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孕妇血浆中胎儿游离DNA片段浓度和长度均值的计算方法研究
目的:建立计算孕妇外周血中胎儿游离DNA片段(cffDNA)浓度和长度均值的新的数学模型.方法:根据孕妇外周血中母亲和胎儿的DNA片段的长度分布不同的现象,利用K-means算法和EM算法开发新的算法.用提出的新方法分析孕妇外周血样本的DNA片段长度分布,cffDNA浓度和片段长度均值.结果:①三份样本中来源于母亲的DNA片段长度均值,分别为167bp,166bp和165bp;cffDNA的长度均值为160bp,163bp和158bp;②孕妇血浆中cffDNA的浓度分别为10.4％,5.5％,17.4％.此结果与基于Y染色体的百分含量的方法计算所得的结果相近.结论:用本课题组提出的新方法分析孕妇外周血的cffDNA的浓度和长度均值是有效的、准确的.
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FFPE组织提取DNA样本质量评价的多中心调研
中性福尔马林固定石蜡包埋(formalin fixed paraffin embedded, FFPE)一直是病理科处理组织样本的标准程序,也是病理科形态学诊断的基石[1].随着医学的发展,靶向药物在临床治疗中被广泛地使用,FFPE的组织块还必须用于药物靶点的基因诊断,特别是体细胞突变相关基因诊断,为患者提供基因的诊断结果以指导临床诊疗[2-3].
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石蜡组织存放时间对提取DNA质量的影响
目的 探讨储存时间对石蜡包埋组织提取DNA质量的影响.方法 采用试剂盒方法,分别提取10例保存1～3 a的石蜡组织样品DNA,NanoDrop-2000分光光度仪检测DNA浓度和OD260/OD280比值,质量分数2％琼脂糖进行电泳检测,采用单因素方差分析比较DNA质量.结果 琼脂糖凝胶电泳显示:石蜡包埋组织提取DNA降解明显.储存1～3 a的石蜡包埋组织提取DNA的浓度有明显差异(P=0.04),储存时间越长,DNA浓度越低,但提取DNA的纯度无明显差异(P＞0.05).结论 石蜡包埋组织储存时间越长,提取DNA浓度越低,但纯度无明显差异.
