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2005—2010年贵州省狂犬病病毒与疫苗株核蛋白遗传差异分析
目的 分析2005-2010年贵州省狂犬病病毒(RABV)与疫苗株核蛋白基因的差异.方法 对贵州省不同地区2005-2010年收集的4份狂犬病患者标本和28份狂犬病病犬脑组织标本进行分析.采用直接免疫荧光法(DFA)和巢式RT-PCR检测,测定病毒N基因序列全长,同时,根据同源性及系统进化树比较,分析贵州省近年流行的RABV与GenBank数据库收录的RABV疫苗株N基因序列之间的差异.结果 经检测,21份病犬脑组织和4份患者标本RABV抗原和核酸阳性.经N基因序列测定拼接均得到长度为1353 bp的核苷酸序列.同源性分析显示,25株RABV毒株基因序列与GenBank数据库收录的RABV基因1型毒株的N基因核苷酸和氨基酸序列同源性较高,分别为89％ - 100％和98％～100％；与疫苗株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为86％～95％和96％～ 100％,在兽用疫苗株中,与HEP-Flury株N基因核苷酸和氨基酸的同源性高(分别为88％～89％和98％～99％),而在人用疫苗株中,与CTN株的核苷酸和氨基酸同源性高(分别为86％～100％和96％～100％).N基因系统进化树分析显示,25株毒株与RABV基因Ⅰ型毒株和疫苗株CTN株单独构成一群,与人用疫苗株CTN的差异小.结论 贵州省2005-2010年流行的RABV与兽用疫苗株HEP-Flury和人用疫苗株CTN在N基因水平的差异小.
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内皮型一氧化氮合酶基因G894T变异与超重和高血压的关系
目的探讨内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因第7外显子G894T变异与超重在高血压患病中的意义.方法在人群中筛检出未经药物系统治疗的116例高血压患者及136名血压正常者为研究对象;运用PCR-限制性片段长度多态性检测G894T变异;用相加模型分析G894T变异与超重之间的交互作用;用人群归因危险度百分比(PAR%)反映人群中的病因分值.结果 G894T变异与超重对高血压患病具有正交互作用;归因交互效应为1.99;归因交互效应百分比为30.76%;纯因子间归因交互效应百分比为36.38%.用多元logistic回归分析调整年龄、性别、吸烟指数及饮酒指数后,G894T 变异与超重对高血压患病仍具有正交互作用.调整上述混杂因素后,归因交互效应为2.85;归因交互效应百分比为39.97%;纯因子间归因交互效应百分比为46.49%.在给定条件下计算的PAR%约为15%.结论 eNOS基因第7外显子G894T变异与超重之间的交互作用在该研究人群高血压患病中具有重要意义;在仅仅对具有G894T变异与超重同时存在的部分人群中控制超重可明显降低一般人群高血压的患病率.
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1998-2009年浙江省H3N2亚型流行性感冒病毒全序列变异的研究
目的 比较1998-2009年浙江省H3N2亚型流行性感冒(简称流感)流行株HA基因进化与全基因进化状况的一致性,并探讨全基因组序列上可能存在的潜在抗原区域.方法 选择浙江省CDC流感实验室于1998-2009年流感疫情中分离保存的H3N2亚型流感流行代表株19株,采用RT-PCR法进行全基因组序列扩增,并将这些毒株与10株同期H3N2亚型流感疫苗株进行全序列及HA1基因的系统进化比较;通过氨基酸替换比较、熵值计算及正向选择位点的筛选,确定各基因上的氨基酸易变位点.结果 H3N2亚型流感病毒的全序列长度为4466个氨基酸,其中有137个氨基酸位点发生稳定变异.在HA基因上第144和158位氨基酸分别经历了4次和3次替换,NA基因的第93、143、307、370、372位氨基酸和NP基因的第450位氨基酸经历了2次替换,且HA基因和NA基因上分别有29%(12/41)和77%(24/31)的变异位点位于已知抗原决定簇之外的区域.氨基酸位点熵值分析显示,HA基因非抗原决定簇的3、225、361位,NA基因非抗原决定簇的93、143、147、150、372位,PB1基因的113、576、586位,PA基因的101、256、382、421、437位,NP基因的377、450位,M1基因的218位及M2基因的31位氨基酸均为易变位点.结论 浙江省1998-2009年H3N2亚型流感病毒在HA和NA已知抗原决定簇之外的区域与部分内部基因上,可能存在着一些尚未被发现或者新形成的抗原位点.与HA基因的系统进化比较,全序列能更为全面地反映出流感流行株之间的亲缘关系与进化规律.
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正中神经与尺神经交通支1例报告及文献回顾
肘关节水平的尺神经损伤,常导致患者手内在肌的功能障碍.笔者遇到1例肘部尺神经沟内尺神经完全断裂的患者,手内在肌无明显功能障碍,后经肌电图检查证实此患者存在正中神经与尺神经之间的交通支,现报告如下.
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桡神经解剖形态变异1例
近3年来在103例肱骨中下段骨折的手术过程中发现1例桡神经在该部位出现解剖形态的变异,现报告如下.患者,男,24岁,外伤性右肱骨中下段骨折,入院后经常规准备,采用臂丛麻醉行切开复位钢板内固定术.取上臂中下段外侧切口,分开深筋膜后未能常规触摸到圆形条索样桡神经,则按桡神经在该部位的解剖入路仔细探查,发现桡神经在肱骨桡神经沟中分成5条呈"松散"l状的桡神经分支,向内下方进入肱桡肌深面,向下进入肘窝前部,在该束周围未再探查到神经束存在,证实该束组织为桡神经.经予仔细保护,完成内固定手术,将该神经束置于原位,闭合切口.手术麻醉消退后,检查伸腕、伸拇、伸指功能及桡神经特定感觉区正常,确定桡神经无损伤迹象.
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肠道病毒71型5'端非编码区研究新进展
肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)是手足口病的重要病原,严重者伴有神经系统炎症或全身并发症甚至死亡.病毒RNA的翻译及复制受基因组5'端非编码区(5' Untranslated Regions,5'UTR)调控,此区域内部包含重要二级结构,某些突变能够改变病毒复制效率及细胞嗜性,甚至使毒力发生变化.本文综述了EV71 5'UTR的结构和主要功能以及变异研究新进展.
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我国部分省份(地区)汉族人群HLA-Ⅰ类基因多态性地区差异分析
目的 探讨我国部分省份(地区)汉族人群HLA-Ⅰ类经典基冈座位HLA-A、HLA-B、HLA-Cw位点的群体遗传学特点及其基因频率分布的地区差异.方法 选取1014例无关汉族拟行造血干细胞移植治疗患者及其健康家系供者的血液样本,提取基因组.DNA后,采用序列特异性引物聚合酶链式反应(PCR-SSP)分型技术进行HLA-A、HLA-B、HLA-Cw位点基因分型,分析不同地区汉族人群及不同种族间的基因频率分布特征.基于文献报道的我国不同地区汉族人群及不同种族的HLA-Ⅰ类基因频率资料,计算种群间遗传距离(D),比较不同地区汉族人群及不同种族间遗传距离差异.结果 Hard-Weinberg吻合度检验表明,本研究抽样群体适于进行遗传学统计分析.HLA-A位点共检测出14种基因型,常见的是A*02(0.330)、A*11(0.240)、A*24(0.155)、A*33(0.075);HLA-B位点共检测出27种基因型,常见的是B*13(0.134)、B*15(0.143)、B*40(0.133)、B*46(0.102);HLA-Cw位点共检测出13种基因型,常见的是Cw*01(0.157)、Cw*03(0.247)、Cw*07(0.181)、Cw*08(0.106).群体汉族与其他人种间HLA-A、HLA-B基因频率差异均有统计学意义(P<0.05);除兰州汉族人群仅同南方汉族、湖南、山东、江苏、台湾汉族人群间HLA-A、HLA-B基因频率差异有统计学意义(P<0.05)外,其余各地区汉族人群间HLA-A、HLA-B基因频率差异均有统计学意义(P<0.05).各地区汉族人群间平均遗传距离D=0.164,辽宁和北方汉族人群间遗传距离(D=0.064)小,江苏与湖南汉族人群间遗传距离(D=0.299)大;不同地区汉族人群间遗传距离普遍小于种族间遗传距离.结论 我国不同地区汉族人群HLA-Ⅰ类基因频率分布存在显著差异,但其差异要明显小于世界不同人种间的分布差异.我国汉族人群所特有的HLA-Ⅰ类基因频率分布格局资料对区域性疾病的个性化治疗、遗传易感性及疾病防治等研究具有很好的理论及应用价值.
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鼻咽癌中EB病毒BamHI"f"变异和潜伏膜蛋白1基因XhoI缺失型的分析
目的检测鼻咽癌组织中EB病毒 BamHI"f"和LMP1 XhoI-loss基因变异并探讨其意义.方法采用聚合酶链反应(PCR)、巢式PCR和限制性酶切分析检测40例鼻咽癌组织中EB病毒 BamHI"f"和LMP1 XhoI-loss基因变异.对48例健康成人外周血单个核细胞进行了EB病毒LMP1 XhoI-loss变异的检测.对3例具有代表性的PCR产物进行了基因序列分析.结果 40例鼻咽癌中EB病毒BamHI"f"变异型30例(75%),BamHI F型10例(25%).40例鼻咽癌组织中39例同时进行了EB病毒LMP1 XhoI-loss的检测,30例(76.9%)为LMP1 XhoI-loss;7例(18.0%)为LMP1 Wt-XhoI;2例为LMP1 Wt-XhoI和XhoI-loss并存.97.4%(38/39)鼻咽癌中至少出现一种类型EB病毒基因变异.仅1例鼻咽癌为EB病毒LMP1 Wt-XhoI/BamHI F,基因序列分析(LMP1第3外显子)发现也有7个碱基替换(其中5个为错义突变和2个为同义突变).48例健康成人外周血单个核细胞有10例(20.8%,10/48)成功扩增出EB病毒LMP1片段,10例均为LMP1 Wt-XhoI.结论与B95-8细胞株中EB病毒基因比较,鼻咽癌组织中EB病毒几乎均存在基因变异.健康成人携带的均为EB病毒LMP1 Wt-XhoI,而鼻咽癌细胞中主要为LMP1 XhoI-loss.因而,EB病毒基因变异可能与鼻咽癌的发生发展过程有关.
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胆管癌基因变异与临床病理学特征的关系
目的了解肝内胆管癌(ICC)在发生和发展过程中基因变异特点及其与临床病理学特征的关系.方法采用微量组织切割法,从22份ICC石蜡包埋组织块中提取基因组DNA,经PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳分离和DNA直接测序,检测6种肿瘤抑制基因(APC、MCC、DCC、OGG1、p53和RB1)的杂合性缺失和Ki-ras-2癌基因点突变的状况,分析其与临床病理学指标的关系.结果 7种肿瘤基因变异的总检出率为86.4%(19/22).根据变异基因类型与临床病理学特征的关系,将19例有基因变异的病例分为两型:Ⅰ型患者9例, 47.4%,具有APC、MCC、DCC和Ki-ras-2基因变异,平均年龄57.2岁;Ⅱ型患者10例, 52.6%,具有p53、OGG1和RB1基因变异,平均年龄69.1岁(P<0.05);Ⅰ型患者的术后3年生存率为88.9%(8例),明显高于Ⅱ型患者的30.0%(3例,P<0.05).结论 ICC的发生和发展与多基因变异的长期蓄积和协同作用密切相关;Ⅰ型基因变异(APC、MCC、DCC和Ki-ras-2)主要在ICC的启动和早期演进阶段起作用,Ⅱ型基因变异(p53、OGG1和RB1)则在促进ICC的晚期演进过程中发挥作用.对ICC基因变异谱系的检测有助于了解肿瘤演进状态和判断预后.
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人乳头瘤病毒16型E5序列进化分析
目的 通过HPV 16 E5序列进化分析,初步研究中日友好医院妇产科宫颈病变诊治中心无宫颈病变的汉族妇女HPV 16型内变异株类型.方法 用PCR法扩增HPV 16 E5基因片段,并进行比对分析测序.比对后的结果结合临床资料进行分析.结果 本研究第一次利用只有236 bp碱基的E5序列进行HPV 16变异株的进化分析,发现单独使用E5序列进行HPV 16变异株进化分析的准确率很高,并且,本研究第一次发现以4075T即可将亚洲株(As)变异株和其他变异株区分开来.结论 从E5基因序列出发进行进化分析,准确率高.单独以4075T即可将As变异株和其他变异株区分开来.
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乙型肝炎病毒表面抗原基因点突变对HBsAg抗原性的影响
目的 研究乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)常见基因点突变对HBsAg抗原性的影响,了解我国目前常用的HBsAg检测试剂对HBV S基因突变株的检测灵敏性,减少漏检,有效控制乙肝病毒(HBV)感染的传播.方法 构建HBsAg重组野毒株和重组变异株表达质粒,分别将重组野毒株HBsAg表达质粒pSS1adw2及pSS1adr和重组变异株HBsAg表达质粒pSS1adw2-145Arg、pSS1adr-126 Ser和pSS1adr-126 Asn转染COS-7细胞,进行瞬时转染.采用市售HBsAg ELISA检测试剂盒对细胞上清进行抗原性检测.结果 野毒株HBsAg和两种126位变异株HBsAg具有较好的抗原性;145位点突变后、导致HBsAg的抗原性下降.结论 推测是由于145位点变异影响了"a"抗原决定簇的空间结构,从而降低了其与抗-HBs的结合能力.
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基因芯片检测拉米夫定治疗慢性乙型肝炎过程中HBV变异技术的建立和应用
目的建立乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片对拉米夫定治疗慢性乙型肝炎过程中出现的肝炎病毒P基因区YMDD变异进行快速准确的检测诊断.方法设计特异性寡核苷酸探针阵列,特殊处理芯片载体.用点样法制备乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片.在本院住院治疗患者中选择30例服用拉米夫定后,HBV DNA转阴(＜500 copies/ml)I68周后又反跳≥5 000 copies/ml的患者进行基因芯片杂交检测分析.同时用PCR直接测序法对上述30例患者血清标本进行双盲HBVDNA聚合酶活性区域测序对照.结果 30例服药后HBVDNA反跳患者中基因芯片测得HBV YMDD变异21例,其中YVDD变异11例.YIDD变异10例.HBVDNA PCR直接序列测定结果,有核苷酸A741变为G,使氨基酸由蛋氨酸552变为缬氨酸(氨基酸基序由YMDD变为YVDD)11例,并有6例核苷酸A669变为C,使氨基酸由亮氨酸528变为蛋氨酸.核苷酸G743变为T,使氨基酸由蛋氨酸552变为异亮氨酸(氨基酸基序由YMDD变为YIDD)10例.其中有3例伴有核苷酸T781变为C,使氨基酸由亮氨酸565变为脯氨酸.标本阳性变异序号与基因芯片检测结果完全一致.结论乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片可以同时检测YVDD,YIDD变异,同PCR直接测序法比较,准确率达100%,无假阳性.
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1990～2000年间我国乙型流感病毒HA1基因演变的特征
目的了解1990～2000年间我国乙型流感病毒HA1基因的演变特征.方法提取病毒RNA,经逆转录和聚合酶链式反应扩增后测序,测定的序列和Gen bank中已有的相关序列进行比较.结果①我国乙型流感病毒在此期间一直存在两个差别较大的谱系,除1994年和1997年Victoria谱系为主外,其余各年均以Yamagata谱系为主;②1992年以后Yamagata谱系又分化出两个组,彼此间氨基酸序列差异达6%;③1990～2000年间非回复突变的、大的变异株引导乙型流感的流行;④除了个别毒株之外,同一年份我国不同地区流行的属于同一谱系的乙型毒株HA1基因序列差别不大.结论我国乙型流感病毒1990～2000年间一直存在两个差别较大的谱系,其中Yamagata谱系在此期间又分化出两个组,谱系的更换和同一谱系内出现大的变异株具有重要的流行病学意义.
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中国狂犬病N基因分子流行病学调查研究
目的 通过分析近年中国狂犬病病毒流行株N基因特征和遗传变异状况,探讨我国狂犬病的流行分布与狂犬病病毒遗传变异间的关系.方法 对不同流行地区、不同宿主动物来源的狂犬病标本,进行病毒N基因编码区下游720个核苷酸序列测定、序列同源性比较和种系发生分析.结果 获得相应区段的狂犬病病毒核苷酸序列34份;核苷酸序列同源性87.5%～100%,推导的氨基酸序列同源性93.3%～99.6%,核苷酸序列的变异主要为同义突变.结论 34个病毒标本都属于基因Ⅰ型狂犬病病毒且具有地域性特征.我国狂犬病高发病地区狂犬病病毒来源多样化,且病毒呈现从高发病地区向周边地区的传播和扩散,野生动物与家养动物之间,本国动物与外国动物之间,可能均存在着狂犬病病毒的交叉感染和相互传播.
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早期HIV-1感染env基因的动态变异研究
目的 追踪观察HIV-1新发感染者体内CRF07_BC重组毒株膜蛋白基因的变异性.方法 从HIV-1感染者血浆中提取总RNA,通过逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)获得HIV-1 gp120全长及C2-C5区段基因.纯化后装入T载体,转化至Top10大肠埃希菌内增殖,通过蓝白斑筛选获得阳性克隆,运用PCR方法进行鉴定,后对所获得的目的克隆测序.结果从两个感染者血浆样品中获得感染后半年到2年半间多个时间点的gp120基因克隆共135个及gp120基因C2-C5区段克隆15个,分析显示这些克隆均为HIV-1 CRF07_BC亚型.随感染时间的延长,HIV-1 env基因的离散率与多样性均有增加的趋势.env基因同义突变与非同义突变比较结果显示,C1、C3与V4区段非同义突变比率比gp120基因的其他区域都高.基因多态性分析的结果显示,同一时间点内不同毒株基因在不同区段的变异是不同的,基因多样性介于0与0.066±0.028之间.结论 随着患者感染时间的推移,HIV-1膜蛋白基因的变异逐渐增大.C1、C3和V4区的高突变率提示,该基因区可能是HIV-1病毒生存与宿主免疫压力相互作用的主要位点.
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青岛地区乙型肝炎病毒基因分型及YMDD自然变异的研究
目的 研究青岛地区乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分布以及不同基因型HBV病毒的复制能力与YMDD自然变异情况,探讨其临床意义.方法 对144例HBV-DNA阳性患者采用荧光定量PCR方法检测HBV基因分型及YMDD自然变异,并进行统计学分析.结果 114例患者中C型130例(90.3％),B型12例(8.3％),非B非C型2例(1.4％)；有33例(22.9％)存在自然YMDD变异,其中YVDD阳性25例(75.5％),YIDD阳性3例(9.1％),YVDD与YIDD同时阳性5例(15.2％).经统计学分析,乙肝病毒基因型与临床诊断、HBV-DNA病毒载量及YMDD自然变异之间差异无统计学意义(P＞0.05).结论 青岛地区HBV基因型以C型为主,未经治疗的慢性乙肝患者存在YMDD自然变异株,未发现HBV基因型与YMDD自然变异及疾病进程相关.
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北京地区人乳头瘤病毒16型感染及其E6/E7基因变异与宫颈病变的相关性研究
目的 探讨HPV16感染及其E6/E7基因变异与宫颈病变的相关性.方法 采用导流杂交技术进行HPV感染分型检测,PCR扩增出80份HPV16阳性宫颈病变的E6/E7基因、克隆入pMD18-T载体,双向测序分析基因变异与宫颈病变相关性.结果 HPV16在宫颈病变患者中的检出率高为33.3%(154/463),与病变程度相关(P＜0.05).E6/E7基因72份测序成功,DNA序列变异发生率为88.9%(64/72).氨基酸序列E6-D32E(T96G)和E7-N29S(A86G)位点突变同时伴随存在,D32E/N29S的检出率为38.9%(28/72),与宫颈病变程度相关(P＜0.05).结论 HPV16是北京地区来源的宫颈病变中常见的致病型,其D32E/N29S变异与病变程度相关.
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山东省某些高危人群HIV-1感染者分子流行病学研究
目的 了解流行于山东境内HIV-1毒株的亚型分布及变异情况，分析其来源并推测其流行趋势。方法 采集了25份HIV-1抗体阳性感染者的全血分离单核细胞(PBMC)，提取前病毒DNA，经nested-PCR扩增HIV-1膜蛋白(env)基因的C2-V3区并进行序列测定和亚型分析。结果 25份HIV-1阳性感染者的PBMC样品中扩增到24份可用于序列测定的HIV-1env基因片段，经序列测定和基因分析鉴别出共有5种HIV-1M亚群基因亚型：A、B、C、E和B＇亚型。13名有偿献血人员均为B＇(泰国B)亚型，10名回国劳工及1名回国劳工的女性配偶中存在A、B、C、E四种亚型。结论 山东省HIV-1各种亚型毒株感染情况复杂，因此应加强对献血者及回国劳工等高危人群的检测和控制，以防HIV-1各亚型毒株在全省的蔓延。
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湖州地区乙肝疫苗免疫失败儿童乙肝病毒S基因“a"决定簇变异分析
目的 了解湖州地区乙肝疫苗免疫失败儿童病毒S基因型变异情况.方法 应用聚合酶链反应(PCR)方法对29例HBV-DNA阳性乙肝疫苗免疫失败儿童乙肝病毒S基因进行扩增,PCR扩增产物进行序列分析.结果 29例样本中测序结果显示,B基因型26例,C基因型3例,有9例样本在S区“a”决定簇发生变异,变异主要存在“a”决定簇内127、129、131、133、141、142、144等氨基酸位点.结论 湖州地区乙肝疫苗免疫失败儿童在“a”决定簇区确实存在变异,可能是发生免疫失败的原因,但并未形成明显优势变异株.
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无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究
目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.
