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2007年江西省甲3亚型流感毒株HA1基因特性的分析
目的 了解江西省2007年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO 2007～2008年甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果.方法 采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析.结果 所选取的8株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.13%.2007年甲3亚型流感病毒分离株与2007-2008年WHO疫苗推荐株HA1区相比较.不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.4%.在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.25个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氨基酸替换.结论 2007年根据WHO2007-2008年推荐疫苗株生产的疫苗对我省的甲3亚型流感预防效果不够理想.
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2004～2006年江西省乙型流感病毒HA1基因特性分析
目的:了解江西省2004～2006年分离的B型流感病毒株HA1基因变异特征.方法:采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的B型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析.结果:2004年和2005年分离到的B型流感病毒均为B型的Yamagata系;2006年以Victoria系为优势株,但有Yamagata系的活动.9株Yamagata系B型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为1014 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,与疫苗推荐株B/Shanghai/361/2002 HA1区相比较,不同毒株氨基酸同源性为96.4%～97.3%,替换数在10～11个,所有毒株均在9个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,在196位增加了一个糖基化位点.12株Victoria系B型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为1017 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,与疫苗推荐株B/Malaysia/2506/2004的HA1区相比较,不同毒株氨基酸同源性为98.4%～99.5%,替换数在2～4个,所有毒株均在2个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,在197位增加了一个糖基化位点.结论:江西省2004～2006年Yamagata系B型流感病毒HA1基因特性已发生改变,从基因水平说明Yamagata系B型流感病毒抗原性发生了改变.2006年Victoria系B型流感病毒HA1基因特性有所改变,疫苗仍有预防效果.
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宜春市2011年-2013年乙型流感病毒HA1基因特性分析
目的 了解宜春市2011年-2013年分离的B型流感病毒株HA1基因变异情况.方法 核酸提取采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar510、BioEdit(Version510)、Mega3.1生物软件对测序结果进行分析处理.结果 Victoria系11株,Yamagata系7株进行HA1基因测序,与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,2011年、2012年、2013年氨基酸同源性分别为99.1％、99.4％ ～ 99.6％、99.4％ ～ 99.6％;氨基酸替换数分别为3个、3个、4.5个,其中2012年1处、2013年2处变异位于抗原决定簇;种系进化树上,分成Victoria 系和Yamagata系两大分支,各年份同系分离株与疫苗推荐株均在同一分枝上,亲缘性较近;HA1基因序列二硫键未发生变异;糖基化位点仅2013年两毒株分别在533 ～535、546 ～548发生了变异.结论 2011年-2013年宜春市B型流感HA1基因虽然有氨基酸替换,但还没有出现实质性的转变,且与疫苗代表株同源性极高,均达到99.1％以上,因此疫苗仍具有较好的保护作用.
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2007年-2009年江西省甲型流感A(H1N1)毒株HA1基因特性的分析
目的 了解江西省2007年-2009年分离的甲1亚型流感病毒株HA1基因变异特征及规律,分析WHO2007年-2009年甲1亚型疫苗推荐株对江西省甲1亚型流感的预防效果.方法 采集流感监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲1亚型流感病毒进行核酸的提取,采用RT-PCR方法扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar、Mage软件对测序结果进行分析处理,并与WH0 2007年-2009年北半球推荐疫苗株进行比对.结果 测得15株甲1亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,未发现核苷酸的丢失和插入.2007年与2008年本省甲1亚型流感病毒分离株与WHO疫苗推荐株,在HA1区域的氨基酸存在较大差异;而2009年本省甲1亚型流感病毒分离株与WHO疫苗推荐株之间差异则较小.结论 2007与2008年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年度本省的甲1亚型流感的预防效果不够理想;而2009年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年度本省的甲1亚型流感的预防具有一定的效果.
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2013年-2014年江西省乙型流感病毒HA1基因特性分析
目的 了解江西省2013年-2014年乙型流感病毒毒株HA1基因的变异特征.方法 对狗肾传代细胞(MDCK)培养分离得到的乙型流感病毒进行核酸提取,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar 5.0、Mega 4.0软件对测序结果进行分析,并将其氨基酸序列与WHO推荐的北半球乙型流感病毒疫苗株进行比对.结果 2013年-2014年分离的乙型流感病毒均为Yamagata系病毒.19株乙型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为1 038 bp,未发现核苷酸的丢失和插入.所有毒株的氨基酸序列与北半球疫苗株B/Massachusetts/02/2012的同源性为95.1％～97.7％,有11个位点均发生了氨基酸变异,其中4个变异位于抗原决定簇.结论 2013年-2014年分离的乙型流感病毒HA1区域的氨基酸变异涉及4个抗原决定簇,故需要密切监测本省的乙型流感病毒变异情况,以判断WHO推荐的乙型流感疫苗株对本省的乙型流感病毒的保护作用.
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2007年江西省乙型流感病毒流行的分子基础
目的 了解江西省2007年乙型流感病毒流行情况的分子基础.方法 采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的B型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mega生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析.结果 2007年分离到B型流感病毒91株,其中68株Yamagata系和23株Victoria系;6株Yamagata系和4株Victoria系B型流感病毒分别与WHO推荐的疫苗株B/Shanghai/361/2002(Yamagata系)和B/Malaysia/2506/2004(Victoria系)的HA1序列比对,结果为:Yamagata系B型流感病毒HA1区域核苷酸平均替换数为23.3个,平均点突变率为2.30%,氨基酸替换数在7～9个,同源性为95.2%～96.3%,所有毒株均在6个相同的氨基酸位点发生了相同的替换;Victoria系B型流感病毒HA1区域核苷酸平均替换数为8.5个,平均点突变率为0.84%,氨基酸替换数在3～4个,同源性为98.95%～99.48%,所有毒株均在3个相同的氨基酸位点发生了相同的替换.结论 2007年Victoria系B型流感病毒HA1基因特性有所改变,疫苗仍有预防效果,但是B型流感流行趋势发生了改变,Yamagata系比Victoria系更活跃,B/Malaysia/2506/2004(Victoria系)疫苗推荐株对江西省B型流感保护效果不佳.
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2008-2012年江西省乙型流感病毒HA1基因特性分析
目的 了解2008-2012年江西省分离的B型流感病毒株HA1基因变异特征.方法 采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的B型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、Mage对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析.结果 10株Yamagata系B型毒株HA1基因之间的同源性为97.5％～100.0％,14株Victoria系B型毒株HA1基因之间的同源性为97.0％～ 99.9％.我省2008年分离的Yamagata系流感病毒与疫苗株间有5～7个变异,2009-2011年分离的Victoria系流感病毒与疫苗株间有5～7个变异,2012年分离的Yamagata系流感病毒与疫苗株间有1～4个变异,其中多只有1个变异位于抗原决定簇.结论 2008-2012年江西省B型流感HA1基因未发生明显变异,WHO推荐的B型流感疫苗株对我省流行的B型流感具有保护作用.
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2004～2006年江西省甲3亚型流感疫苗预防效果的基因分析
[目的]了解江西省2004～2006年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果. [方法]采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析. [结果]21株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.09%.2004年甲3亚型流感病毒分离株与当年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.8%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.17个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氢基酸替换.2005年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%～99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的甲3亚型流感上有良好的预防效果;对2006年度的甲3亚型流感预防效果不 够理想.
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江西省2005～2006年甲1亚型流感病毒株与疫苗株的HA1区差异分析
[目的]分析江西省2005～2006年分离的甲1亚型流感病毒株与疫苗推荐株HA1区的差异,以了解江西省流感病毒变异情况及WHO推荐疫苗株对人体的保护作用.[方法]采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分商,对分离到的甲1亚型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit (Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐疫苗株进行比对.[结果]20株甲1亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入.平均点突变率为2.94%.2005年甲1亚型流感病毒分离株与2005年WHO北半球流感甲1亚型疫苗推荐株A/New caledonia/20/99(H1N1)HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是96.9%～98.1%,替换数在6～10个之间,涉及2～3个抗原决定簇,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为2.33.2006年甲1亚型流感病毒分离株与疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是95.3%～97.2%,、替换数在9～15个之间,涉及4个抗原决定簇,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为6.0个.2006年我省甲1亚型流摩病毒分离株与WHO疫苗推荐株之间在HA1区域的氨基酸差异以及抗原决定簇上氨基酸的差异,均显著大于2005年我省甲1亚型流感病毒分离株与WHO疫苗推荐株之间差异(P<0.0005).[结论]2005年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年度我省的甲1亚型流感总体上有较好的预防效果,而2006年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对我省该年度的甲1亚型流感预防效果不够理想.
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2008-2012年江西省甲型H3N2流感病毒HA1基因特征及与疫苗株差异分析
目的 掌握2008-2012年江西省甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,在分子水平了解WHO甲3型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感病毒预防效果.方法 采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲3型流感病毒毒株进行核酸的提取,扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定并对HA1基因特性进行分析.结果 2008-2012年共分离到甲3型流感病毒553株,对其中23株毒株进行HA1基因序列测定,各年份的毒株HA1序列分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,结果为2008-2012年氨基酸同源性分别为98.4％～99.1％、96.6％～ 98.4％、97.2％～ 98.4％、96.2％～ 97.2％和96.6％～98.1％;抗原决定簇区氨基酸平均变异数分别为1.3个、3.2个、1.4个、3个和2.5个;其中2009年有3株在2个抗原决定簇区发生了4～5个的氨基酸替换.结论 2008-2012年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,疫苗对我省2008年度、2010年度和2012年度的甲型H3N2亚型流感保护效果良好,在2011年度保护效果存在滞后现象,对2009年甲型H3N2亚型流感保护效果较差.
关键词： 甲型H3N2流感病毒 HA1区域 疫苗株 基因
