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儿童急性淋巴细胞白血病6q16.3微卫星DNA缺失及生物信息学分析
目的定位儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)杂合性缺失(LOH)的集中区域,探索新的肿瘤抑制基因.方法取6q16.3的15个微卫星标记,用聚合酶链反应-变性凝胶电泳-银染技术对165例ALL患儿等位基因LOH的情况进行生物信息学分析;同时分析其与临床预后因素的相关性.结果至少1个位点的LOH率为32.7%,D6S1709-D6S1028及D6S2160-D6S1580是高频率集中缺失的区域,早期复发患儿的LOH率高于无早期复发患儿;谷氨酸受体6基因(GRIK2)可能为抑癌基因,2个区域存在可能代表新基因的表达序列标签12个.微卫星LOH与白细胞计数、病态细胞数、核型分析、早期复发均有相关性(P值均<0.05).结论D6S1709-D6S1028和D6S2160-D6S1580为目前国内外所确定的精确缺失区,该区域可能存在1个或数个肿瘤抑制基因,6q16.3的LOH的发生与ALL预后有一定关系.
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染色体6q16.3区域一个与儿童急性淋巴细胞白血病相关表达序列标记的鉴定
目的寻找染色体6q16.3区域与儿童急性淋巴细胞性白血病(ALL)相关的表达序列标记(EST),为筛选儿童ALL候选基因打下基础.方法运用生物信息学同源性比较筛选EST的策略,结合逆转录PCR方法,检测6q16.3区域的相关EST在儿童ALL淋巴细胞和正常淋巴细胞中的表达.结果在6q16.3区域筛选到一个在儿童ALL细胞中低表达的EST AA403058,与正常淋巴细胞相比较,在10例儿童ALL淋巴细胞中的7例其表达下调(P<0.001).结论染色体6q16.3区域EST AA403058在儿童ALL中表达下调,提示其可能参与儿童ALL癌变过程,为克隆儿童ALL相关基因提供了新线索.