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牛副流感3型病毒文献资料
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C基因型牛副流感3型病毒分离株全基因组测序及分析
目的 对宁夏地区分离得到的1株C基因型牛副流感3型病毒(bovine parainfluenza 3 virus,BPIV3)进行全基因组测序,并进行同源性及进化树分析.方法 参考GenBank上登录的BPIV3中国分离株SD0835基因组序列设计5对引物,覆盖病毒基因组全长,提取BPIV3总RNA,以其为模板,进行RT-PCR扩增,扩增产物与pMD@18-T Vector 连接,连接产物转化大肠埃希菌DH5α感受态细胞,将阳性克隆进行核苷酸测序,测序结果通过分子生物学软件进行拼接,并与GenBank上登录的参考序列进行比较,构建系统进化树.结果 成功分离得到1株BPIV3,命名为NX49,NX49株全基因组核酸序列为15 474 nt,提交至GenBank的序列号为KT071671.NX49与中国山东C型分离株SD0835的同源性高,为99.3％;与中国内蒙古A型分离株NM09的同源性为82.5％;与澳大利亚B型分离株Q5592的同源性为81.4％.结论 NX49与SD0835同属一个进化分枝,但由于地域及时间上的不同,可能造成它们之间在基因水平上存在差异.
