温36.3℃,心率50次/min,呼吸18次/min,神志清楚.心律齐,各瓣膜区未闻及病理性杂音.双肺、腹部无异常.双下肢无水肿,神经系统无阳性体征.多次心电图检查:窦性心动过缓伴窦性心律不齐、预激综合征,P波高尖,心率在39～43 次/min(图1).超声心动图检查显示:左室低位乳头肌水平以下左室后壁及侧壁正常心肌变薄,约4 mm;心内膜面为血窦和小梁样结构,交织呈"蜂窝"状,厚约17 mm;正常心肌运动幅度减低约为6～7 mm,彩色多普勒"蜂窝"状组织内可见血流信号,左房、左室略大,其余心腔大小与大血管内径未见异常,表现为左室心肌致密化不全(图2).
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STR扫描技术对融水小型猪群体遗传结构的分析
目的 应用STR扫描技术分析融水小型猪群体的遗传结构.方法 选用北京市地方标准封闭群实验用小型猪的遗传质量监测提供的25个微卫星位点对广东省医学实验动物中心小型猪研究基地F1代30头融水小型猪基因组DNA进行PCR扩增,对扩增产物进行STR扫描,运用popgene32软件对该融水小型猪进行群体遗传结构分析.结果 融水小型猪F1群体平均观测等位基因数为9.4400,平均有效等位基因数为5.2966,平均香隆指数为1.8085,平均有效杂合度为0.7737.结论 STR扫描技术适用于融水小型猪群体遗传结构分析;初步掌握了融水小型猪遗传结构.
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应用微卫星和下颌骨形态分析法对不同昆明小鼠种群进行遗传分析
目的：为丰富昆明小鼠的遗传学数据，探究其遗传监测方法，应用微卫星和下颌骨形态分析法对不同昆明小鼠种群进行遗传分析。方法从辽宁省两个种群选择SPF级昆明小鼠各30只，选取小鼠不同染色体上10个多态信息丰富的微卫星位点，以PCR扩增和PAGE电泳分型技术测定两个种群的杂合度（ he ）、多态信息含量（ PIC）、遗传距离（ DA ）等遗传参数；常规方法测定下颌骨11项形态变异参数。结果两个昆明小鼠种群共检测出28个等位基因，31个基因型，he为0.472，PIC为0.382；A种群共检出27个等位基因，28个基因型，he为0.525，PIC为0.402，B种群共检出26个等位基因，27个基因型，he为0.418，PIC为0.361，两个种群遗传距离为0.076，A种群的遗传多样性略高于B种群。两个种群下颌骨形态存在差别，有5项参数达到差异显著或极显著（ P﹤0.05或P﹤0.01）。结论两个昆明小鼠种群的遗传距离相近，存在微弱的遗传分化。
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复杂疾病遗传分析的现状、问题和展望
本文评述了复杂疾病遗传分析的现状和存在的主要问题,提出了一些解决问题的意见与建议,并对该领域未来发展方向和趋势作了展望.
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基因多态性与疾病相关性的遗传分析中某些值得注意的问题
绝大多数疾病的发生发展都是遗传因素与环境因素相互作用的结果,因此近年来从遗传学角度对致病基因(单基因病)和疾病易感基因(复杂性状多基因病)进行定位、鉴定和遗传流行病学的研究逐渐成为热点,国内外刊物发表相关的论文与日俱增.本文拟对该类研究中某些值得注意的问题作一讨论,以期抛砖引玉.
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基因多态性与疾病相关性的遗传分析中某些值得注意的问题
绝大多数疾病的发生发展都是遗传因素与环境因素相互作用的结果,因此近年来从遗传学角度对致病基因(单基因病)和疾病易感基因(复杂性状多基因病)进行定位、鉴定和遗传流行病学的研究逐渐成为热点,国内外刊物发表相关的论文与日俱增.本文拟对该类研究中某些值得注意的问题作一讨论,以期抛砖引玉.
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中成药大黄蛰虫丸的宏条形码基原鉴定
[目的]探索应用宏条形码方法进行复方中成药基原鉴定分析的可行性.[方法]磁珠法提取中药大黄蛰虫丸DNA,以16S、trnL及Mini-barcode为靶标进行荧光定量PCR.产物经克隆测序拼接后,经BLASTn比对,用MEGAN软件进行分类单元解析,对虻虫来源序列应用MEGA软件进行遗传分析.[结果]从23条单克隆测序结果中解析到蛴螬、虻虫、甘草及桃仁或苦杏仁等中药成分,对虻虫6条序列分析,显示其源于3组遗传差异较显著的个体.[结论]宏条形码技术可用于中成药成分的鉴定,可作为中成药质量评价的潜在工具.
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下肢静脉曲张病因及治疗方法研究进展
下肢静脉曲张是外科常见病之一,患病率在各国差别很大.许多欧美国家的发病率高达20%～40%,热带非洲仅为0.1%.在我国,张培华等调查15岁以上人群中,发病率为8.6%,45岁以上为16.4%,推算现有病人约8000万至1亿例[1]. 1 下肢静脉曲张的遗传分析郭琼行、郭辰虹对山东省立医院1991～1996年下肢静脉曲张患者68个家系进行研究[2],分析结果表明下肢静脉曲张为单基因遗传,遗传异质性,主要为迟发性常染色体显性遗传,不完全外显.U×U(非患者与非患者婚配)婚配型为常染色体隐性遗传,患者比例为男∶女＝2.39∶1.下肢静脉曲张患者男性和女性均有传给后代的可能.
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基于DNA条形码区域的中药地鳖隐存物种多样性发现研究
[目的]基于DNA条形码COI数据,发现地鳖(土鳖虫主要基原)内部可能的隐存多样性.[方法]对8批33个地鳖个体的线粒体COI片段进行PCR扩增及序列测定.分析COI序列单倍型,分析变异位点,运用邻接法、大简约法分别构建分子系统发育树,结合种群(批次)内及临时种间的遗传距离发现隐存多样性.[结果]根据系统发育结果区分临时种EsPS1及EsPS2.分析得到COI基因的物种间阈值SST为5.33％.临时种EsPS1与EsPS2间的小遗传距离为12.00％,显著大于物种间阈值SST.[结论]地鳖内部存在隐存物种多样性.
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103例先天畸形患儿的原因与外科治疗研究
目的：探讨导致患儿先天畸形的原因、预防措施及临床治疗疗效。方法：对2010年12月-2012年10月我院收治的103例患儿的临床资料进行回顾性分析，患儿进行细胞遗传学分析，并采用统一问卷对患儿父母进行调查。结果：患儿畸形种类包括骨骼系统、神经系统、呼吸系统、消化系统、生殖泌尿系统、心血管系统、唇腭裂及附耳；细胞遗传学分析发现28.16%患儿存在遗传缺陷；45.15%的孕妇在孕早期有射线、化学物质、重金属、药物等一种或多种接触史及吸烟、酗酒不良习惯，6例先天畸形家族史，21例为35岁以上孕妇。结论：先天畸形与遗传及环境因素以及孕妇孕期行为有关，加强孕期健康教育及产前检查，对预防先天畸形具有积极意义。
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天麻熄风胶囊的DNA条形码鉴定研究
目的:探讨天麻熄风胶囊的DNA条形码鉴定方法与价值.方法:2015年1月到11月,选择3批天麻熄风胶囊(批号20150918、200150919、20151019)进行显微鉴定与DNA条形码鉴定,选择的基因序列为天麻素线粒体A基因,进行基因测序与遗传分析.结果:显微鉴定显示天麻细胞无色,呈现长卵形、长椭圆形或类圆形,遇碘液显棕色;蔓荆子非腺毛2-3个细胞,顶端细胞基部稍粗;甘草纤维成束、壁厚,周围薄壁细胞可形成晶纤维;半夏椭圆形细胞存在于粘液细胞中.3批天麻熄风胶囊的天麻素线粒体A基因特定序列中,A含量为27.9％、C为24.9％、G为18.3％、T为28.9％,G-T含量明显高于G/C含量(43.2％)(P＜0.05).遗传分析显示20150918批次的种间小K-2P距离为0.006,种间大K-2P距离为0.241;20150919批次种间小K-2P距离为0.008,大K-2P距离为0.074;20151019批次的种间小K-2P距离为0.008,种间大K-2P距离为0.133.结论:天麻熄风胶囊成分复杂,显微鉴定技术存在一定的缺陷,DNA条形码鉴定能有效反映胶囊成分,且能很好判定药物批次的种内与种间变异,具有很好的鉴别价值.
