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上海市长宁区2015—2016年冬春季甲型H1N1流感病毒基因特征分析
目的 对2015—2016年冬春季甲型H1N1流感病毒基因特征进行分析.方法 选取上海市长宁区流感网络实验室于2015—2016年流感冬春季流行高峰期分离的甲型H1N1毒株35株,采用RT-PCR扩增其血凝素基因(hemagglutinin,HA)及神经氨酸酶基因(neuraminidase,NA)全长,并对扩增产物进行序列测定.使用MEGA软件计算基因同源性,使用MegAlign软件分析相关抗原和耐药位点,使用NetNGlyc 1.0软件在线预测糖基化位点.结果 35株甲型H1N1流感病毒HA基因分布在Clade 6B.1、6B.2和6C分支上,以Clade 6B.1为主.与2015—2016、2016—2017年北半球推荐的疫苗株A/California/07/2009的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.7％～99.0％和96.7％～98.2％.与2017—2018年疫苗株A/Michigan/45/2015的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.2％～99.3％和97.5％～99.5％;与疫苗株A/California/07/2009相比,35株分离株的HA都发生了抗原位点Sb区S185T位点和Cb区S203T位点突变,33株发生了Sa区K163Q位点突变,7株发生了Cb区Q223R位点突变.受体结合位点和糖基化位点的氨基酸序列均未发生变异.对35株病毒NA基因上9个与耐药有关的基因位点进行分析,1株发生了H274Y位点的改变.结论 2015—2016年冬春季流行的甲型H1N1病毒的HA和NA基因序列改变可能是造成流行高峰的主要原因.
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上海地区2004-2008年流行性感冒病毒亚型分布及血凝素基因进化研究
目的 了解上海地区近几年的流行性感冒(简称流感)病毒型与亚型分布及甲亚型流感病毒血凝素(HA)基因的进化.方法 采集2004-2008年上海地区5个流感监测哨点流感样患者和聚集性流感暴发患者的962份咽拭子标本进行流感病毒分离鉴定,确定病毒型及亚型.对上海市不同年份、不同区域的甲型流感病毒散发、聚集性暴发分离株进行HA基因全片段测序,并与近几年世界卫生组织(WHO)疫苗推荐株进行比对分析,绘制基因进化树.结果 A/H3N2是近几年季节性流感的主要亚型,占阳性标本构成比为54.9%(162/295),但在2005年末至2006年夏季流行强度低,仅占阳性标本构成比分别为0%(0/16)和23.5%(8/34);A/H1N1在2005-2006年3个流行季节活跃,占阳性标本构成比分别达到21.4%(12/56)、43.8%(7/16)、76.5%(26/34),近2年分离株明显减少,占阳性标本构成比仅分别为0%(0/44)和5.0%(7/139);B型在2004年至2005年季节性流感中活动强度较高,占阳性标本构成比分别为42.9%(24/56)和56.2%(9/16),在2006-2007年季节性流感中未分离到,2008年流行强度又有增加,占阳性标本构成比为34.5%(48/139).2005-2008年,A/H1N1 HA基因进化树显示,同一年份HA基因成簇分布,序列相近;2004-2008年,A/H3N2 HA基因进化树显示,虽然同一年份序列相近,但相近序列进化枝插有相近年份的分离株,并且同一年份存有变异较大的序列.A/H1N1、A/H3N2流行株的序列与当年WHO的疫苗推荐株序列相似.结论 各年份流感流行的型与亚型分布不同,A/H3N2是近几年季节性流感的主要亚型.同一年份的A/H1N1、A/H3N2 HA基因序列成簇分布,但在A/H3N2同一年份的进化枝中插有相近年份的分离株序列,并且存在变异较大的序列.近年,WHO疫苗推荐株HA序列与当年流行株序列相近.
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浙江省麻疹病毒流行株血凝素基因的变异及其与国内外流行株的差异
目的 探讨浙江省麻疹病毒(measles virus,MV)流行株血凝素基因的变异情况,及其与国内外流行株的差异.方法 选取浙江省1999-2011年分离保存的麻疹病毒流行株33株,提取病毒核酸,采用RT-PCR法扩增其血凝素(H)基因全序列,并与GenBank上下载的中国麻疹疫苗株沪191,以及95株国内外各基因型麻疹毒株的H基因序列进行比较分析.结果 从浙江省1999-2011年麻疹患者咽拭子标本中分离麻疹病毒株33株,与1993-2007年我国其他地区麻疹流行株构建H基因系统进化树,结果表明33株浙江麻疹流行株均属于H1a亚型,流行株分布无明显时间和地域特征.以疫苗株沪191为参考株,我国2003-2011年H1a亚型流行株H基因的核苷酸、氨基酸平均变异率以及进化率分别为5.15％、4.44％和5.81％,分别高于1965-1993年(4.75％、3.86％和5.30％),以及1994-2002年(4.80％、4.08％和5.37％)流行株平均变异率与进化率；3个时间段流行株H基因非同义替换率与同义替换率的比值(dn/ds)分别为0.19、0.21和0.23,表明1993-2011年我国H1a型麻疹流行株尚未受到明显的正向选择作用.我国2003-2011年H1a亚型毒株与沪191之间,在H基因上共存在24个稳定的氨基酸变异位点；H1a亚型流行株与A基因型疫苗株间差异大,遗传距离为0.053,氨基酸差异数为26 ～28个,而B3、D4型代表株与沪191间稳定的氨基酸差异仅为15个.另外,H1a型流行株与B、D基因型毒株间差异明显,组间遗传距离分别为0.074和0.071,氨基酸差异数达27～33个.结论 麻疹病毒H1a亚型流行株与疫苗株以及其他基因型麻疹病毒株,在H基因上存在明显差异,且该差异随时间累积而增大,应该引起足够的重视.
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2010-2012年宁波市乙型流行性感冒病毒血凝素及神经氨酸酶基因差异分析
目的 分析2010-2012年宁波市乙型流行性感冒(简称流感)病毒的流行状态及表面抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)进化情况.方法 收集宁波市2010-2012年流感样患者的咽拭子和含漱液标本3440份,进行流感病毒分离鉴定;同时采集2010年正常人群血清628份,进行抗体滴度测定.选择不同时期乙型流感分离株进行HA和NA基因序列测定,分析病毒表面抗原基因的进化方向与流行规律的关系.结果 共计109份临床样本分离出乙型流感病毒,其中Victoria系102份(93.6％),Yamagata系7份(6.4％);在628份正常人群血清中,Victoria和Yamagata系乙型流感病毒抗体阳性率分别为321 (51.1％)和300 (47.8％),差异无统计学意义(x2=1.405,P＞0.05).进化分析显示,2010-2012年Victoria系HA基因均聚集在疫苗株Malaysia/2506/2004分支中,而NA基因则出现了不同方向的进化分支.Victoria系流行株与Brisbane/60/2008在HA基因中仅1～5个氨基酸位点的差异,而NA基因上有6～16个位点的差异.相比HA基因,Victoria系NA的进化速度更快.结论 2010-2012年宁波市Victoria系乙型流感的NA基因进化速度比HA基因快;综合HA与NA基因序列分析对观察流感病毒的基因变异更为灵敏可靠.
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2014-2015年云南省边境H5N6禽流感病毒血凝素与神经氨酸酶基因序列分析
禽流感是由A型流感病毒引起的一种急性传染病[1-3]。病毒基因组由8个分节段的单股负链RNA组成，其中血凝素和神经氨酸酶均为糖蛋白，是作为A型流感病毒亚型划分的依据。禽流感病毒根据血凝素和神经氨酸酶的抗原性差异分为H1~H16、N1~N9不同亚型[4-5]；根据其致病性和传播能力强弱可分为高致病性、低致病性和非致病性三大类，高致病性主要是由H5和H7亚型流感病毒引起的[6-7]。近年来H5N6成为全球高致病性禽流感分布流行的主要亚型，开展云南省禽流感病毒H5N6病原监测、血凝素和神经氨酸酶基因变异和进化分析，对禽流感研究及防范新基因型入侵具有重要意义[8]。
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H3N8型马流感血凝素核酸疫苗的初步研究
目的 研发一种具有良好免疫原性的H3N8型马流感血凝素(hemagglutinin,HA)核酸疫苗.方法 根据马 A 型流感病毒 A/Equine/Xinjiang/3/08(H3N8)的HA蛋白序列,经密码子优化后化学合成能够表达相应蛋白的基因片段,并将该片段克隆到核酸疫苗载体pJW4303中,构建带有天然信号肽的H3HA核酸疫苗,命名为H3HA/XJ3-08-wt;进一步对HA基因进行修饰,以人组织纤维蛋白酶原激活剂(human tissue plasminogen activator,tPA)取代H3HA天然信号肽,命名为H3HA/XJ3-08-tPA,或切除部分HA的基因片段使之只表达HA蛋白的胞外域,命名为H3HA/XJ3-08-dTM.用这3种重组质粒分别转染293T细胞,蛋白表达经蛋白质印迹检测得到确认.采用电转录法免疫新西兰白兔.ELISA方法检测免疫后兔血清中抗H3HA抗体滴度,血凝抑制实验(hemagglutination inhibition,HI)检测保护性抗体水平.结果 3种H3HA核酸疫苗均可在293T细胞中高效表达,并能够在新西兰白兔体内诱导产生特异性抗H3HA抗体,HI检测到不同水平的保护性抗体.其中以H3HA/XJ3-08-tPA的免疫原性强.结论 新构建的H3N8型马流感血凝素核酸疫苗具有良好的免疫原性,为此类疫苗的进一步研发奠定了基础.
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无锡地区新型H7N9禽流感病毒基因变异分析
目的 了解无锡地区第一次和第二次疫情新型H7N9禽流感HA和NA的基因位点变化情况.方法 对各医疗机构送检的新型H7N9禽流感病毒,进行血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)核苷酸序列测定,用Bioedit和MEGA version 4.0分析软件进行基因种系进化特性分析.结果 无锡市第一次和第二次疫情H7N9禽流感HA同源性为99.09％ ～99.55％,第二次疫情H7N9禽流感病毒在E116G、Q154R、L213S、C421Y、M475I位与第一次及其他域毒株不同;NA同源性为99.09％～99.77％,第二次进化树形成两簇,且每一簇都有环境株出现.结论 通过对HA和NA基因序列的比对分析,新型H7N9禽流感从第一次到第二次疫情,氨基酸位点有一些改变,但第二次疫情毒株相对成簇.这表明,H7N9禽流感病毒在无锡地区人群中尚未出现流行,仍属于偶发和散发现象.
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应用果蝇S2细胞高效表达甲型H1N1流感病毒可溶性HA蛋白及其活性分析
目的 应用果蝇S2细胞表达甲型H1N1流感病毒可溶性HA蛋白,并评估其免疫活性.方法 以甲型H1N1流感A/Shenzhen/71/09病毒株作为模版,采用RT-PCR技术扩增HA基因,构建持续性表达载体pAC5.1-HA,协同筛选载体pCoblast共转染至S2细胞,通过Blasticindin抗生素筛选获得稳定转染的S2细胞株.利用Western Blot技术鉴定细胞上清HA蛋白表达,使用Ni亲和柱纯化重组HA蛋白.使用HA免疫BALB/c小鼠3次,利用ELISA检测HA特异性抗体效价.结果 成功克隆A/Shenzhen/71/09 HA基因,长度约1.7×103 bp.将HA基因克隆入pAC5.1-V5/His载体,经过转染、抗生素筛选后获得稳定表达HA的S2细胞株,目的蛋白以分泌形式表达于上清,相对分子质量约75×103 D.免疫小鼠后可诱导机体产生抗HA特异性抗体,免疫后10d、30 d效价分别为1∶1280、1∶5120.结论 获得可溶性表达的HA蛋白,并具有良好的免疫活性,为后期流感免疫诊断试剂的研制、亚单位疫苗的开发、单克隆抗体的制备奠定了基础.
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猪型(H1N1)流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因来源的研究
目的研究2002年我国内地从猪群中分离的猪型(H1N1)毒株HA和NA基因来源,及其使猪致病的原因. 方法用PCR扩增目的基因,用PGEM-T Easy Vector,4℃过夜连接,重组质粒转入DH-10B细菌,筛选阳性菌落,酶切鉴定,送六合通公司自动测序,并作进化树分析. 结果 3株猪型(H1N1)病毒的HA和NA基因属猪型(H1N1)流感病毒,而不同于其他禽或人的H1N1亚型流感病毒.2002年猪型毒株由1991年猪型毒株演变而来.近来我国内地猪群中猪型毒株活动增强,其对猪能致病是由于病毒粒HA和NA蛋白抗原性发生变异所造成.结论 3株猪型病毒的HA 和NA 基因来源于猪型(H1N1)毒株.近来猪型毒株对猪具有致病性和活动增强是由于其HA和NA蛋白分子上氨基酸序列发生替换所造成.
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2004-2005年中国B型流感病毒抗原性及基因特性研究
目的阐明2004-2005年中国流行的B型流感病毒血凝素抗原性及其基因变异情况.方法对2004-2005年分离的B型毒株先进行单向血凝抑制试验;在此基础上选取不同时间、地点的B型流感毒株进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因进化特性分析.结果2004-2005年我国人群中同时流行着B型Yamagata系和Victoria系毒株.Yamagata系毒株与B/Shanghai/361/02比较,2004年有3.7%病毒单向血凝抑制效价有4倍以上差异,2005年有4.5%病毒单向血凝抑制效价有4倍以上差异,并且在血凝素基因HA1区发生9个氨基酸替换,在196为增加一个糖基化位点.Victoria系毒株与B/Hong kong/330/01比较,2004年有8.5%病毒单向血凝抑制效价有4倍以上差异,2005年有20.6%病毒单向血凝抑制效价有4倍以上差异,并且在HA1区发生9个氨基酸替换,在197位增加一个糖基化位点.结论2004-2005年我国人群中流行的B型流感病毒的抗原性与B/Shanghai/361/02、B/Hong kong/330/01相比抗原性已经发生了变化.
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无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究
目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.
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H5N1禽流感病毒HA假病毒的构建及特性研究
目的 构建包膜蛋白为H5N1禽流感病毒HA蛋白的假病毒,对其生物学特性进行研究,并将其初步应用于H5N1禽流感病毒的血清检测.方法 将我国分离的高致病性H5N1禽流感病毒的HA基因插入真核表达质粒,得到pLP-HA,与假病毒构建体系的三种质粒pLP1,pLF2和pEmGFP,瞬时共转染人胚肾细胞293T,48 h收集假病毒上清,对其感染性,血凝活性进行测定,并应用于微量中和实验.同时,构建了优化HA基因的假病毒以及一株含有越南禽流感病毒HA基因的假病毒,进行比较.结果 电镜下观察到假病毒颗粒的存在;Western-Blot表明HA蛋白存在于假病毒颗粒中;HA假病毒与野生型活病毒的微量中和实验相比,两者结果具有很好的相关性.结论 成功构建了不同高致病性H5N1禽流感病毒HA蛋白的假病毒,所构建的假病毒可以应用于微量中和实验.研究发现不同禽流感病毒株HA蛋白假病毒的包装效率不同,并且真核表达优化基因并不能显著提高假病毒颗粒包装效率.
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新近分离的甲型流感病毒(H1N1)血凝素氨基酸序列分析
[编者按] 2009年3月,墨西哥暴发甲型H1N1流感,随后疫情迅速蔓延.截至2009年6月5日,全球已有69个国家出现甲型H1N1流感确诊病例,共确诊21 940例,死亡125例.我国确诊107例,内地61例,中国香港30例,中国台湾16例.4月30日,我国卫生部将甲型H1N1流感纳入<中华人民共和国传染病防治法>规定的乙类传染病,并采取甲类传染病的预防、控制措施,同时还将其纳入了<中华人民共和国国境卫生检疫法>规定的检疫传染病管理.导致此次流感暴发的H1N1型流感病毒是变异后的新型病毒,为加深大家对此类病毒的认识,切实做好疫情的防控工作,本刊特组织了一系列甲型H1N1流感相关文章、指南和方案,供大家参考.
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上海地区儿童新型甲型H1N1流感的临床和分子流行病学特征
目的 了解新型甲型H1N1流感病毒自暴发流行后在上海地区儿童中的流行病学特征,监测血凝素抗原区抗原位点变异及奥司他韦耐药株.方法 在2009年6月至2012年5月连续3年间,前瞻性监测因流感样疾病就诊于复旦大学附属儿科医院的门诊患儿,收集呼吸道标本和临床资料.检测新型甲型H1N1流感病毒、季节性甲型和乙型流感病毒,分析部分新型甲型H1N1流行株血凝素(hemagglutinin,HA)基因抗原位点变异及神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因耐药位点突变情况.结果 共入选3475例患儿,新型甲型H1N1阳性222例(6.4％).2009年8月至2010年2月第1次流行波和2010年12月至2011年2月第2次流行波确诊病例年龄中位数分别为53.5个月和32.0个月(Z=-4.601,P=0.000).119例(53.6％)患儿有明确暴露史,其中68例(57.1％)暴露对象为家庭成员,47例(39.5％)暴露对象为幼儿园或学校同学.新型甲型H1N1病毒HA序列分析显示上海地区流行株与疫苗株高度同源.未检测到NA基因片段具有H275Y和N295S特征突变的奥司他韦耐药株.结论 上海地区儿童在2009至201 1年经历了2次新型甲型H1N1流感的暴发流行.家庭内和学校传播是大流行株在社区儿童传播的主要模式.疫苗可提供有效的保护作用.未检测到奥司他韦耐药株.
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牙龈卟啉单胞菌血凝素2与氯化血红素结合多肽的序列分析
段,质谱分析多肽片段的氨基酸序列.结果 PCR鉴定、质粒测序、蛋白质印迹法及质谱分析结果均证实原核表达蛋白为Pg的HA-2.氯化血红素结合实验明确了rHA-2具有与氯化血红素结合的功能.质谱分析与氯化血红素结合的多肽片段的氨基酸序列为DHYAVMISKTGTNAG.结论 成功基因克隆重组与原核表达了具有与氯化血红素结合功能的PgHA-2,明确了与氯化血红素结合的多肽片段的氨基酸序列,为针对Pg的牙周病免疫预防和治疗药物的开发奠定了基础.
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牙龈卟啉单胞菌血凝素2基因缺陷型突变株的构建
目的 构建牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,Pg)血凝素2(hemagglutinin-adhesin 2,HA-2)基因缺陷型突变株,为研究HA-2基因功能奠定基础.方法 PCR扩增PgHA-2基因两翼片段HA_u、HA_1,将抗性基因ermF-ermAM连接到两者之间构建打靶载体HA-ermF-ermAM.将HA-ermF-ermAM电转化PgATCC33277,基因同源重组整合进入PgATCC33277染色体,用选择性培养基筛选获得PgATCC33277HA-2基因缺陷型突变株.进行PgATCC33277HA-2基因缺陷型突变株与其野生株凝血功能试验,比较二者的凝血功能差异.结果 PCR、酶切和测序鉴定结果表明,打靶载体HA-ermF-ermAM成功构建.经PCR鉴定,打靶载体HA-ermF-ermAM通过同源重组整合进入PgATCC33277染色体,成功获得PgATCC33277HA-2基因缺陷型突变株.凝血实验结果表明,PsATCC33277HA-2基因缺陷型突变株与野生株相比凝血能力明显减弱.结论 成功获得PgATCC33277HA-2基因缺陷型突变株,为进一步研究HA-2的生物学性质奠定了基础.
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不含POU结构域的八聚核苷酸结合蛋白(NONO)真核表达载体的构建及其细胞内定位
目的 构建小鼠的不包含POU结构域的八聚核苷酸结合蛋白(NONO)真核表达载体,并观察其在NIH3T3细胞中的表达和定位.方法 提取BALB/c小鼠肝脏组织总RNA,通过RT- PCR扩增得到NONO编码序列,将该序列克隆至带有血凝素(HA)标记的载体pcDNA3-HA上,构建质粒pcDNA3-NONO-HA.通过PCR、双酶切鉴定构建正确后以脂质体为媒介转染NIH3T3细胞,采用荧光显微镜观察该融合蛋白在细胞内的表达及定位情况.结果 重组质粒经PCR、酶切和测序鉴定证明构建正确,且能在NIH3T3细胞中得到大量表达.荧光显微镜观察发现NONO-HA融合蛋白在静息状态下主要分布于胞质中.结论 成功构建带HA标签的NONO真核表达载体,该载体能在哺乳动物细胞中有效表达NONO-HA融合蛋白.
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高迁移率族蛋白HMGB2的细胞内定位及移位研究
目的 观察鼠高迁移率族蛋白B2(HMGB2)在真核细胞中的定位和移位情况.方法 提取BALB/c小鼠肝脏组织总RNA,通过RT-PCR扩增得到HMGB2编码序列.然后将该编码序列克隆到带有血凝素(HA)标记的载体pcDNA3-HA上,构建质粒命名为pcDNA3-HA-HMGB2,随后将其转染NIH 3T3细胞.荧光显微镜观察仅转染质粒的细胞和质粒转染与亚砷酸钠刺激30min和1h后细胞内HA-HMGB2融合蛋白的定位及移位情况.结果 重组质粒经酶切、聚合酶链反应(FCR)和测序鉴定证明构建正确,并在NIH 3T3细胞中得到大量表达.荧光显微镜观察发现,FIA-HMGP2蛋白主要分布于细胞核中,经亚砷酸钠刺激后30min,部分细胞中的蛋白从胞核移位到胞质,刺激1h后蛋白则主要分布于胞质中.结论 成功构建带HA标签的HMGB2真核表达载体.该载体能在哺乳动物细胞中有效表达并正确定位、移位,为下一步深入研究HMGB2作用细胞的信号通路提供了一个重要工具.
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H7 N9流感病毒血凝素HA在毕赤酵母中的表达及免疫原性分析
目的：利用毕赤酵母表达制备H7N9流感病毒血凝素[HA 1～525个氨基酸（aa）]，并对其免疫原性进行研究。方法经全基因合成获得H7N9流感病毒[A／Hangzhou／1／2013（H7N9）]全长HA，以其为模板，PCR得到片段HA1－525，通过NspⅤ和NotⅠ双酶切连入pPICZαA载体，转入毕赤酵母X33，ELISA筛选阳性克隆。发酵培养后，表达上清经PEG20000沉淀获取HA1－525，并用糖苷内切酶H（ endo H）酶切分析其N-糖链。将制备的HA1－525免疫BALB／c小鼠，经ELISA检测特异性HA7抗体滴度，红细胞凝集抑制实验分析血抑活性。结果培养上清用抗HA7抗体经ELISA检测，重组菌成功表达HA7，且Western印迹检测发现有特异性弥散条带，经endo H 酶切后， HA1－525为均一条带，相对分子质量约58×103，与理论大小相当，表明HA1－525存在甘露糖基化结构。 HA1－525两次免疫小鼠后可产生1∶36000的抗体滴度。以H7N9裂解苗为抗原，检测其血抑活性为1∶700。结论利用毕赤酵母表达的H7N9流感病毒HA1－525可以诱导小鼠产生针对HA7的中和抗体。
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甲型H7N9流感病毒血凝素和神经氨酸酶的进化及抗原位点变异分析
目的 分析甲型H7 N9流感病毒的血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)进化及其抗原位点变异.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)和全球共享禽流感数据倡议组织(GISAID)数据库检索并下载从建库到2013年4月13日的H7N9病毒HA、NA的基因和氨基酸序列.应用Clustal-W、MEGA 5.0、NetNGlyc 1.0 Server、DNAMAN等生物信息学软件,对HA、NA的基因序列和氨基酸序列进行比对分析以及预测其潜在的抗原位点.结果 共有26条HA基因和氨基酸序列以及24条NA基因和氨基酸序列纳入分析.美洲地区的H7N9流感病毒HA、NA基因和氨基酸的保守性较亚欧地区高.HA、NA基因进化分为亚欧地区和美洲地区两大系.所有病毒HA裂解位点附近仅含1个碱性氨基酸R(Arg).HA蛋白裂解位点和NA蛋白糖基化位点表现出地区差异,HA蛋白糖基化位点保守.HA、NA蛋白在亚欧地区和美洲地区有多个抗原位点发生变异.7例中国分离的新型H7N9病毒进化位于亚欧地区分支,NA的茎部在69～ 73位有5个氨基酸缺失,HA蛋白裂解位点、糖基化位点未发生变异,HA、NA蛋白多个抗原位点发生了与其他病毒株不同的变异.结论 H7N9病毒HA、NA进化表现出地区差异性.NA茎部氨基酸的缺失和HA、NA蛋白多个抗原位点的变异可能与人感染H7N9流感爆发有关.
