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HOXA1基因与先天性小耳畸形相关性研究
目的:研究同源框A1(HOXA1)基因与先天性小耳畸形之间是否存在关联,为小耳畸形的候选基因研究提供线索.方法:在HapMap数据库中选出HOXA1基因的标签SNP rs17449024,利用飞行时间质谱在1152例非综合征型小耳畸形(病例组)及1152例相匹配的健康对照中对该SNP位点进行基因分型,统计检验HOXA1与小耳畸形之间相关性.结果:Rs17449024的等位基因频率及基因型分布在病例组和对照组中不存在统计学差异(P=0.279、0.186).在显性和隐性模型下也未观察到差异.结论:在本研究人群中,HOXA1基因与非综合征型小耳畸形之间不存在关联.还需利用多种方法探究该基因在小耳畸形发生中的作用.
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利用生物信息学技术挑选TLR2基因标签单核苷酸多态性位点
目的 利用生物信息学技术挑选中国人群中的TLR2基因标签单核苷酸多态性(SNP)位点.方法 利用NCBI数据库,确定TLR2基因研究范围,并利用Hapmap数据库下载中国人群的TLR2基因的SNPs数据;使用Haploview 4.0软件对TLR2基因进行了连锁不平衡分析;通过对D'值95%可信区间上下限的分析,在整个TLR2基因范围内构建单倍域(haplotype block);然后根据单倍域内SNPs之间的r~2值和LOD值,挑选标签SNP;后根据单倍域内的单倍型所占比例,挑选出标签SNP代表的单倍型.结果 在中国人群中,TLR2全基因范围内共构建2个单倍域,挑选出3个标签SNPs(3013 A/G、19216 T/C、22215 G/T).同时,确定了单倍域内的标签SNPs分别代表的单倍型.结论 中国人群的TLR2基因的3个SNPs位点(3013 A/G、19216 T/C、22215 G/T)是有代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并指导中国人群TLR2基因与脓毒症关联研究.
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肾上腺髓质素基因多态与中国人血脂水平的关系
目的 本研究旨在探索肾上腺髓质素(ADM)基因单核苷酸多态(SNP)与中国汉族人群血脂水平的关联关系.方法 研究纳入2337例无高血压、糖尿病、心血管病和恶性肿瘤等病史的个体,选择ADM基因的3个标签SNPs进行基因分型.采用广义线性模型调整年龄、性别和体重指数(BMI),分析多态与血脂水平的关系.结果 ADM基因的3个标签SNPs均与血脂水平呈线性关联关系.随着携带危险等位基因(rs4399321A、rs4910118C和rs7944706A)数目的增加,个体总胆固醇水平(标准误)逐渐增高,分别为189.1(1.7) mg/dl、190.9(1.2) mg/dl和195.4(1.6) mg/dl(P趋势=0.004),低密度脂蛋白胆固醇水平也逐渐增高,分别为113.7(1.5) mg/dl、114.4(1.1)mg/dl和119.0(1.4) mg/dl(P趋势=0.006).结论 ADM基因常见多态与中国人群血脂水平关联,提示ADM基因可能参与调节脂质代谢,从而影响我国人群的血脂水平.
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血红素加氧酶1基因多态性与血压水平的关系分析
目的 探讨血红素加氧酶1基因多态性与血压水平的关系.方法 采用标签SNP策略,选择血红素加氧酶1基因的3个标签SNP位点进行研究.在503例原发性高血压患者中对这3个位点进行基因分型,采用方差分析比较各位点不同基因型个体血压水平的差异,采用haplo.stats软件计算单体型频率并检验其与血压水平的关系.结果 血红素加氧酶1基因rs2071749位点A等位基因携带者收缩压和舒张压水平分别为159.5 mm Hg和97.6 mm Hg,GG基因型携带者收缩压和舒张压水平分别为168.5mm Hg和101.3mm Hg,差异有统计学意义(P<0.05).多因素回归分析进一步证实了该结果 .单体型分析结果 显示在调整年龄、性别、体质指数、吸烟和饮酒等危险因素后,含有rs2071749 A等位基因的单体型T-T-A与收缩压水平和舒张压水平均显著相关.结论 血红素加氧酶1基因多态可能对血压水平有一定的影响.
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不同人群的SNPs基因型数据中r2值对TagSNP数量的影响
目的 探索不同人群的单核苷酸多态性(SNPs)数据中,连锁不平衡相关程度(用r2值来表示)对标签SNP(TagSNP)数量的影响.方法 依据HapMap 2009年Ⅲ期所发布的三个人群的22号染色体的SNPs基因型数据,运用Haploview 4.2软件筛选tagSNP,对比北京汉族人群、东京日本人群与来自欧洲北部和西部的犹他州人群的r2值与tagSNP数量的关系.结果 三个人群均表现出随着所设定的,r2值的增大tagSNP数量呈现出逐渐增多的趋势,但r2值相同时三个人群的tagSNP数量却存在着一定的差异,相对说来北京汉族人群和东京日本人群的结果较为接近.结论 运用Haploview软件筛选tagSNP的方法有效,但要依据目标人群、研究经费等方面的具体情况设置合理的r2值.
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MBD3基因多态性与精神分裂症的关联性分析
目的:探讨MBD3基因多态性与精神分裂症的关系,为精神分裂症的病因学研究奠定基础.方法:以中国北方汉族精神分裂症患者及其健康父母组成的50个核心家系 (共计150例) 为研究对象,对MBD3基因上的标签SNP rs4807934和rs4807122位点采用多重聚合酶链式反应(PCR)和连接酶检测反应(LDR)方法进行基因型检测,采用拟合优度x~2检验分析基因型频数分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律,进行基于家系的单倍体相对风险分析(HRR)和传递不平衡检验(TDT)分析.结果:MBD3基因上rs4807934和rs4807122位点基因型在患者组和父母组中频数分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律;HRR分析,rs4807934和rs4807122位点等位基因在患者组和父母组的频数分布差异无显著性(均P>0.05);TDT分析,rs4807934和rs4807122位点杂合子父母双亲传递给患病子女的2个不同等位基因概率均未偏离50%(P>0.05).结论:MBD3基因上 rs4807934和 rs4807122位点所代表的区域可能与精神分裂症的发病无关联.
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MAOA基因多态性与内化性精神障碍的关联性分析
目的:探讨MAOA基因多态性与内化性精神障碍的关系,为内化性精神障碍的易感基因研究奠定基础.方法:对194例内化性精神障碍大学生(病例组)和177名健康大学生(对照组)MAOA基因上的tag SNP位点采用多重聚合酶链式反应(PCR)和连接酶检测反应(LDR)的方法进行基因型检测.采用拟合优度x2检验分析基因型频率分布是否符合Hardy-Weinberg平衡,应用x2检验分析病例组与对照组,仅患1种内化性精神障碍组、患2种及2种以上内化性精神障碍组和对照组3组中该tag SNP位点的基因型和等位基因频数分布与内化性精神障碍的关联性.结果:病例组和对照组中的rs2283724位点的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(x2=3.763,P>0.05;x2=3.213,P>0.05).rs2283724位点在病例组与对照组,仅患1种内化性精神障碍组、患2种及2种以上内化性精神障碍组和对照组3组中的基因型和等位基因频数分布差异均无显著性(P>0.05).结论:MAOA基因可能与内化性精神障碍的发生无关联,提示MAOA基因可能不是内化性精神障碍发生的主要易感基因.
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SAPAP3基因多态性与强迫症的关联性分析
目的:探讨SAPAP3基因多态性与强迫症的关系,为强迫症的易感基因研究奠定基础.方法:采用聚合酶链式反应-限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对190例强迫症大学生和190例健康大学生SAPAP3基因上的标签SNP位点rs11264155进行基因型检测.结果:rs11264155位点PCR扩增目的片段长度为219 bp,经酶切后呈现CC、CG、GG 3种基因型;rs11264155位点基因型频数分布符合Hardy-Weinberg平衡定律;rs11264155位点在病例组和对照组中基因型频数和等位基因频数分布差异无显著性(P＞0.05);该位点的基因型频数和等位基因频数在不同临床类型的强迫症大学生中分布差异无显著性(P＞0.05).结论:SAPAP3基因tag SNP rs112641 55位点的多态性可能与强迫症的发生无关联.
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HDAC8基因多态性与中国北方汉族精神分裂症的关联性分析
目的:探讨组蛋白去乙酰化酶8 (HDAC8)4个标签SNPs (Tag SNPs)位点基因多态性与中国北方汉族人群精神分裂症的关联性,为精神分裂症的诊断和治疗提供理论依据.方法:以中国北方汉族精神分裂症患者及其健康父母双亲组成的208个核心家系(共计624例)作为研究对象,对HDAC8基因上的4个Tag SNPs位点(rs12690254、rs3012655、rs497551和rs544484)利用Sequenom Mass Array质谱阵列技术进行基因型检测,应用遗传统计学方法对研究对象进行基于单倍型的单倍型相对风险分析(HHRR)和传递不平衡检验(TDT).结果:HDAC8基因上的rs12690254、rs3012655、rs497551和rs544484 4个位点基因型在患者组和父母双亲组中频数分布均不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P＜0.05).HHRR分析,父母传递和未传递给患病子女的等位基因频数分布差异无统计学意义(P＞0.05); TDT分析,HDAC8基因上rs12690254、rs3012655、rs497551和rs544484 4个位点杂合子父母双亲传递给患病子女的2个等位基因概率未偏离50％ (P＞0.05).结论:中国北方汉族人群中HDAC8基因rs12690254、rs3012655、rs497551和rs544484位点基因多态性与精神分裂症可能无关联.
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国际人类基因组单体型图计划
国际人类基因组单体型图计划(the international HapMap project)是一项旨在构建人类DNA序列中多态位点的常见模式图,即单体型图(简称HapMap),并免费向公众开放全部数据的国际性合作研究计划.HapMap的预期成果将成为研究人员确定对人类健康和疾病以及对药物和环境的反应有影响的相关序列变异的关键信息,并有助于加速相关诊断工具的发展,有效增强科学家对介入治疗的靶点进行选择的能力.
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5-HT6受体基因多态与精神分裂症患病风险的关联分析
目的 探讨5-HT6受体基因多态与中国汉族精神分裂症患病风险的关系.方法 入组居住在上海及周边地区的汉族精神分裂症患者333例和健康对照365例,通过TaqMan探针SNP基因分型技术对5-HT6受体基因及基因上游7kb区域的标签SNPs rs3790756和rs4912138进行基因分型,并进行统计分析.结果 发现SNPs rs3790756 和rs4912138的基因型和等位基因频率分布在精神分裂症病例组和健康对照之间差异未达到统计学意义.进一步进行基因型联合分析,rs3790756和rs4912138共组成7种联合基因型,7种联合基因型在病例组和健康对照组间的分布有显著性差异(χ2=13.5,P<0.05),其中rs3790756CC和 rs4912138AG组成的联合基因型在病例组和对照组中的频率分别为18.3%和27.1%,相对危险度为0.603(P<0.05).结论 研究提示5-HT6受体基因多态rs3790756和rs4912138组成的CCAG联合基因型可能与精神分裂症的风险降低有关.
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江苏汉族人群基因多态性与HapMap数据库的比较
目的 评价HapMap数据库在江苏汉族人群(JS)的应用价值.方法 江苏地区汉族172名无血缘关系的健康体检青少年,选取Matrilin-1基因中9个标签SNPs进行PCR-RFLP基因分型,比较JS汉族人群与HapMap数据库的北京汉族(CHB)、日本(JPT)、CHB+JPT、欧洲(CEU)及非洲(YRI)的等位基因频率、连锁不平衡结构及单体型频率的差异.并分别以JS、CHB、JPT、CHB+JPT、CEU及YRI为参考选取标签SNPs(r2≥0.8为标准),比较其差异.结果 与JS的等位基因频率、连锁不平衡结构及单体型频率比较,HapMap数据库中CHB相关程度高.比较以各人种数据为参考选择的标签SNPs,以JS为参考和以CHB及CHB+JPT为参考选择的标签SNPs完全相同.结论 HapMap数据库中的CHB分型数据可作为JS人群复杂疾病多态性研究的参考数据库.
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cAMP信号转导通路关联基因多态性与反复发作抑郁症的关联分析
目的 探讨cAMP信号转导通路关联基因标签单核苷酸多态性(tagSNP)与反复发作抑郁症患者的关联.方法 收集1030例反复发作抑郁症患者(病例组)和851名汉族健康对照者(对照组),采用Sequenom技术检测cAMP信号转导通路关联基因tagSNP位点的基因型和等位基因频率,同时比较其在病例组与对照组之间的分布差异.结果 在病例组和对照组中,ADCY7基因rs1064448和HTR2A基因rs17068986的基因型和等位基因频率在两组间的差异有统计学意义(P<0.05);ADCY9基因rs2531995、BDNF基因rs10835210、rs7124442、CREB1基因rs4675690、rs2551645、HTR2A基因rs3125基因型(492:423:112,356:401:91;538:392:94,414:371:61;24:165:838,3:150:694;219:468:337,139:418:237;153:481:393,115:446:286;53:286:688,25:296:524)在两组间的分布差异均有统计学意义(P<0.05);余下的基因位点基因型和等位基因频率在两组间的差异均无统计学意义(P>0.05).在性别分析中,男性ADCY7基因rs106448和CREB1基因rs2551645的基因型和等位基因频率在两组间的差异有统计学意义(P<0.05);男性ADCY9基因rs2531995、BDNF基因rs10835210、CREB1基因rs4675690、HTR2A基因rs3125的基因型(195:177:49,193:423:41;221:158:42,237:201:28;83:188:148,85:237:122;24:113:284,10:176:281)在两组间的差异有统计学意义(P<0.05);其余tagSNPs在男性病例对照组中的基因型和等位基因分布差异无统计学意义(P>0.05).女性ADCY7基因rs1064448和HTR2A基因rs17068986的基因型和等位基因频率在两组间的差异有统计学意义(P<0.05);女性BDNF基因rs7124442和CREB1基因rs4675690基因型(16:94:497,1:73:308;136:280:189,54:181:115)在两组间的差异有统计学意义(P<0.05);女性ADCY9基因rs2531995等位基因(840:372,493:267)在两组间的差异有统计学意义(P<0.05);其余tagSNPs在女性病例对照组中的基因型和等位基因分布差异均无统计学意义(P>0.05).结论 ADCY7 rs1064448及CREB1 rs4675690可能和中国汉族人群反复发作抑郁症有关.
关键词： cAMP信号转导通路 标签SNP 反复发作抑郁症 -
CREB1和BDNF基因多态性交互作用与反复发作抑郁症的关联研究
目的 探讨环腺苷酸(CAMP)反应元件结合蛋白1(CREB1)基因多态性(rs889895,rs3770704,rs2551645,rs4675690)与脑源性神经营养因子(BDNF)基因多态性(rs7124442,rs10835210)交互作用是否与反复发作抑郁症有关.方法 提取768例反复发作抑郁症患者(抑郁组)及511名健康对照者(对照组)DNA,通过质谱分析检测5个标签SNP(tag SNP)基因型,采用x2检验分析抑郁组和对照组的等位基因和基因型的频度分布差异,广义多因素降维法(GMDR)分析基因间的交互作用及二元Logistic回归分析基因型与患病风险的相关性.结果 调整性别年龄后,GMDR分析发现一阶模型中rs10835210为优模型,样本测试精确度为0.5319,交叉验证一致性为10/10,且对反复发作抑郁症的患病风险有统计学意义(P=0.0107),未发现二阶及以上模型中各SNP位点间的交互作用对反复发作抑郁症患病风险有统计学意义(P＞0.05);二元Logistic回归分析优模型,发现携带杂合子AC的个体较携带野生型纯合子CC个体发生反复发作抑郁症的风险降低(OR=0.772,95％ CI=0.608 ～0.980,P=0.033);未发现CREB1 rs889895在中国汉族人群中的基因多态性.结论 BDNFrs10835210可能是反复发作抑郁症的生物学标记位点之一.
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新疆维、汉民族KCNE2和KCNE3基因多态性与房颤的相关性研究
目的:探讨新疆维、汉不同民族KCEN2、KCNE3基因标签SNP与房颤的关系.方法:采用病例对照研究方法,收集新疆医科大学第一附属医院心脏中心、和田地区人民医院心脏内科等科室.按照与病例组民族和性别相同,年龄相同或相近的原则选出对照.使用DNA提取试剂盒提取外周血DNA,然后对单核苷酸多态性进行检测,分析维吾尔族和汉族KCNE2(rs9984281)、KCNE3(rs9516)、KCNE3(rs10898993)、KCNE3 (rs 3867279)、KCNE3 (rs626930)与房颤的关系进行统计分析.结果:(1)维吾尔族KCNE2 (rs9984281)、KCNE3 SNP1 (rs9516)、SNP2 (rs626930)、SNP3(rs3867279)、SNP4(rs10898993)与房颤无关.(2)汉族KCNE2 (rs9984281)、KCNE3 SNP1 (rs9516)、SNP2 (rs626930)、SNP3(rs3867279)、SNP4(rs10898993)与房颤无关.结论:在KCNE基因家族中无论是维吾尔族还是汉族,KCNE2(rs9984281)、KCNE3 SNP1 (rs9516)、SNP2(rs626930)、SNP3(rs3867279)、SNP4(rs10898993)与房颤患病均无关.
