首页 > 文献资料
-
不同串联重复序列位点组合用于中国结核分枝杆菌基因分型的能力比较分析
目的 初步评价不同串联重复序列(VNTR)位点在中国8省市结核分枝杆菌基因分型中的应用,寻找适合中国地区结核分枝杆菌基因分型的位点组合.方法 从中国8个省(市、自治区)2800余株结核分枝杆菌临床分离菌株中以简单数字表法随机抽取140株,采用多位点数目可变串联重复序列分析方法(MLVA)对27个数目可变VNTR位点进行基因多态性检测,采用BioNumerics数据库软件进行单位点和不同位点组合的分辨率(Hunter-Gaston指数,HGI)分析,并比较分析其对140株菌的基因分型鉴定能力.同时采用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)将140株菌分为北京家族和非北京家族,评价上述不同VNTR位点组合在北京家族和非北京家族中的分型能力.结果 140株菌主要可分为2个基因群,即北京家族112株,占80%;非北京家族28株,占20%.Spoligotyping分型对140株结核分枝杆菌的HGI为0.4589.MLVA分析结果显示不同位点在不同菌株群存在明显的多态性,不同位点的HGI具有较大差异(0～0.809),对全部菌株、北京家族菌株、非北京家族菌株的HGI达到0.5以上的VNTR位点数分别为8、7和14个.27个VNTR位点进行不同的位点组合:优化筛选的8位点组合、国际推荐的12个、15个和24个位点组合.4个组合的HGl分别为0.9991、0.9882、0.9980和0.9986;在北京家族菌株中,上述组合的HGI依次为0.9987、0.9318、0.9969和0.9975;在非北京家族菌株中分别为1、0.9894、1和1.结论不同的VNTR位点和不同VNTR位点组合在中国8省市结核分枝杆菌中的HGI均存在明显差异;本研究优化的8个位点组合MLVA分型方法在中国结核分枝杆菌流行病学研究可能具有良好的应用前景.
-
儿童急性淋巴细胞白血病6q16.3微卫星DNA缺失及生物信息学分析
目的定位儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)杂合性缺失(LOH)的集中区域,探索新的肿瘤抑制基因.方法取6q16.3的15个微卫星标记,用聚合酶链反应-变性凝胶电泳-银染技术对165例ALL患儿等位基因LOH的情况进行生物信息学分析;同时分析其与临床预后因素的相关性.结果至少1个位点的LOH率为32.7%,D6S1709-D6S1028及D6S2160-D6S1580是高频率集中缺失的区域,早期复发患儿的LOH率高于无早期复发患儿;谷氨酸受体6基因(GRIK2)可能为抑癌基因,2个区域存在可能代表新基因的表达序列标签12个.微卫星LOH与白细胞计数、病态细胞数、核型分析、早期复发均有相关性(P值均＜0.05).结论D6S1709-D6S1028和D6S2160-D6S1580为目前国内外所确定的精确缺失区,该区域可能存在1个或数个肿瘤抑制基因,6q16.3的LOH的发生与ALL预后有一定关系.
-
幽门螺杆菌的基因分型技术及其应用
幽门螺杆菌(Hp)可以在人群中广泛传播,并会引发一系列的胃肠道疾病甚至胃癌.不同基因型的Hp感染可能会引发不同类型的疾病,而基因分型技术是研究这类问题的重要方法.本文主要介绍了多位点序列分型、脉冲场凝胶电泳、随机扩增多态DNA、扩增片段长度多态性和全基因组测序这五种基因分型技术,通过综述这几种技术在Hp基因分型中的应用进展,比较它们之间的优缺点,为今后研究Hp的致病机制、传播机制以及流行病学调查提供方法学依据.
-
肝癌转移抑制基因在8号染色体上的功能定位
目的 为进一步寻找和克隆可能的肝癌转移抑制基因奠定基础.方法 以序列标签位点(STS)为路标,运用基因组物理图谱方法分析人类染色体8p上肝癌转移抑制基因相关染色体缺失状况,从NCBI的UniSTS数据库查询STS的引物序列,以微细胞杂交克隆DNA为模板(A9/C5F-1和A9/C5F-2为转移不抑制组,A9/C5F-4、A9/C5F-8和A9/C5F-10为转移抑制组)进行STS-PCR扩增.结果 人类染色体8p上从D8S542位点起至D8S1973位点区段(位于染色体8p21.1～23.1区域,约18cM)存在转移抑制组杂交克隆STS位点不同程度的获得和转移不抑制组杂交克隆组STS位点的缺失.结论 D8S542～D8S1973所在的人类染色体8p21.1～23.1区域可能存在肝癌转移抑制基因.
