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序列和功能信息介导的蛋白质互作特征评价与数据库构建
目的 蛋白质相互作用研究对于理解DNA功能、基因组元件作用机制有重要意义.已有大量工作在从蛋白质-蛋白质互作的计算预测方向展开,其中蛋白质-蛋白质互作的特征起着很重要的作用.互作特征的评价及相关数据库构建仍是蛋白质互作预测的一项重要工作.方法 该文从基因、蛋白质序列、功能信息层面提取出人类蛋白质-蛋白质对的27个特征,并应用于多种分类器,利用ROC曲线对特征的性能给出了科学的评价.结果 通过研究发现逻辑回归和贝叶斯网络分类效果好,生物过程、细胞组分、分子功能、基因表达值、组织、域间互作的可用性明显高于其他特征,同时构建了人类蛋白质互作特征数据库,供广大科研工作者使用.结论 从多角度评价了特征可用性,得到了表现较优的特征,但是对于其中一些特征,还需要进一步提高覆盖率,从而达到更好的效果.
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基于知识融合策略构建双相障碍致病基因网络
[目的]提出基于知识融合策略构建基因网络方法,并应用于双相障碍相关的致病基因网络分析.[方法]将Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC)提供的双相障碍全基因组单核苷酸多态(SNP)数据与人类蛋白质-蛋白质互作数据库对应的基因做交集.通过单体型全模型logistic回归模型检验获得经多重检验校正统计学显著的基因互作对子,并由此构建致病基因网络以及挖掘连通度显著高于理论分布的核心致病基因.[结果]采用知识融合的方法,将数据维度从482 248个SNP位点降至98 157.经统计模型检验获得3 841个互作基因用于构建双相障碍致病基因网络,并挖掘出115个核心致病基因.其中,在连通度高于30的29个核心基因中,有12个重复了以前的报道(PRKCA,EGFR,ESR1,ATXN1,FYN,CREBBP,TP53,AKT1,CSNK2A1,DLG1,PTN和LYN),另外17个未被报道过的基因从其生物功能以及致病分子机制上看,可能是新的双相障碍易感基因(SMAD3,SRC,GRB2,PIK3R1,ZBTB 16,ABL1,APP,EP300,TGFBR1,SYK,YWHAZ,INSR,MAPK1,PRKCB,PRKCD,SMAD2和SVIL).[结论]本文提出的基于蛋白质-蛋白质互作知识引导的基因网络构建方法是一种可靠的系统性分析方法,有助于全面地了解复杂疾病的分子网络机制和确立核心风险基因.
