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GITRL基因SNP-rs2236876分型方法的比较
目的：对3种单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism，SNP）分型方法进行比较，选择准确有效的SNP分型方法对GITRL SNP-rs2236876A／G进行基因分型。方法：采用Taqman-MGB探针法，限制性片段长度多态性聚合酶链式反应（cleaved amplification polymorphism sequence-tagged sites，PCR-RFLP ）法和直接测序法对 GITRL SNP-rs2236876A／G进行分型并比较。结果：PCR-RLFP法分型结果直接通过电泳图可见，适合少量的实验对象；Taqman-MGB探针法通过不同的荧光区分不同的基因型，适合大量的实验对象；直接测序法交由测序公司测定，样本数量浮动范围较大，费用较高。结论：Taqman-MGB探针法适用于GITRL基因rs2236876A／G基因分型，PCR-RFLP法适用于基因分型结果的验证，直接测序法适用于鉴定有争议的PCR-RFLP法的验证结果。
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单管双向等位基因专一性扩增的单核苷酸多态分型的新方法
目的 建立一种基于等位基因专一性PCR原理的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism, SNP)分型新方法：单管双向等位基因专一性扩增(single-tube bi-directional allele specific amplification, SB-ASA)，并考察专一性引物的3′端第3位碱基不配对对特异延伸的影响。方法 一个PCR反应体系包含两个3′末端分别与SNP两个等位基因特异结合的引物，它们延伸方向相反，产生长度不同的等位基因专一性扩增产物，同时在两个等位基因特异性引物的3′端第3位碱基引入不配对以增加特异性。PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后分析确定样本的基因型。观察在不同的温度条件下，近3′末端引入与不引入碱基不配对时两种引物特异延伸的情况，比较两种引物能特异延伸的退火温度(annealing temperature, Ta)范围。结果 对于4个不同类型的SNP位点，SB-ASA都成功地分型了36个样本，与直接测序的结果完全一致。两条专一性引物3′端第3位碱基引入不配对后，能特异延伸的退火温度Ta范围分别从64℃～69℃、60℃～62℃扩大到46℃～66℃、56℃～61℃。结论 SB-ASA是一种简单快速而有效的SNP分型新方法；在等位基因专一性PCR体系中，专一性引物3′端第3位碱基引入不配对能增加引物对两个等位基因的区分能力。
关键词： 单核苷酸多态 单管双向等位基因专一性扩增 单核苷酸多态分型
