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2009年宁波市甲3亚型流感流行特征与HA1基因特性的分析
目的 了解2009年宁波市甲3亚型流感病毒的流行特征及血凝素基因HA1区域的变异情况.方法 全年度每周从流感监测哨点医院收集流感样病例标本进行病毒分离,获得的甲3亚型流感毒株按不同时间、地点进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特性分析.结果 所选取的15株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,编码329个氨基酸;2009年上半年的流行株与2008年秋季的流行株在该区域有7个氨基酸位点存在差异,2009年下半年的流行株与2009上半年又存在10个氨基酸位点的差异.上半年与下半年的流行株在种系发生树上形成两个分支,为不同性状的流行株.结论 2009年上半年及下半年宁波市甲3亚型流感流行株与2008年相比,在血凝素基因HA1区域都发生了较为明显的改变,且上半年与下半年的2个流行株之间血凝素基因的差异也较大.说明2009年宁波市流行的甲3亚型流感病毒变异较为频繁.
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2007-2009年广西壮族自治区甲3亚型流感病毒HA1基因变异的特征研究
目的 从HA1基因层面探讨2007-2009年广西壮族自治区(广西)甲3流感病毒的变异、进化发展规律,探寻与WHO疫苗推荐株以及上海市、北京市和浙江省等地当年流行株之间的差异.方法 提取广西22株2007-2009年甲3流感毒株RNA,并测定其血凝素重链(HA1)区域的核苷酸序列,采用生物信息软件,分析与当年疫苗推荐株及上海、北京和浙江等地在HA1以及HAI抗原决定簇区域的差异,分析进化关系.结果 22株广西甲3流感病毒2007年与2008年比较接近,HA1区核苷酸和氨基酸的同源性均值分别为99.39%和99.08%;而与2009年变异较大,同源性均值分别为99.04%和97.78%.而对比世界卫生组织(WHO)推荐的2008-2009年甲3流感疫苗株A/Brisbane/10/2007,广西3年分离株HA1区氨基酸酸同源性均值分别为99.81%、99.25%和97.94%.2009年广西甲3流感病毒与当年疫苗株比较,HA1抗原决定簇发生了6个氨基酸的替换,且发生在A、D、E三区.各年度散发株和暴发株同源性较均在99.00%以上.2007年广西甲3毒株与上海及北京比,HA1区氨基酸同源性均值分别为99.83%和99.12%,2008年比较结果分别为98.93%和99.25%.基因进化树分析显示2009年分离株与2007年、2008年及当年疫苗株距离较远,单独分支.结论 广西2007年与2008年甲3流感病毒HA1基因特性较为接近,2009年毒株发生了较大变异.广西与上海、浙江等地分离株更为接近,而与北京分离株差异较大.WHO推荐的当年疫苗株均滞后广西流行株.
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2007年江西省甲3亚型流感毒株HA1基因特性的分析
目的 了解江西省2007年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO 2007～2008年甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果.方法 采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析.结果 所选取的8株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.13%.2007年甲3亚型流感病毒分离株与2007-2008年WHO疫苗推荐株HA1区相比较.不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.4%.在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.25个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氨基酸替换.结论 2007年根据WHO2007-2008年推荐疫苗株生产的疫苗对我省的甲3亚型流感预防效果不够理想.
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2012年宁波市甲3亚型流感流行特征与HA1基因特性的分析
目的 了解2012年宁波市甲3亚型流感病毒的流行特征及血凝素基因HA1区域的变异情况.方法 全年度每周从流感监测哨点医院收集疑似病例标本进行病毒分离,获得的甲3亚型流感毒株进行血凝素基因HA1区nt序列测定并推导出其aa序列,然后进行基因特性分析.结果 系统进化分析显示2012年的甲3亚型流感病毒的分离株与近几年的代表株均不在同一进化分支上,aa比对结果显示2012年宁波市的流行株与2011年国内外的流行株在HA1区域有8个以上aa位点存在差异.与2012年-2013年疫苗株相比也存在5个aa位点的差异.结论 2012年宁波市流行的甲3亚型流感病毒在血凝素基因HA1区域发生了较为明显的改变,说明近几年宁波市流行的甲3亚型流感病毒变异较为频繁.
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河北省甲3亚型流感病毒分离株HA1基因变异分析
目的 研究河北省2005-2008年甲3亚型流感病毒HA1基因变异特征.方法 选取河北省2005-2008年分离的甲3亚型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用生物信息软件对测序结果进行分析处理.结果 2005-2006年分离株与当年疫苗株A/California/7/2004比较,在其HA1蛋白分子上有6个氨基酸位点发生替换;2006-2007年分离株与当年疫苗株A/Hiroshima/52/2005比较,有4个氨基酸位点发生替换;2007-2008年分离株与当年疫苗株A/Wisconsin/67/2005比较,有8个氨基酸位点发生替换,且与前两个流行期的分离株比较存在4、6个氨基酸位点差异.基因进化树上,同一流行期分离株基本呈集中分布,每个流行期分离株均远离当年疫苗株.结论 河北省2005-2008年分离的甲3亚型流感病毒HAl基因发生了变异,在HA1氨基酸序列的进化亲缘关系结构上具有同流行期相近的特征.
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2004～2006年江西省甲3亚型流感疫苗预防效果的基因分析
[目的]了解江西省2004～2006年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果. [方法]采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析. [结果]21株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.09%.2004年甲3亚型流感病毒分离株与当年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.8%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.17个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氢基酸替换.2005年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%～99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的甲3亚型流感上有良好的预防效果;对2006年度的甲3亚型流感预防效果不 够理想.
