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中国汉族人群热休克蛋白60基因多态性及连锁不平衡分析
目的 分析中国汉族人群热休克蛋白60(HSP60)基因多态性及连锁不平衡关系.方法 采用分片断扩增直接测序的方法,结合Taqman探针基因分型技术时30名无关健康汉族志愿者进行HSP60基因多态性检测和单倍型分析.结果 (1)共检出13个频率大于1%的HSP60单核苷酸多态性(SNPs)位点.其中4个为新发现SNPs.9个已报道的SNPs分别为rs1116734、rs3749095、rs1050347、rs8539、rs2340690、rs3214832和rs7585486,内含子7无rs编号的(a/C),rs788016;4个新SNPs分别是:位于2号染色体198189061 a/g,198184890a/g,198184774 ag/--,198180643 ac/--(内含子7),杂合度分别为0.06、0.04、0.5和0.5.(2)SNPs:ral116734、rs1050347、rs8539、rs2340690、和rs788016在不同人种中的分布差异均有显著性(P=0.00).(3)连锁不平衡分析(LD)后发现rs1116734与198189061 a/g,rs1116734与rs788016不存在连锁不平衡.rs1050347、rs2340690、rs3214832、rs585486及198180659 a/c(无rs编号)两两间完全连锁不平衡,rs8539、198184774 ag/--、198180643 ac/--两两间完全连锁不平衡.以R2大小及小等住基因频率对13个SNPs进行选择,5个代表性SNPs位点rs1116734、rs3749095、rs8539、rs2340690、和rs788016均可构成9种单倍型.结论 中国汉族人群HSP60的SNPs分布有别于其他人种,r81116734、rs3749095、rs1050347、rs8539、rs2340690、rs3214832、198184774 ag/--、rs7585486、198180659 a/c、198180643ac/--、rs788016是HSP60基因在中国汉族人群中较常见的SNPs.rs1116734、rs3749095、rs8539、ra2340690和rs788016是5个较有代表性的SNPs.
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IL-1RN内含子2和外显子2基因多态性的分布特点及其与血脂的相关关系
目的探讨武汉地区汉族健康人群白细胞介素-1受体拮抗剂基因(IL-1RN)第2号内含子中可变数串联重复序列(VNTR)多态性和第2号外显子+8006位点单核苷酸多态性(SNP)的分布特点及其与血脂的相关关系.方法采用聚合酶链反应(PCR)和PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)的分析方法,检测了251名武汉地区汉族健康者IL-1RN(VNTR)和IL-1RN(+8006)多态性,同时检测其血脂、IL-1和IL-1Ra水平.结果 IL-1RN(VNTR)的等位基因以Ⅰ型为常见,其次为Ⅱ型,Ⅳ型较为罕见;IL-1RN(+8006)的等位基因以T型为常见,其次为C型;IL-1RN(VNTR)的等位基因Ⅱ总是伴随着IL-1RN(+8006)的等位基因C而出现;这两种多态性的分布在男女间差异不显著,且与血脂、IL-1和IL-1Ra水平间不存在相关关系(P＞0.05).结论武汉地区汉族健康人群IL-1RN内含子2和外显子2 中均存在基因多态性,其等位基因间存在连锁不平衡;这两种多态性与血脂、IL-1和IL-1Ra水平间不存在相关关系.
关键词： 白细胞介素-1受体拮抗剂 基因多态性 连锁不平衡 血脂水平 -
肿瘤全基因组关联研究的现状与挑战
全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)是目前复杂性疾病遗传易感性研究有效的研究设计,其通过高通量的基因分型平台,在基因组范围内根据连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)原理同时选择几十万甚至上百万个标签位点(tagging SNP,tSNP)进行检测,这种设计的特点是没有预设的研究假设(hypothesis free),对基因组常见变异覆盖率较高,要求病例-对照研究样本量较大(1000对以上),并辅以多个独立的研究进行后期的验证.
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单核苷酸多态性与连锁不平衡研究进展
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是人类基因组中广泛的多态性现象,也是造成个体差异的主要的遗传原因,发现和研究SNP的工作在目前人类基因组研究中倍受关注.连锁不平衡是不同遗传标记间存在着的非随机组合现象,SNP作为极具优势的遗传标记为深入研究连锁不平衡、以及利用连锁不平衡进行群体遗传学的参数估计、基因精细定位、关联分析等提供了良好的先决条件.近,在SNP研究及连锁不平衡的度量和连锁不平衡性质的研究方面取得的一系列进展为遗传学在将来发展奠定了基础.
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我国汉族人群HLAⅠ类经典基因单倍型及连锁分析
本研究旨在探讨我国汉族人群HIAⅠ类经典基因座位HLA-A、HLA-B、HIA-Cw位点的基因频率,单倍型频率及连锁特征.采用序列特异性引物(SSP)PCR低分辨基因分型技术对1 014例随机选择的无关个体的经典HIJA Ⅰ类位点进行基因分型,并对其相关遗传学参数进行统计学分析.结果发现汉族人群中较为常见的HLA-Ⅰ类基因是A*02(0.33)、A*11(0.24)、B*15(0.14)、B*13(0.13)、Cw*03(0.25)、Cw*07(0.18);较为常见的单倍型是A*02-B*46(0.071)、A*11-B*15(0.051)、A*02-Cw*01(0.084)、A*11-Cw*03(0.079)、B*46-Cw*01(0.095)和B*13-Cw*03(0.071)等,其中A*02-B*46、A*30-B*13、A*30-Cw*06、A*02-Cw*01、B*46-Cw*01和B*58-Cw*03等单倍型呈现出显著的连锁不平衡;而A*02-B*15、A*02-B*40、A*24-Cw*03、A*02-Cw*03、A*31-Cw*03等连锁不平衡性相对较低,其中A*24-Cw*03在重组事件中较常出现.此外,A*02-B*46-Cw*01(0.075)、A*30-B*13-Cw*06(0.046)、A*11-B*13-Cw*03(0.045)、A*33-B*58-Cw*03(0.044)、A*11-B*15.Cw*08(0.027)、A*02-B*38.Cw*07(0.023)、A*11-B*40一Cw*07(0.022)等为常见扩展单倍型.结论:本研究较系统地分析了我国汉族人群的HLA遗传学分布特点,为群体进化、临床移植及疾病相关研究等提供了有价值的遗传学资料.
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广东地区汉族正常人群HLA-E基因多态性研究
为了检测广东地区汉族正常人群HLA-E基因的多态性,并分析HLA-E与典型HLA-Ⅰ类(Ia)位点之间的连锁关系,采用PCR-SSP方法检测广东地区150个无血缘相关的正常人的HLA-E基因型,同时用NIH标准微量淋巴细胞毒方法检测其中106人HLA-A,-B基因型,对HLA-E与HLA-A,-B位点之间作连锁分析.结果发现,在广东地区汉族正常人群中共检出3个HLA-E等位基因:HLA-E*0101,HLA-E*01031,HLA-E*01032,其基因频率分别为45.33%,32.33%,22.33%.未检出E*0102和E*0104.HLA-E与HLA-A,-B位点之间B15/*E01032及A2/E*01032存在连锁不平衡,除此之外其他任何两位点之间不存在连锁不平衡.结论:HLA-E高度保守的多态性提示其生物学特性可能有别于HLA-Ia分子.
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11755名中国北方汉族造血干细胞供者HLA-A、B、DRB1基因和单倍型研究
为了研究中国北方汉族造血干细胞供者的人类白细胞抗原(HLA)-A,B,DRB1等位基因、HLA单倍型频率及其连锁不平衡特征,采用PCR-SSP和PCR-SSO流式微磁珠检测方法对中华骨髓库陕西分库内11755名中国北方汉族骨髓供者进行HLA基因低分辨分型,并根据HLA表型群体资料,运用基于大数学预期值算法(Expectation-Maximization,EM)的计算机软件Arleguin计算HLA单倍型频率.结果表明:11755例样本符合Hardy-Weinberg平衡检验,共检出HLA-A、B、DRB1等位基因(按分解抗原统计)分别为18、42、15种,包括很少在汉族人群中检测到的HLA-A25、B42、B53、B73和DR3,未发现HLA-A36,A43,A80,B78,B82和DR18等6种特异性.HLA-A*02,A*11,A*24,A*33,A*30,A*01, A*03,A*13,B62,B*51,B*46,B60, B61,B*35,B*44,DRB1*15,DRB1*09,DRB1*04,DRB1*07,DRB1*12,DRB1*11, DRB1*14,DRB1*08,DRB1*13的频率＞0.05.EM法计算求得频率＞10-6的HLA-A-B-DR单倍型共计2026种,其中HLA-A30-B13-DR7、A2-B46-DR9、A33-B58-DR17等26种单倍型频率＞0.005,A30-B13-DR7是中国北方汉族常见单倍型.计算求得的HLA-A-B、A-DR、B-DR单倍型共计538、227、522种,频率＞10-6者分别有409、195、423种,其中A30-B13,A2-B46,A33-B58等28种单倍型频率＞0.01;A2-DR9,A2-DR15,A30-DR7等26种单倍型频率＞0.01;B13-DR7,B46-DR9,B13-DR12等24种单倍型频率＞0.01.具有统计学意义(P＜0.05)的连锁不平衡HLA-A-B、A-DR和B-DR单倍型分别有296种(72%)、130种(67%)和308种(73%),其中A30-B13、A33-B58、A1-B37、A30-DR7、A33-DR13、A1-DR10、B37-DR10、B8-DR17、B13-DR7、B58-DR17等单倍型表现为显著的正连锁不平衡.结论:本研究使用EM算法获得了目前中国北方汉族样本量大的HLA-A/B/DRB1等位基因多态性、单倍型频率分布及连锁不平衡的特征,这将有助于临床为患者寻找合适供者,为移植免疫、HLA与疾病相关性及本地区群体遗传学等方面的研究提供了重要依据.
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中国汉族白血病患者及其相关人群罕见的HLA-DR/DQ连锁不平衡研究
目的 研究中国汉族白血病患者及其相关人群罕见的HLA-DR/DQ连锁不平衡单倍型.方法 对2000-2005年在我院进行异基因造血干细胞移植前HLA配型的白血病患者及与患者有血缘关系的家系供者共1500例的血液标本,采用低分辨序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)方法进行HLA-DR/DQ基因分型,并对两位点间连锁不平衡参数进行统计学分析.1500例中患者650例,平均年龄25岁;家系供者850例,平均年龄42岁.结果 在41例的血液标本中发现13种罕见的连锁不平衡单倍型,主要为HLA-DQ8或HLA-DQ9与不同DR位点的连锁.其中DR14/DQ4、DR4/DQ5、DR9/DQ6、DR9/DQ7、DR8/DQ8、DR9/DQ8、DR12/DQ8、DR13/DQ8和DR14/DQ9共9种单倍型尚未见报道.650例白血病患者中有20例存在12种罕见的连锁不平衡单倍型,850例家系供者中有21例存在8种罕见的连锁不平衡单倍型.DR8/DQ8单倍型只见于家系供者,而DR14/DQ4、DR12/DQ6、DR11/DQ8、DR13/DQ8和DR14/DQ9单倍型则只见于白血病患者.41例HLA-DR/DQ基因分型结果显示,连锁不平衡单倍型与DR52(DRB3)宽抗原相关联者占58.5%(24/41),与DR53(DRB4)宽抗原相关联者占36.6%(15/41),而与DR51(DRB4)宽抗原相关联者仅占4.9%(2/41).所发现单倍型频率高的为DR12/DQ8(0.0023)和DR9/DQ8(0.0023),其次为DR11/DQ9(0.0020)和DR12/DQ9(0.0017).13种连锁不平衡单倍型的绝对及相对连锁不平衡参数均为负值,说明它们在中国汉族人群中较为罕见,并处于连锁不稳定状态.结论 发现了罕见的DR/DQ连锁不平衡单倍型,对补充中国汉族人群HLA-DR/DQ基因的连锁不平衡类型,提高HLA分型结果的准确性具有一定意义;同时,DR/DQ连锁不平衡单倍型在不同人群中的差异为疾病关联研究提供了思路.
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中国佤族人群MBL基因SNP及其单倍型与基因型的研究
甘露聚糖结合凝集素(mannan-binding lectin, MBL)通过激活补体凝集素途径和调理吞噬作用清除病原体及受感染细胞,在机体天然免疫中起关键作用[1].已发现MBL基因上存在至少20个单核苷酸多态性(SNP)位点,仅其中6个SNP位点对MBL血清水平有较大的影响,他们分别是启动子区-550(G/C)、-221(C/G)、+4(C/T)3个位点(分别称H/L、X/Y和P/Q等位基因)和结构基因第一外显子CGT52TGT、GGC54GAC、GGA57GAA 3个密码子点突变(分别称为D、B、C等位基因,即A野生型).按照排列组合的规律这6个SNP可随机组合成26种单倍型,但由于结构基因3个SNP位点与不同的启动子单倍型连锁不平衡,至今只检测到7种常见的单倍型.
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HLA-G基因多态性与高危型HPV18易感的相关研究
目的：探讨HLA-G 3′非翻译区( UTR)基因多态性与浙江省台州地区女性宫颈人乳头瘤病毒( human papillomavirus,HPV)易感的相关性。方法采用 PCR扩增及基因测序检测高危型HPV18感染者及正常对照女性HLA-G 3′UTR基因多态性(包括14 bp插入/缺失和+3142C/G)分布及频率,寻找女性HPV18易感基因型及单倍型。采用SPSS16.0、SHEsis软件对结果进行分析统计,组间比较采用χ2检验,探讨HLA-G基因多态性与HPV18易感风险及宫颈上皮内瘤变发生的关系。结果 HPV18感染者中等位基因-14 bp、基因型-14 bp/-14 bp和单倍型-14 bp/+3142C的频率均显著低于正常对照(P<0.05)。与正常对照组比较,+3142C/C基因型频率在宫颈病理学正常伴HPV18感染者中显著降低(6.3% vs 21.1%,OR=0.25,P<0.05)；而+3142G/G基因型频率在重度宫颈上皮内瘤变CIN2/3级患者中显著升高(68.8% vs 35.1%,OR=4.06,P<0.05)。结论 HLA-G 基因3′UTR多态性与高危型HPV18感染及宫颈上皮内瘤变进程密切相关。
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用PCR-RFLP方法探讨人红白血病细胞系HLAⅡ基因型
在免疫应答和免疫调节中人类白细胞抗原(HLA)起着至关重要的作用.目前研究指出:HLA抗原与人类疾病的发生、发展以及预后有着密切的关系.HLA抗原与疾病关联的可能机理是存在某些与 HLA紧密连锁并处于连锁不平衡的免疫反应基因或疾病易感基因.
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HLA-10/10全相合供受者间DQA1等位基因频率分布及其在造血干细胞移植中的临床应用价值
目的 研究在HLA-A、B、C、DRB1、DQB1(10/10)全相合中供受者间HLA-DQA1高分辨等位基因频率分布及在临床中的应用价值.方法 采用SSOP和SSP方法对非血缘HLA-10/10全相合造血干细胞移植的127对患者和供者,共计254份样本进行HLA-DQA1高分辨等位基因分型.结果 在127对供患者中36对采用SSOP方法可直接判断分型结果,91对需采用高分辨SSP方法解决模棱两可的分型结果,除5对供患者HLA-DQA1等位基因错配但抗原相合外其余均为全相合.在127例无关供者中共检出16种DQA1等位基因,基因频率从高到低分别为DQA1* 02∶01(19.3％),DQA1*01∶ 02(19.3％),DQA1*03∶02/03(17.0％),DQA1*01∶03(9.8％),DQA1* 06∶01(9.1％),DQA1* 05∶ 01 (7.1％),DQA1* 05∶ 05(5.9％),DQA1* 03∶ 01(4.7％),DQA1* 01∶ 04(2.4％),DQA1*01∶ 05(2.0％),DQA1*01∶ 01(1.2％),DQA1*05∶ 03(0.8％),DQA1 *05∶ 08(0.8％),DQA1 * 04∶01(0.4％),DQA1*05∶06(0.4％).患者与供者HLA-DQA1等位基因频率分布无统计学差异,但在患者样本中发现一例新基因提示为DQA1*01∶XX.在DQA1与DQB1的单倍型频率与连锁不平衡分析中,常见的单倍型是DQA1* 02∶01-DQB1*02∶02(16.1％),其次为DQA1 *03∶02/03-DQB1*03∶ 03(11.8％),DQA1 *01∶03-DQB1*06∶ 01(9.1％),且DQA1* 02∶ 01与DQB1 *02∶ 02、DQA1* 03∶ 02与DQB1 *03∶ 03、DQA1*01∶ 03与DQB1*06∶ 01、HLA-DQA1 *06∶01与DQB1* 03∶01、DQA1* 05∶01与DQB1*02∶01之间均存在强连锁关系(P＜0.001).结论 HLA-DQA1和DQB1存在显著的连锁不平衡性,且DQA1的基因多态性远低于DQB1基因多态性,因此,在无关供者和患者HLA-10/10全相合基础上增加DQA1等位基因分型不能为造血干细胞移植供者选择提供更多的指导,但在HLAⅡ类基因位点错配的造血干细胞移植中仍然有临床应用前景.
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ABCG1基因多态对转录活性及冠心病易感性的影响
目的 探讨三磷酸腺苷结合盒子转运体G1(ATP binding cassette transporter,ABCG1)启动子多态性对其转录活性的影响及其与冠心病(coronary atherosclerotic disease,CAD)易感性的关系.方法 采用病例对照研究,对217例CAD患者和142例对照者的ABCG1近端启动子区转录启始位点上游约1 000bp核苷酸序列进行测序分析,分析CAD组和对照组、早发冠心病组和非早发冠心病组、多支病变组和单支病变组间单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和单倍型的频率分布差异.采用等位基因特异引物测序或基因克隆测序鉴定启动子单倍型,选用双荧光素酶报告基因系统检测不同单倍型转录活性的差异.两组间的频率分布比较采用x2检验或Fisher精确检验,组间荧光素酶活性差异比较采用成组t检验或单因素方差分析.结果 在约1 000bp启动子序列中发现3个SNPs [-384 (A/G)、-204 (A/C)和-134 (T/G)],可形成ACG、GAT和GCG 3种单倍型,3个SNPs间强连锁不平衡,Tajima's D=2.655 (P＜0.01).3个SNPs频率和单倍型频率在CAD组和对照组间无统计学意义,与冠状动脉血管病变严重程度和早发冠心病无显著相关性.3种启动子单倍型的转录活性比较无统计学意义,但将GAT突变为GAG后,转录活性明显增强(P＜0.05).结论 ABCG1启动子A区的3个SNPs组成的3种单倍型对启动子活性无影响,该区域的SNPs及其组成的单倍型的频率分布与CAD的易感性无显著性相关.
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TNF-α基因多态性对肝炎及其他感染性疾病的影响
TNF-α是一种有效的炎性细胞因子,人类TNF-α基因位于高多态性的MHC复合体区(6p21.3),TNF基因簇内有很多微卫星多态性及单核苷酸多态性(SNPs),其中很多多态性与HLA Ⅰ、Ⅱ类等位基因之间存在连锁不平衡.体外实验发现有些TNF-α基因的多态性可影响TNF-α的产量,并与病毒性肝炎及其他感染性疾病的易感性有关,这种现象是由这些多态性直接引起的,还是因为与TNF-α基因或HLA基因的其他多态性连锁并协同发挥作用,尚需进一步研究.
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关联性研究中的单体型分析
对人类基因组上的连锁不平衡的了解将会对我们进行复杂性疾病的基因定位研究产生巨大的影响,目前研究多人群中的单体型结构的HapMap计划正在进行中.本文综述了连锁不平衡和单体型的概念,并探讨了其在关联性研究中的重要应用.
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2型糖尿病易感基因定位克隆研究进展
糖尿病有遗传倾向且有遗传异质性.近年病因研究之深入发现了多种由单基因突变导致胰岛B细胞胰岛素分泌不足呈孟德尔遗传或线粒体母系遗传的糖尿病.但是,在糖尿病者中占很大比例的2型糖尿病(T2DM)是多基因遗传的复杂病(complex disease).复杂病是由多个易感遗传基因及环境因素共同参与且相互作用而致发病.阐明T2DM易感基因及其与环境因素相互作用参与发病的机制并非易事,但却是充分防治T2DM的前提之一.只有在计算机及分子生物技术飞速发展的今日方有可能摸索应用重组制谱(recombinant mapping)结合连锁不平衡制谱(linkage disequilibrium mapping)对T2DM易感基因进行定位克隆(positional cloning).本文就其进展作一介绍.
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新疆哈萨克族和汉族代谢综合征患者脂蛋白脂酶基因Hind Ⅲ和S447X单体型和连锁不平衡分析
目的:探讨脂蛋白脂酶基因HindⅢ和S447X多态性位点之间的连锁不平衡和单体型对新疆哈萨克族和汉族人群代谢综合征(MS)的影响.方法:应用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性法检测802例研究对象(包括哈萨克族和汉族MS患者各200例和对照各201例)的脂蛋白脂酶基因HindⅢ和S447X基因多态性.结果:(1)哈萨克族和汉族MS组H-和X等位基因频率均低于各自对照组[哈萨克族H-等位基因:22.0% vs 28.6%(P=0.031),X等位基因5.5%vs 12.4%(P=0.001);汉族H-等位基因:18.0%vs28.9%(P=000.000),X等位基因:4.0% vs 12.4%(P=0.000)].但两民族间无差别(P均>0.05).(2)脂蛋白脂酶基因Hind Ⅲ和S447X多态性位点之间存在强连锁不平衡.(3)该两个多态性位点之间只存在H+/S、H-/S和H-/X三种单体型,两个民族MS组与对照组之间单体型频率均有统计学差异(x2哈萨克=13.17,P=0.001;x2汗=20.68.P=0.000),两民族问无差别(P>0.05).(4)哈萨克族和汉族H+H-/H-H-基因型与SX/XX基因型的组合都有升高HDL-C水平和降低TG水平的作用(P<0.05).结论:脂蛋向脂酶基因HindⅢ和S447X多态性与MS相关,两位点之间存在强连锁不平衡.H-/X单体型可能是MS的保护因素,并对血脂水平产生有益的影响.
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湖北汉族人群T淋巴细胞免疫球蛋白黏蛋白-3基因单体型与变应性支气管哮喘的相关性
目的 分析湖北汉族人群T淋巴细胞免疫球蛋白黏蛋白-3(TIM-3)启动子区-1516G/T和外显子3区4259G/T单核苷酸多态性及其连锁不平衡关系,探讨其构成的单体型与支气管哮喘(简称哮喘)易感性之间的关系.方法 2004年6月至2007年10月采用等位基因特异性聚合酶链反应检测湖北汉族175例哮喘患者(哮喘组)和202名健康者(健康对照组)TIM-3-1516G/T和4259G/T的单核苷酸多态性,计算基因型和等位基因频率、两位点间的连锁不平衡系数(D')值及单体型频率.结果 TIM-3基因-1516G/T基因型GG、GT和TT在健康对照组中分布频率分别为82.7%(167/202)、17.3%(35/202)、0(0/202),哮喘组分布频率分别为82.9%(145/175)、17.1%(30/175)、0(0/175);TIM-3基因4259G/T基因型GG、GT和,TT在健康对照组中分布频率分别为0.5%(1/202)、2.5%(5/202)、97.0%(196/202),哮喘组分布频率分别为0.6%(1/175)、5.7%(10/175)、93.7%(164/175).对照组D'值为1.0,哮喘组D'值为0.9.湖北汉族人群中存在3种单体型(G-G、G-T、T-T),这3种单体型频率在健康对照组分别为1.7%(7/404)、89.6%(362/404)、8.7%(35/404),哮喘组分别为3.4%(12/350)、88.0%(308/350)、8.6%(30/350);3种单体型(G-G、G-T、T-T)与哮喘易感性无相关性(x2值分别为2.15、0.47、0.003,P均＞0.05).结论 TIM-3基因-1516G/T与4259G/T之间存在紧密连锁不平衡关系,G-G、G-T、T-T与哮喘易感性无相关性.但不排除是否与其他种族人群中哮喘易感性相关或与其他过敏性疾病和自身免疫性疾病的易感性相关.
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人类白细胞抗原A和DRB1基因与1型糖尿病的相关性研究
目的 研究江苏地区人类白细胞抗原( HLA )-A和HLA-DRB1基因频率及单倍型与1型糖尿病的相关性.方法 于2008至2009年在江苏省江阴市和南京市选择白发酮症急性起病、依赖胰岛素治疗的1型糖尿病门诊或住院患者51例(1型糖尿病组),其中男27例,女24例,平均发病年龄(14±9)岁.另以2002至2006年登记加入中华骨髓库江苏分库的汉族无关骨髓捐献志愿者HLA分型资料20 248份为对照.从受试者外周血中提取细胞基因组DNA,利用聚合酶链反应-寡核苷酸探针序列特异性引物技术进行HLA-A和HLA-DRB1基因分型,应用Arlequin软件分析计算单倍型频率及连锁不平衡情况,通过卡方检验等比较组间基因频率、单倍型频率及疾病相关性分析.结果 HLA-A位点频率高的为A*02和A*24,HLA-DRB1位点频率高的为DRB1* 09.与对照组相比,1型糖尿病组HLA-A* 03[6.86％ (7/102)比2.43％(984/40 496), x2=8.40,P＜0.01,比值比(OR)=3.00]、A*24[27.45％(28/102)比16.79％(6799/40496),x2 =8.27,P＜0.01,OR=1.87]和DRB1*09[32.35％ (33/102)比16.15％ (6540/40 496),x2=19.69,P＜0.01,OR=2.47]、DRB1*03[15.69％(16/102)比4.76％(1927/40 496),x2=26.66,P＜0.01,OR =3.69]频率显著升高.A*01-DRB1* 03在连锁不平衡分析中为1型糖尿病组所特有.结论 检测出位点A*03、A*24及DR03、DR09对1型糖尿病的易患性,发现3个有易患作用的A-DR单倍型,观察到与1型糖尿病关联的祖先单倍型A01DR03.
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血管紧张素原基因和血管紧张素转换酶基因多态性与高血压
目的研究中国人群中血管紧张素原(AGT)基因单核苷酸多态性(SNP)及血管紧张素转换酶(ACE)基因插入/缺失多态与高血压病的关系.方法在345例高血压病患者与206名血压正常人中采用PCR-RFLP法检测AGT基因A-20C, A-6G和M235T的多态性,用PCR法检测ACE基因16内含子Alu片段插入/缺失多态,同时用EM算法进行两位点连锁不平衡分析.结果在M235T 和 A-20C, M235T和A-6G,A-20C 和 A-6G位点观察到了连锁不平衡(P＜10-4).病例-对照检验显示T235等位基因频率在高血压组中高于对照组,且高血压病患者中ACE-(DD+ID)+AGT-TT235基因型频率高于对照组.结论受检人群中AGT基因各多态频率处于两两连锁不平衡,但AGT基因即T235位点以隐性作用方式与高血压关联,T235等位基因与ACE-D等位基因在高血压病发生中具协同作用.
