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云南省重症手足口病EV-A71型病毒VP1基因遗传特征分析
目的 分析云南省重症手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者肠道病毒71型(enterovirus A71,EV-A71)的VP1基因遗传特征.方法 对收集的重症病例粪便样本进行荧光RT-PCR鉴定和病毒分离培养,并对鉴定为EV-A71型的毒株进行VP1区的核酸扩增和序列测定,与其他地区和国家的重症参考株构建遗传进化树,进行遗传特征分析.结果 本研究共收集到了10份EV-A71型重症患者样本,10份EV-A71型分离株均属于C4a亚型,并在遗传进化树上与其他地区和国家的重症分离株明显聚集成簇,存在氨基酸突变位点.结论 重症手足口病EV-A71病毒在进化树上聚集为2簇,10份云南分离株主要聚集在簇Ⅱ分支,其VP1区氨基酸突变位点与国内及国际其他肠道病毒71型的突变位点有相似性.
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昆明市病毒性脑炎病例中埃可病毒6型分离株的VP1编码序列基因特征分析
目的 对2010-2014年昆明市病毒性脑炎病例中分离的4株埃可病毒6型(echovirus 6,E6) VP1编码序列特征进行分子流行病学分析.方法 对昆明市2010-2014年传染病重大专项脑炎综合征实验室监测系统分离到的4株E6病毒的VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中E6病毒VP1编码序列参考序列,用MEGA5.1软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行VP1编码序列特征和分子流行病学分析.结果 2010-2014年云南省病毒性脑炎病例中分离到的103份肠道病毒中共检出E6病毒4株,占3.88％ (4/103),E6病毒的阳性总检出率为0.29％ (4/1 376).VP1编码序列特征分析表明,云南4株E6毒株均为C2基因亚型(genotype C2).结论 除原型株为A基因型外,其他E6毒株可分为3个基因型(基因型B、C和D),C基因型又分为4个亚型,云南分离株分布在C2基因亚型,且2010年和2011年的云南分离株与部分山东地区的分离株较为接近,而2013年和2014年的云南分离株自成一簇,为云南省特有的亚型,该病毒可能在昆明地区存在小范围流行.
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埃可病毒7型云南分离株VP1编码序列基因特征分析
目的 对从云南省病毒性脑炎监测平台中分离到的3株埃可病毒7型(echovirus 7,E7) VP1编码序列进行扩增和测序,并与E7病毒原型株(Wallace)及以前云南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paraly-sis,AFP)病例、健康人群和环境污水中分离的E7病毒一起进行VP1编码序列基因特征分析.方法 用RT-PCR方法扩增3株病毒VP1编码序列并进行序列测定.用MEGA 5.0软件构建3株病毒、E7病毒原型株及云南省以前分离的E7病毒的VP1编码序列进化树,进行基因特征和分子流行病学分析.结果 E7病毒原型株(Wallace)为基因型A,云南分离株为基因型B,基因型B又可分为两个亚型,即亚型1(subtype l)和亚型2(subtype 2),每个亚型又可分为两个不同的进化分支(lineage).3株病毒性脑炎分离株属于亚型1的进化分支2 (lineage 2).结论 E7是一个重要的病毒,在基因进化树中云南省脑炎监测平台分离的E7自成一簇,单独构成一个进化分支,加强E7病毒的研究具有重要意义.
