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假结文献资料
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日本血吸虫基因组核糖体移码序列的预测分析
目的 预测日本血吸虫基因组中核糖体移码的基因序列并进行鉴定.方法 挑选稳定并能够可靠预测RNA假结结构的软件,编写批量提交数据的程序并结合本地手段进行假结结构预测,计算序列小自由能从而挑选稳定序列,进一步使用生物信息学软件Fsfinder分析序列中核糖体移码位点,进行开放性阅读框(open reading frame,0RF)分析,筛选出可能产生核糖体移码的日本血吸虫基因序列.利用日本血吸虫蛋白质组数据库中的肽段质谱数据进行比对,寻找对应的肽段信息.结果 从日本血吸虫的8452条基因编码序列中预测出26条可能含有促使核糖体移码假结结构的序列.经过日本血吸虫蛋白质组数据库中的肽段质谱数据进行比对,发现日本血吸虫输入蛋白(Sjimportin)移码之后产生的肽段.结论 整合已有的RNA假结预测软件以及核糖体移码预测软件,建立了日本血吸虫预测核糖体移码序列数据库,并成功获取日本血吸虫蛋白Sjimportin核糖体移码表达证据.
