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基于GEO数据库分析AURKB在膀胱癌中的表达及其临床意义
目的 探讨基因表达汇编(GEO)数据库中膀胱癌组织的极光激酶B(AURKB)基因的表达情况及其与膀胱癌临床病理特征和预后的关系.方法 收集NCBI的GEO数据库的膀胱肿瘤公共数据集,下载膀胱癌组织AURKB表达数据和临床病理参数.分析AURKB表达与膀胱癌临床病理特征(性别、年龄、侵袭性、T分期、N分期、M分期和疾病分级)及复发转移和预后的关系,利用基因富集分析(GSEA)法分析受AURKB调控的相关基因.结果 AURKB在膀胱癌组织中的表达水平为9.621±0.085,高于正常膀胱组织的7.691±0.059,差异有统计学意义(P＜0.05);膀胱癌组织AURKB表达与性别、侵袭性、T分期、疾病分级和进展有关(P＜0.05),与年龄、N分期、M分期和复发无关(P＞0.05);AURKB高表达组的5年总生存率和5年肿瘤特异性生存率分别为52.226％和70.256％,均低于低表达组的70.112％和90.687％,差异有统计学意义(P＜0.05).GSEA结果显示AURKB高表达样本富集了有丝分裂、E2F转录因子、G2M检查点、MYC信号通路、未折叠蛋白反应和有丝分裂纺锤体相关的基因集.结论 AURKB在膀胱癌中高表达,与膀胱癌的多个临床病理特征相关,且有作为判断膀胱癌患者预后的标志物和治疗分子靶标的潜能.
关键词： 膀胱癌 极光激酶B 基因表达汇编(GEO) 临床意义 预后 -
利用GEO及TCGA数据集分析SMARCA1在胃癌中的表达及其临床意义
目的 探讨基因表达汇编(GEO)及癌症和肿瘤基因表达图谱(TCGA)数据集中胃癌组织的SMARCA1表达情况及其与胃癌临床病理特征和预后的关系.方法 利用GEO和TCGA数据集汇总胃癌相关数据,下载胃癌组织SMARCA1表达数据及临床病理参数.分析SMARCA1表达与胃癌临床病理学特征和总生存期(0S)的关系;采用基因集富集分析(GSEA)预测SMARCA1相关的基因通路.结果 在GSE62254数据集中,SMARCA1表达与T分期有关(P=0.022),而与TNM分期、性别、年龄和N分期均无关(P＞0.05).在TCGA数据集中,SMARCA1表达与T分期、性别、年龄、N分期、TNM分期和组织学分级均无关(P＞0.05).GSE62254数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为36.4个月、89.4个月和未达(P=0.001);TCGA数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为23.7个月、29.4个月和56.2个月(P=0.033).GSEA结果显示,SMARCA1高表达样本富集了K-Ras、Akt、BMI-1和mTOR通路等基因集.结论 胃癌组织中SMARCA1的表达与T分期有关,高表达患者的预后不良,可作为潜在评估胃癌预后的分子标志物.
