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上海市长宁区2015—2016年冬春季甲型H1N1流感病毒基因特征分析
目的 对2015—2016年冬春季甲型H1N1流感病毒基因特征进行分析.方法 选取上海市长宁区流感网络实验室于2015—2016年流感冬春季流行高峰期分离的甲型H1N1毒株35株,采用RT-PCR扩增其血凝素基因(hemagglutinin,HA)及神经氨酸酶基因(neuraminidase,NA)全长,并对扩增产物进行序列测定.使用MEGA软件计算基因同源性,使用MegAlign软件分析相关抗原和耐药位点,使用NetNGlyc 1.0软件在线预测糖基化位点.结果 35株甲型H1N1流感病毒HA基因分布在Clade 6B.1、6B.2和6C分支上,以Clade 6B.1为主.与2015—2016、2016—2017年北半球推荐的疫苗株A/California/07/2009的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.7％～99.0％和96.7％～98.2％.与2017—2018年疫苗株A/Michigan/45/2015的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.2％～99.3％和97.5％～99.5％;与疫苗株A/California/07/2009相比,35株分离株的HA都发生了抗原位点Sb区S185T位点和Cb区S203T位点突变,33株发生了Sa区K163Q位点突变,7株发生了Cb区Q223R位点突变.受体结合位点和糖基化位点的氨基酸序列均未发生变异.对35株病毒NA基因上9个与耐药有关的基因位点进行分析,1株发生了H274Y位点的改变.结论 2015—2016年冬春季流行的甲型H1N1病毒的HA和NA基因序列改变可能是造成流行高峰的主要原因.
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2012年在上海市发现中国大陆首例输入性D8基因型麻疹病例
本文对中国首例输入性D8基因型麻疹病毒基因特征进行分析.用ELISA法检测血清麻疹病毒IgM抗体;用Vero/Slam细胞对采集的咽拭子标本进行病毒分离,分离到的麻疹毒株用RT-PCR方法扩增其核蛋白基因3'端的部分序列,并对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,以3'端456个核苷酸为目的片段进行基因亲缘性关系分析.结果表明,上海市2012年共报告1 105疑似麻疹病例,其中实验室确诊590例,临床符合病例2例,排除513例,报告发病率为2.52/10万;共采集到984份疑似麻疹病例咽拭子标本,分离到247株麻疹病毒,病毒分离阳性率为25.3％;除Shanghai12-239为D8基因型外,其他均为H1a基因亚型.Shanghai12-239与世界卫生组织(World Health Organization,WHO)参考株(Manchester.UNK30.94(D8)AF280803)核苷酸序列同源性为97.8％,氨基酸序列同源性为98.6％.与WHO其他基因型参考株核苷酸序列同源性为89.6％～94.5％,氨基酸序列同源性为88.7％～95.3％.
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2007-2014年柯萨奇病毒B5四川分离株的基因特征分析
目的 了解2007-2014年四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中柯萨奇病毒B组5型(Coxsackie virus B5,CVB5)的基因特征.方法 对四川省2007 ～2014年AFP病例中分离到的10株CVB5进行全VP1区逆转录-聚合酶链(RT-PCR)反应扩增和核苷酸序列测定,构建遗传进化树进行基因特征分析.结果 10株分离株均为D基因型,与CVB5原型株(Faulkner株)之间的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为80.4％ ～ 81.9％和95％ ～97.1％.2014年1株资阳分离株和1株成都分离株VP1区氨基酸序列完全一致,1株南充分离株和1株宜宾分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性均为100％.结论 2007-2014年四川地区AFP病例中分离到的CVB5为D基因型,且遗传特性较为稳定.
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人类埃柯病毒11型的基因特征分析
目的 对来自15个国家和中国2个省不同时间分离的82株人类埃柯病毒11型( ECHO11)病毒VP1区基因特征进行分析.方法 按所查文献下载基因库中不同国家、不同时间发表的82株ECHO11病毒VP1区基因序列,用Mega软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统发生树.结果 82株病毒可分为4个基因型(基因型A～D),A和D基因型又各可分为7个亚型,B基因型单独由ECHO11病毒原型株Gregory组成,C基因型可分为3个亚型.不同毒株的核苷酸差异率为7.1% ～26.1%(氨基酸差异率为1.0%～13.0%),不同基因型之间的核苷酸差异率为21.7% ～24.1%(氨基酸差异率6.0％～12.1%).结论 不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点.
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2012年大连市流行性角结膜炎疫情的病原鉴定与基因特征分析
目的 鉴定一起大连市流行性角结膜炎疫情的病原体及型别.方法 采用荧光PCR方法针对30份眼拭标本进行检测,确定病原,并针对特定片段扩增产物测序进行分子定型.结果 21份标本荧光PCR检测结果为腺病毒阳性,核苷酸序列与人腺病毒15、29、56及其重组型高度同源,多重序列比对后构建的系统进化树上与人腺病毒56及其重组型位于同一分支.结论 本次疫情的致病病原为D亚属人腺病毒,疑为人腺病毒56型或其重组型.后续需要开展对五邻体(Penton)及纤突(Fi-ber)基因的全核苷酸序列测定及生物信息学分析终确定型别.
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2010年湖南省郴州市手足口病病原学和人肠道病毒71型基因特征研究
目的:了解2010年湖南省郴州市手足口病的病原学特征,为手足口病的防控工作提供依据.方法:采集2010年郴州市手足口病患者的咽拭子、肛拭子或粪便标本,采用Real time-RT-PCR方法检测HEV71、CVA16和HEV的核酸,选择HEV71阳性的标本使用RD、Vero细胞进行病毒分离,使用RT-PCR法扩增HEV71分离株的VP1区片段,进行VP1区核苷酸序列测定和分析.结果:2010年共检测手足口病患者临床标本665份,HEV阳性率72.78％,其中HEV71占55.17％、CVA16占18.59％、其它HEV占26.24％.不同月份、年龄、地区以及不同类型病例HEV型别构成比差异有统计学意义.分离出4株HEV71,其VP1区核苷酸序列分析表明为C4基因亚型.结论:HEV71为郴州市2010年手足口病流行的主要病原体,属于C4基因亚型.HEV71和CVA16的分布在病例发病时间,发病年龄和地域上有所不同.
关键词： 手足口病 人肠道病毒71型 柯萨奇病毒A组16型 基因特征分析 -
2003年云南省AFP病例中非脊灰病毒的测序定型和ECH07病毒的基因特征分析
目的 分析云南省2003年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊灰病毒(non-polio,NPV)的带毒状况和埃柯病毒7型(echovirus 7,E7)的基因特征.方法 按Obster等介绍的方法,对2003年云南省脊灰实验室分离到的18株NPV进行基因测序定型并对埃柯7病毒的基因特征进行分析.结果 2003年共采集到＜15岁AFP病例粪便标本215份,在34株阳性标本(带毒率为15.8％)中,脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV) 16株(阳性率4.7％),均为疫苗株,未发现脊灰野病毒；非脊灰病毒(NPV) 18株(阳性率8.4％),其中1株为人类肠道病毒A组(human enterovirus A,HEV-A,1个血清型),14株为人类肠道病毒B组(HEV-B,9个血清型,其中3株为埃柯病毒7型,echovirus7,E7),3株为人类肠道病毒C组(HEV-C,2个血清型),未分离到HEV-D组病毒.结论 2003年云南省AFP病例中非脊灰病毒携带率(8.4％)与往年持平,3株E7病毒存在基因多样性特点(即存在不同的基因型).
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2002年云南非脊灰病毒测序定型和ECHO13病毒基因特征分析
目的 对云南省2002年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊灰病毒(non - polio,NPV)的带毒情况及埃柯病毒13型(echovirus 13,E13)的基因特征进行描述.方法 按Obster等介绍的方法,对2002年云南省脊灰实验室分离到的21株NPV进行基因测序定型.结果 2002年云南省共报告267例AFP病例,共采集到＜15岁AFP病例的合格粪便标本257份,257份便标本中共检测到NPV43株(带毒率为16.7％),其中脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV)22株(阳性率8.6％),均为疫苗株,未发现脊灰野病毒；检测到非脊灰病毒(NPV)21株(阳性率8.2％).21株EV中,12株为人类肠道病毒B组(HEV -B,11个血清型,其中3株为E13),3株为人类肠道病毒C组(HEV -C,1个血清型),未分离到HEV-A和HEV -D组病毒.结论 2002年云南省AFP病例中非脊灰病毒携带率不高.对3株常见的E13进行基因进化分析,表明E13病毒存在基因多样性特点(即存在不同的基因型).
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昆明市病毒性脑炎病例中埃可病毒6型分离株的VP1编码序列基因特征分析
目的 对2010-2014年昆明市病毒性脑炎病例中分离的4株埃可病毒6型(echovirus 6,E6) VP1编码序列特征进行分子流行病学分析.方法 对昆明市2010-2014年传染病重大专项脑炎综合征实验室监测系统分离到的4株E6病毒的VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中E6病毒VP1编码序列参考序列,用MEGA5.1软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行VP1编码序列特征和分子流行病学分析.结果 2010-2014年云南省病毒性脑炎病例中分离到的103份肠道病毒中共检出E6病毒4株,占3.88％ (4/103),E6病毒的阳性总检出率为0.29％ (4/1 376).VP1编码序列特征分析表明,云南4株E6毒株均为C2基因亚型(genotype C2).结论 除原型株为A基因型外,其他E6毒株可分为3个基因型(基因型B、C和D),C基因型又分为4个亚型,云南分离株分布在C2基因亚型,且2010年和2011年的云南分离株与部分山东地区的分离株较为接近,而2013年和2014年的云南分离株自成一簇,为云南省特有的亚型,该病毒可能在昆明地区存在小范围流行.
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埃可病毒7型云南分离株VP1编码序列基因特征分析
目的 对从云南省病毒性脑炎监测平台中分离到的3株埃可病毒7型(echovirus 7,E7) VP1编码序列进行扩增和测序,并与E7病毒原型株(Wallace)及以前云南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paraly-sis,AFP)病例、健康人群和环境污水中分离的E7病毒一起进行VP1编码序列基因特征分析.方法 用RT-PCR方法扩增3株病毒VP1编码序列并进行序列测定.用MEGA 5.0软件构建3株病毒、E7病毒原型株及云南省以前分离的E7病毒的VP1编码序列进化树,进行基因特征和分子流行病学分析.结果 E7病毒原型株(Wallace)为基因型A,云南分离株为基因型B,基因型B又可分为两个亚型,即亚型1(subtype l)和亚型2(subtype 2),每个亚型又可分为两个不同的进化分支(lineage).3株病毒性脑炎分离株属于亚型1的进化分支2 (lineage 2).结论 E7是一个重要的病毒,在基因进化树中云南省脑炎监测平台分离的E7自成一簇,单独构成一个进化分支,加强E7病毒的研究具有重要意义.
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云南省2013年柯萨奇病毒A6型基因特征分析
目的 对2013年云南省22株柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CV-A6) VP1区基因特征进行分析.方法 对云南省2013年手足口病实验室监测系统分离到的22株CV-A6病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析.结果 2013年云南省在711份非肠道病毒71型(EV-A71)、非柯萨奇病毒A16型(CV-A16)肠道病毒中共检出CV-A6病毒22份,占3.09％ (22/711),CV-A6的阳性总检出率为0.32％ (22/6 912).基因特征分析表明,云南22株CV-A6均为基因1型(Genotype 1).它们分为3个不同的进化分支,1株为China cluster,6株为Yun-nan cluster 1,15株为Yunnan cluster 2.结论 除原型株Gdula (AF081297)外,国内外CV-A6病毒存在两个基因型,基因型2又分为8个进化分支,云南分离株分布在3个不同的进化分支,2013年云南省CV-A6的流行存在3个传播链.
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柯萨奇病毒A组4型云南分离株的基因特征分析
目的 对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4) VP1区基因特征进行分析.方法 对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)监测系统中分离到的6株CV-A4病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A4病毒VP1区基因参考序列和其他省CV-A4基因序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析.结果 云南6株CV-A4均为基因1型的B亚型(genotype1,subtype B).与国内其他省毒株比较,除1998年2株山东省和2006年1株吉林省AFP分离株为基因1型的A亚型(genotype 1,subtype A),台湾省4株(AB571583、AB571584、AB571586、AB571587)为基因2型的B亚型(genotype 2,subtype B)外,其他中国分离株均为基因1型的B亚型.结论 除CV-A4病毒的原型株High Point (AY421762)外,国内外CV-A4病毒存在两个基因型,两个基因型又分为两个亚型,即A和B亚型;中国分离株大都为基因1型,其中又以B亚型为主.不同于EV-A71和CV-A16,CV-A4的基因型分布不是很广.
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云南省2007-2010年急性迟缓性麻痹病例和健康儿童中非脊灰肠道病毒的比较研究
目的 对2007-2010年云南省急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和健康儿童中非脊灰肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的分离情况进行比较,分析引起AFP的主要病原并对分离到的病毒基因特征进行分析.方法 对云南省2007-2010年AFP病例粪便样本和＜15岁健康儿童粪便样本进行病毒分离和基因测序定型,对两类人群中的病毒分离状况进行比较.结果 2007-2010年共从931例AFP病例粪便样本中检测到NPEV 63株,分离率为6.8％ (63/931),其中肠道病毒A组(enterovirus A,EV-A) 12株,占19.1％ (12/63),肠道病毒B组(EV-B) 46株,占73.0％ (46/63),肠道病毒C组(EV-C)5株,占7.9％ (5/63);从1 256份健康人群粪便样本中分离到NPEV 115株,分离率为9.2％(115/1256),其中EV-A 5株,占4.4％ (5/115),EV-B 101株,占87.8％ (101/115),EV-C 9株,占7.8％ (9/115);在两组人群中均未分离到肠道病毒D组(EV-D)病毒.对两组人群中常见病毒的基因进化分析表明,这些病毒具有基因多样性特点.结论 云南省2007-2010年连续4年的监测表明,AFP病例中EV-A组病毒和EV-C的分离率(19.1％和7.9％)均高于健康人群(4.3％和7.8％),而健康人群中EV-B组病毒阳性率(87.8％)高于AFP病人(73.0％),EV-A组病毒和EV-C组病毒可能是引起AFP的主要病原.基因进化分析表明,云南省EV-B组病毒中的某些病毒可分为2～5个不同的进化分支(Cluster),具有基因多样性特点.
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RNA与前病毒DNA进化分析技术在判定HIV-1传播关系中的作用比较
目的 分别以HIV-1 RNA和前病毒DNA为模板进行扩增实验,比较不同实验方法对判断HIV-1阳转家庭基因关联性的效率.方法 对国家分析库中确认的阳转家庭,分别提取HIV-1 RNA和前病毒DNA,用巢式PCR扩增pol区基因,通过系统进化树和基因距离分析配对家庭基因关联性.结果 以RNA为模板扩增211份HIV-1阳性血浆,获得42份(42/211,19.91％)基因序列.其中共有12对配对家庭,确定有传播关系10对(10/12,83.33％),确定无传播关系1对(1/12,8.33％),不确定是否有传播关系1对(1/12,8.33％);以前病毒DNA为模板扩增270份HIV-1阳性全血,获得232份(232/270,85.93％)基因序列.其中共有97对配对家庭,确定有传播关系86对(86/97,88.66％),确定无传播关系7对(7/97,7.22％),不确定是否有传播关系4对(4/97,4.12％).以RNA和前病毒DNA为模板扩增的序列系统进化树Bootstrap值高度相关(r=0.86,P=0.001),基因距离差异无统计学意义(Z=-8.10,P=0.443).结论 以前病毒DNA为模板能显著提高扩增阳性率,特别是在抗病毒治疗家庭中.前病毒DNA在一定程度上可以代替RNA为模板进行扩增,判断家庭内传播的关系.
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云南省2005年急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的分子分型
目的 描述云南省2005年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的带毒情况和新发现的新型肠道病毒90型(newer enterovirus 90,EV90)的基因特征.方法 2005年云南省共报告232例AFP病例,共采集到＜15岁AFP病例222例的双份便标本.对222例AFP标本进行病毒分离,对分离到的NPEV进行VP1基因序列测定.用MEGA5.0软件进行进化树分析和作图.进化树用临位相接法(neighbor joining method)作成,所用模式为Kimura二参数置换法(Kimura 2-parameter substitution model).用1 000个pseudoreplicate datasets进行进化树bootstrap统计学分析.结果 222例患者中共检测脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV) 10株(10/222,4.5％),均为疫苗株,未发现脊髓灰质炎病毒野病毒(wild poliovirus,WPV);检测到NPEV17株(17/222,7.7％),其中4株为人类肠道病毒A组(4个血清型,其中1株为新型病毒EV90),云南株EV90与山东3株之间的核苷酸(nt)同源性为95.7％～96.5％(差异率为3.5％～4.3％),氨基酸(aa)同源性为98.5％～99.5％(差异率为0.5％～1.5％),说明云南株更接近山东株03446-SD-CHN-2003 (GQ253428),两地毒株差异不大.12株为人类肠道病毒B组(9个血清型),1株为人类肠道病毒C组(1个血清型,为新型病毒EV96),未分离到人类肠道病毒D组病毒.结论 2005年云南省AFP病例中NPEV携带率与往年持平.新型病毒Ev90基因进化分析结果表明EV90病毒存在基因多样性特点.
关键词： 急性弛缓性麻痹 非脊髓灰质炎肠道病毒 新型肠道病毒90型 基因特征分析 -
人类埃可病毒7型的基因特征分析
目的 对来自11个国家和中国2个省份不同时间分离的60株埃可病毒7型(ECHO virus 7,ECHO7)病毒VP1区基因特征进行分析.方法 在GenBank中用BLASTN软件搜索不同国家、不同时间发表的ECHO 7 VP1区基因序列,共搜索到97个序列,去除相同序列后,共得到60株ECHO 7病毒VP1区序列,用MEGA软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统发生树.结果 60株病毒可分为4个基因型(基因型A～D),A基因型单独由ECHO 7原型株Wallace组成,B、C基因型各由1个亚型组成,D基因型由3个亚型组成,每个亚型又分为不同的组.不同毒株的核苷酸差异率为5.9％～23.2％(氨基酸差异率为1.0％～13.0％),不同基因型之间的核苷酸差异率为15.4％～22.5％(氨基酸差异率为1.7％～7.3％).结论 ECHO 7病毒存在不同的基因型/亚型,不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点.
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2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒带毒调查研究
目的 了解2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒(enterovirus,EV)带毒情况及病毒型别,为今后预防和控制EV提供实验室基础.方法 于2016年采集云南省10个边境县(市)＜15岁健康儿童粪便标本500份(均为单份便),进行病毒分离和基因测序定型.结果 500份便标本中共检测到EV 41株(带毒率为8.20％,41/500).41株EV中,EV-A病毒3株(阳性率0.60％,3/500);EV-B病毒35株(阳性率7.00％,35/500),其中新型病毒EV-B73 1株(阳性率0.20％),EV-B80 1株(阳性率0.20％);EV-C病毒3株(阳性率0.60％),EV-C病毒中脊髓灰质炎(简称脊灰)病毒(poliovirus,PV)1株(阳性率0.20％),为疫苗株,未发现脊灰野病毒,EV-C99病毒1株(阳性率0.20％).结论 2016年云南省边境地区健康儿童粪便标本EV病毒检测结果以EV-B组病毒为主,并分离到新型病毒EV-B73、EV-B80和EV-C99各1株.云南省维持无脊髓灰质炎状态良好.对E-30和E-3病毒的基因进化特征分析表明这两种病毒具有基因多样性特点.
