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正常人肾上腺组织基因表达谱的研究
目的 建立正常人肾上腺组织基因表达目录.方法 肾上腺文库构建、大规模表达序列标签(ESTs)测序及生物信息学分析.结果 基因/蛋白表达类的基因在肾上腺组织表达高,代谢类基因次之.前3位高表达基因均为类固醇激素合成酶类及相关蛋白.肾上腺表达CRH、尿皮素(CRH相关蛋白)、黑色素浓集素(MCH)、可卡因和安菲他明调节转录物(CART)及垂体腺苷酸环化酶活化多肽(PACAP)等激素及各类受体,包括细胞因子、神经肽及神经递质受体.还表达有低密度脂蛋白(LDL)受体、高密度脂蛋白(HDL)结合蛋白、胆固醇合成酶及多种载脂蛋白.结论 肾上腺高表达的基因与其功能的特异性有关;肾上腺不仅是类固醇激素,亦是许多激素及细胞因子的合成场所;体内许多系统,如神经、免疫及造血等系统与肾上腺功能均有广泛的联系;肾上腺是合成胆固醇与载脂蛋白的重要场所;基因表达谱的研究提示肾上腺内可能存在CRH-ACTH-皮质醇的局部调节系统.
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EST在克隆新基因中的应用
随着基因定位(连锁图谱、物理图谱、转录图谱)和DNA测序及生物信息技术的迅猛发展,EST已成为人类寻找新的未知基因以及克隆不同时空差异表达基因和疾病相关基因的重要标志物.随着EST数据库的进一步完善,网上克隆和定位候选克隆策略将成为克隆新基因的主要方法,并在虚拟的网上空间将模型生物基因组的研究成果成功地应用于人类基因组的研究中.
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染色体6q16.3区域一个与儿童急性淋巴细胞白血病相关表达序列标记的鉴定
目的寻找染色体6q16.3区域与儿童急性淋巴细胞性白血病(ALL)相关的表达序列标记(EST),为筛选儿童ALL候选基因打下基础.方法运用生物信息学同源性比较筛选EST的策略,结合逆转录PCR方法,检测6q16.3区域的相关EST在儿童ALL淋巴细胞和正常淋巴细胞中的表达.结果在6q16.3区域筛选到一个在儿童ALL细胞中低表达的EST AA403058,与正常淋巴细胞相比较,在10例儿童ALL淋巴细胞中的7例其表达下调(P<0.001).结论染色体6q16.3区域EST AA403058在儿童ALL中表达下调,提示其可能参与儿童ALL癌变过程,为克隆儿童ALL相关基因提供了新线索.
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鼻咽癌中染色体3p21区域一个表达下调的EST的鉴定
背景与目的:研究显示鼻咽癌细胞 3p14-25存在高频率杂合性丢失位点 . 本研究拟寻找与筛选染色体 3p21区域与鼻咽癌相关的表达序列标签 ( expressed sequence tag, EST) , 为定位候选克隆鼻咽癌相关新基因奠定基础 . 方法:充分利用网上的生物信息资源 , 采用定位查找 ESTs, 对 ESTs进行同源性比较分析、筛选 ; 运用逆转录 PCR( reverse transcription-PCR, RT-PCR) 方法 , 检测 ESTs在鼻咽癌和正常鼻咽组织中的表达 ; 并用 Northern blot杂交方法 , 检测 EST在人其他正常组织及肿瘤细胞系的表达状况 . 结果:在 3p21区域筛选到一个在鼻咽癌中表达下调的 EST ( N31985) , 在 60.00% ( 3/5) 的鼻咽癌细胞株及 47.06% ( 16/34) 的鼻咽癌活检组织检测到有 EST ( N31985) 表达下调 , 与正常鼻咽上皮组织相比较 , 差异有统计学意义 ( P< 0.05) . 结论:染色体 3p21区域 EST( N31985) 在鼻咽癌中表达下调 , 提示其可能参与鼻咽癌癌变过程 .
