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单核细胞增生性李斯特菌毒力基因检测及DNA随机扩增多态性分型
为了解在昌平地区分离的单核细胞增生性李斯特菌(Lm)携带毒力基因的状况和DNA随机扩增多态性(RAPD)分型情况,采用聚合酶链反应(PCR)对28株Lm进行了溶血素基因(hly)、与侵袭性有关的iap和prfA基因的测定及RAPD分型.结果3个毒力基因PCR全部呈阳性反应,两株无害Lm为阴性反应.用RAPD分型,28株Lm分为12型,A、B两型共9株菌全部来自某肉联厂;C、D两型共10株来自某肉鸡公司;另外9株Lm有8个RAPD型,分男来自熟肉制品及零售市场.此次实验发现昌平地区在不同时间、不同地点分离的Lm其RAPD型别变化较大,有多种型别的细菌存在.根据RAPD分型看出肉联厂与肉鸡公司可能存在着内部污染问题.
关键词： 利斯特氏菌 单核细胞增生 聚合酶链反应 随机扩增多态DNA技术 毒力 -
肌色素上皮源性因子基因与黑色素瘤的发生相关
目的寻找与B16黑色素瘤发生相关的DNA序列或片段.方法用105条引物对B16黑色素瘤及其来源小鼠C57BL/6J基因组DNA进行随机扩增多态DNA分析,比较肿瘤组织及其相应正常组织的DNA指纹,对差异很明显的片段回收、克隆和测序,序列与GenBank数据库进行同源性分析.结果 105条引物中有24条引物扩增出的条带在肿瘤组织与其相应正常组织间存在差异.在6个差异很明显的回收DNA片段中,引物AB8-5扩增后所得差异片段B8-5,肿瘤组织中此片段缺失,该片段序列长610 bp,与GenBank序列数据库中鼠肌色素上皮源性因子基因具有99%(419/421)的同源性,与鼠肌色素上皮源性因子(PEDF)mRNA的同源性为100%(213/213),可以认为该序列即为此基因.结论黑色素瘤中存在PEDF基因缺失,提示PEDF基因与黑色素瘤发生相关.
关键词： 黑色素瘤 实验性 随机扩增多态DNA技术 -
RAPD技术对白花蛇舌草真伪鉴别的应用
目的:探讨RAPD技术在鉴别白花蛇舌草的应用价值.方法:采用RAPD技术,在PCR技术的基础上建立随机扩增多态性DNA技术,对5个不同产地的白花蛇舌草及其伪混品水线草进行了DNA指纹鉴定.结果:白花蛇舌草与水线草的DNA指纹图谱有明显不同.而不同产地的白花蛇舌草的DNA指纹图谱基本一致.结论:该方法简单、快速、重复性好,可用于白花蛇舌草与其伪混品如水线草等的鉴别.
关键词： 白花蛇舌草/分离和提纯 随机扩增多态DNA技术 -
甲氧西林耐药溶血性葡萄球菌的RAPD分型研究
目的建立随机扩增多态性DNA技术(RAPD)对甲氧西林耐药溶血性葡萄球菌(MRSH)的分型方法.方法收集本院2002年4月至2003年4月临床分离的MRSH 81株.共设计了5组引物进行RAPD,电泳条带采用SPSS 13.0软件分析,根据树状图分型.结果除引物H12和M13组无法扩增出条带外,其余的4种引物均可以将81株MRSH进行分型.其中引物ERIC2将其分为13型,而引物ERIC1R将其分为8型.两种引物均可以辨别出主要流行株.结论 RAPD技术采用引物ERIC2对MRSH分型具有快速、敏感、稳定性高等特点.在有适合引物的条件下,RAPD可以作为判断MRSH医院感染流行的初筛工具.
关键词： 甲氧西林抗药性 随机扩增多态DNA技术 葡萄球菌属 -
噬菌体宿主谱改变核酸分析研究
目的探讨一种高效提取RNA噬菌体核酸的新方法,并通过核酸分析从基因水平了解宿主谱改变对噬菌体核酸的影响.方法采用传统的聚乙二醇(PEG)沉淀-蛋白酶消化-酸性酚提取法、Tripure 提取法以及抗体沉淀-盐酸胍一步法3种方法分别提取大肠埃希菌f2噬菌体及其宽宿主谱株的RNA,通过琼脂糖凝胶电泳鉴定其纯度.采用兼并引物逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及随机引物随机扩增多态性DNA 聚合酶链反应(RAPD-PCR)比较分析噬菌体宿主谱改变前后其核酸序列组成的变化.结果抗体沉淀-盐酸胍一步法提取的噬菌体核酸具纯度高、条带完整等优点;f2噬菌体及其宽噬株均为6 000 bp左右的单链RNA噬菌体;两噬菌体基因cDNA扩增出的RAPD-DNA片段差异明显,其中26条为可区分的DNA带型;噬菌体f2 cDNA在450 bp附近出现重复性较好的扩增片段,而其宽噬株cDNA在相同条件下未出现扩增产物.结论抗体沉淀-盐酸胍一步法较其他两种RNA病毒核酸提取法具有明显的优势,具有应用价值的新的RNA噬菌体核酸的提取方法;宽宿主谱噬菌体的宿主特异性裂解效应已从基因水平发生了变化.
关键词： RNA 噬菌体 逆转录聚合酶链反应 随机扩增多态DNA技术 -
外周血浆K-ras基因突变的检测在胰腺癌诊断中的作用
目的探讨检测K-ras基因突变在胰腺癌诊断中的作用.方法收集15例胰腺癌,33例非胰腺癌病人的外周血标本,提取血浆DNA.采用限制性酶切片段长度多态性-多聚酶链反应(RFLp-pCR)方法检测突变的K-ras基因,直接测序方法测出K-ras基因的突变类型.结果胰腺癌病人外周血浆K-ras基因突变率为73%(11/15),非胰腺癌组中有2例胰头肿块型慢性胰腺炎者发生K-ras基因突变,其余均为阴性;血浆K-ras基因突变与肿瘤部位、大小及分期无关.结论检测外周血浆K-ras基因突变可用于胰腺癌的辅助诊断和胰腺癌高危人群的筛选.
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口腔扁平苔藓患者白色念珠菌分离株的毒力与遗传特征初探
目的研究健康人和口腔扁平苔藓(OLP)患者口腔白色念珠菌分离株的遗传特征及其与毒性特征的相关性.方法应用随机扩增片段多态性分析法(RAPD)分析来自于健康人(26株)、糜烂型OLP患者(62株)及非糜烂型OLP患者(24株)共112株白色念株菌的基因型特征,并采用蛋黄培养基沉淀环面积测量法及颊细胞黏附实验法检测这些菌株的磷脂酶活性和颊细胞黏附力,以了解菌株基因型特征与毒力特征的相关性.结果采用的RAPD分析法可大致将所有白色念珠菌分离株分为A、B、C、D 4种基因型;而健康对照组、糜烂型OLP和非糜烂型OLP组的白色念珠菌分离株的基因型构成均具有差异,其中,健康对照组以B、D型为主,糜烂型OLP组以A、C型为主,非糜烂型OLP组以A、D型为主;对4种基因型白色念珠菌的黏附力的比较显示,高为A型,其次为C型,后为B、D型;对4种基因型白色念珠菌的磷脂酶活性的比较显示,A、C型较高,其次为B型,后为D型.结论某些具有特定基因型的高毒力白色念珠菌分离株与OLP的发生发展可能相关.
关键词： 念珠菌 白色 扁平苔藓 口腔 随机扩增多态DNA技术 -
多种食源性致病菌的基因芯片检测技术
目的 探讨随机PCR结合基因芯片技术用于多种食源性致病菌筛查检测的可行性.方法 利用Clustal X和Oligo 6.0软件设计探针,进行生物信息学比对验证特异性,探针末端修饰后合成并制备基因芯片.使用锚定随机引物扩增细菌基因组DNA,偶联荧光染料的扩增产物与芯片杂交后扫描检测.对随机PCR及杂交反应等一系列检测条件进行优化.选取16种病原细菌进行芯片特异性验证,使用4种食源性致病菌DNA进行芯片灵敏度检测及重复性评价,制备细菌DNA混合样本和痢疾志贺菌模拟水污染样本对芯片检测效能进行初步考核.结果 9种食源性致病菌获得阳性结果,基因组DNA检测灵敏度102～ 103pg/μl,芯片重复性变异系数(CV)值＜l5％,混合样本检测与预期结果一致,低可检测水样本中痢疾志贺菌的低浓度为3.54×105cfu/ml.结论 初步建立的基于随机引物PCR的基因芯片技术进行多种食源性致病菌检测的方法,为病原细菌高通量筛查检测提供了一种新的思路.
关键词： 食源性致病菌 寡核苷酸序列分析 随机扩增多态DNA技术 -
丰度加权法分析冬虫夏草RAPD多态性高度差异及动态变化
目的:检测在冬虫夏草僵虫体、子座和子囊果部位多菌共存和差异表达导致的随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)分子标记多态性及其在冬虫夏草成熟过程中的动态变化.方法:采用模糊、整体性RAPD分子标记多态性研究法,选用20条随机引物,应用ZUNIX丰度加权相似度公式和丰度加权聚类法,比对冬虫夏草3个成熟期僵虫体、子座和子囊果部位RAPD分子标记多态性,以及与中国被毛孢的差异.结果:丰度非加权算法忽略了RAPD共有扩增子的丰度差异,而丰度加权ZUNIX相似度算法和聚类法,将扩增子的丰度差异及其在冬虫夏草成熟过程中的动态变化所蕴含的全部菌物分子信息汇入分析,准确获取样本间相似度和构建聚类图.冬虫夏草全部样本的总相似度为0.42,小于总相异度0.58.3个成熟期子座样本的相似度为0.57,僵虫体为0.50.同株冬虫夏草的子座和僵虫体样本的相似度随着成熟过程出现低→高→低的变化.子囊果部位与成熟子座的相似度高(0.87),汇入一个聚类分枝;未成熟子座和僵虫体聚为另一分枝;这两个分枝聚为一群.而成熟中子座和僵虫体聚为一个分枝,与成熟僵虫体聚为另一群.中国被毛孢与冬虫夏草样本的相似度为0.55～0.69,与冬虫夏草聚类群之间被外群对照蛹虫草拟青霉分隔.结论:冬虫夏草各部位的RAPD分子标记多态性丰富,随着冬虫夏草的成熟而变化;冬虫夏草与中国被毛孢的RAPD多态性存在巨大差异,支持冬虫夏草是多菌和多种突变基因型菌共生的统一微生态系统的学说,不支持“冬虫夏草是一种真菌”和“中国被毛孢是冬虫夏草的无性世代”的学说.
关键词： 冬虫夏草 随机扩增多态DNA技术 丰度加权算法 生物学标记 -
Zmu-1:DHP豚鼠的随机扩增多态性DNA分析
目的研究Zmu-1:DHP豚鼠基因组DNA的遗传多态性及其遗传概貌,探讨随机引物PCR(RAPDPCR)在豚鼠遗传质量检测中运用的可行性.方法用RAPD-PCR法,对新培育的Zmu-1:DHP豚鼠和对照品系DHP 豚鼠的基因组DNA进行PCR扩增.结果从40条随机引物中,筛选出2条呈多态性的引物,分别是第S1202号和第S1219号引物.Zmu-1:DHP品系的扩增产物无多态性变化,而且其条带与多数DHP品系的个体相同.少数DHP品系的个体呈多态性变化,并找到该品系增加和缺失的特征性条带各一种.结论 Zmu-1:DHP品系的基因纯合性及个体一致性较DHP品系高.二个品系的DNA序列存在较少差异,说明豚鼠品系间遗传结构比较接近.一旦选定具有多态性的引物,RAPD-PCR法可以区分豚鼠品系,适用于豚鼠遗传质量检定.
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中国地鼠RAPD分析体系的优化
目的优化中国地鼠RAPD分析体系.方法以30条引物对山医群体中国地鼠的两个家系基因组DNA在各种不同条件下进行RAPD,分析比较扩增结果.结果在下列反应体系及温度循环参数下结果较好:在25μl的反应体系中含有10×buffer 2.5μl,dNTP 0.2 mmol/L,Mg2+2.0 mmol/L,引物0.2 μmol/L,Taq酶1.5 U,模板DNA 15ng,扩增程序为94℃预变性3 min后进入循环体系,94℃变性30 s,36℃退火50 s,72℃延伸1 min,40个循环后接7 min延伸.结论以上述反应体系及温度循环参数进行中国地鼠RAPD,扩增结果稳定.
关键词： 随机扩增多态DNA技术 仓鼠属 优化 -
实验动物皮肤病原真菌核酸鉴定方法的建立
目的选择一种快速、敏感和特异的方法来检测实验动物皮肤病原真菌.方法选取真菌CHS1基因中一段序列设计皮肤真菌通用引物和选取一种随机引物FM1,利用聚合酶链反应(PCR)扩增三种动物皮肤病原真菌标准株:须毛癣菌、石膏样小孢子菌、犬小孢子菌.结果两种引物扩增产物片段大小在三种真菌之间有明显不同.结论本实验方法可快速特异性检测实验动物皮肤病原真菌.
关键词： 皮肤真菌病 随机扩增多态DNA技术 动物 实验 -
结晶型硫化镍诱导的人支气管上皮细胞系转化细胞基因组不稳定性分析
目的检测结晶型硫化镍对基因组不稳定性的影响,从而进一步探讨镍化合物致癌的分子机制.方法采用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术对经结晶型硫化镍在诱导人支气管上皮细胞系(16HBE)的恶变细胞中的基因组不稳定性进行分析.结果本实验所选用的7条随机引物均能扩增出清晰、明显的条带,条带数在1～6条之间.7条引物中第4条、第5条和第7条两条扩增的片段在实验组和对照组之间无明显差异,其余4条引物均有差异.对于同一随机引物他们都具有特异的带型.结论结晶型硫化镍能诱发16HBE细胞基因组不稳定.
关键词： 镍 基因 随机扩增多态DNA技术 -
随机扩增多态性DNA对新生儿病房产气肠杆菌基因分型
目的:建立产气肠杆菌随机扩增多态性DNA(RAPD)分析技术,用于新生儿病房产气肠杆菌流行病学调查.方法:对从新生儿病房两次集中分离出的产气肠杆菌进行抗生素低抑菌浓度试验(MIC)和RAPD分析,结合患儿的临床及流行病学资料进行分析.结果:药敏谱分型与RAPD分型不完全一致.16株产气肠杆菌的RAPD分型分为9型.RAPD分型为Ⅰ、Ⅲ、Ⅷ型的10株产气肠杆菌是流行相关菌株,均为医院内获得,分别导致3次各不相关的水平传播.结论:药敏谱分型不能很好地区分菌株的株间差异.RAPD分型准确、操作简便,在48 h内可确定流行株,是研究产气肠杆菌分子流行病学的有力工具.
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铜绿假单胞菌随机扩增多态性DNA基因分型及耐药性分析
目的 了解铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)的基因分型及克隆菌株对耐药率的影响.方法 对69株PA进行随机扩增多态性DNA基因分型和纸片琼脂扩散法耐药检测,结合基因分型结果进行耐药性分析.结果 69株PA基因分型36型,有47株菌是克隆菌株.药敏实验结果显示,基因分型后PA对哌拉西林、头孢吡肟、头孢他啶、亚胺培南、美罗培南、头孢哌酮/舒巴坦、阿米卡星、环丙沙星、多黏菌素B、氨曲南的耐药率分别为27.3%、36.4%、27.3%、59.1%、54.6%、45.4%、31.8%、31.8%、0.0%、40.9%.结论 在检测耐药率时应结合基因分型排除克隆菌株的影响,为当地提供合理的抗生素敏感性指南.
关键词： 铜绿假单胞菌 随机扩增多态DNA技术 细菌抗药性 基因型 -
RAPD技术在实验动物遗传育种中的应用
提高实验动物育种的选择效率和减少育种过程中的盲目性是实验动物遗传育种工作者的追求目标.近年来 ,分子标记技术的发展为加速实验动物育种进程带来了新的契机.与以往的表型性状、同工酶分析等方法相比,分子标记直接从DNA水平检测基因组的遗传变异,不受组织、发育时期、环境限制,且数量极多,多态性高.
关键词： 随机扩增多态DNA技术 动物 实验 遗传工程 遗传育种 -
青海省三江源地区3种生态型鼠疫耶尔森菌的基因多态性比较
目的 对青海省三江源地区及其毗邻的四川省石渠县分离的34株3种生态型(青海田鼠型、祁连山型、青藏高原型)鼠疫耶尔森菌进行基因多态性分析,比较不同生态型鼠疫菌之间的关系.方法 用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对34株不同生态型鼠疫菌进行扩增,然后进行琼脂糖凝胶电泳检测.结果 扩增产物在凝胶电泳上显示的条带,除3株菌不同外,其余31株菌无差异.结论 三江源地区青海田鼠型、祁连山型、青藏高原型鼠疫菌在遗传学上属于同源.
关键词： 随机扩增多态DNA技术 耶尔森菌 鼠疫 生态型 -
幽门螺杆菌感染个体中菌株基因多态性的研究
背景:幽门螺杆菌(H.pylori)感染的临床结局与宿主易感性、环境因素和菌株的基因多态性相关.了解感染个体中菌株的基因多态性,有助于阐明H.pylori感染的影响因素、致病机制和治疗后复发等问题.目的:研究同一H.pylori感染个体中的菌株是否存在基因多态性.方法:分别从14例临床H.pylori感染者的胃窦活检标本中分离、培养H.pylori,从每例菌株中分离出10个单克隆菌株.从分离自另7例患者胃窦和胃体活检标本的配对菌株中各分离出1个单克隆菌株.采用随机扩增多态性DNA(RAPD)指纹分析方法检测H.pylori菌株的基因多态性.结果:分离自不同感染个体的H.pyhlori菌株的RAPD指纹图有显著差异.大多数来自同一胃活检部位或同一感染个体的单克隆菌株的RAPD指纹图相同或十分相似,仅少数单克隆菌株的指纹图存在差异.结论:不同H.pylori感染个体所携带菌株的基因型存在显著多态性,同一个体携带的H.pylori菌株基因型相对均一.
关键词： 螺杆菌 幽门 多态现象(遗传学) 随机扩增多态DNA技术 -
七种媒介硬蜱基因组随机扩增多态性DNA分析
目的研究7种硬蜱的基因组随机扩增多态性DNA(RAPD)以及种间的遗传距离.方法用5条不同的多聚核苷酸单链引物对草原革蜱、森林革蜱、青海血蜱、台湾血蜱、刻点血蜱、龟形花蜱、卵形硬蜱7种硬蜱基因组DNA进行随机扩增,分析DNA图谱并计算7种硬蜱间的遗传距离.结果 7种硬蜱基因组随机扩增产物均有各自独特的DNA条带,种间的平均遗传距离为0.71.结论RAPD技术可以区分这7种硬蜱.
关键词： 蜱 基因组 随机扩增多态DNA技术 变异(遗传学) 聚类分柝 -
不同地域阴道毛滴虫分离株的随机扩增多态DNA技术分析
目的分析比较阴道毛滴虫7个分离株基因组DNA的遗传多态性.方法应用随机扩增多态DNA技术对阴道毛滴虫北京1株、北京2株、承德株、唐山株、九江1株、九江2株与九江3株基因组扩增,并对扩增产物进行聚类分析.结果7虫株两两间的遗传相似指数为77.4%～94.7%,遗传关系密切.其中:北京1株和唐山株为89.2%,九江1株和九江2株为92.1%,北京2株和九江3株为94.7%,亲缘关系较近.而九江1株和承德株间遗传相似指数为77.4%,同源性相对较低.结论7株阴道毛滴虫遗传关系密切,但在基因水平上存在种内差异性;地理位置对阴道毛滴虫遗传学特性影响不大.
关键词： 阴道毛滴虫 随机扩增多态DNA技术
