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应用微孔噬菌体扩增法检测结核分支杆菌利福平的敏感性研究
目的:评价应用微孔噬菌体扩增法快速检测临床结核分支杆菌分离株的利福平敏感性.
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铜绿假单胞菌临床分离株医院感染分布及耐药性分析
目的:研究观察铜绿假单胞菌(PAE)临床分离株在医院的感染分布并分析其产生的机制.方法:对近几年住院和门诊患者送检的各类标本进行分离培养,并采用法国生物梅里埃公司的Vitek-AMS32微生物鉴定仪鉴定,用WHONET5.4软件对病原菌的耐药性进行分析.结果:铜绿假单胞菌临床分离株在医院的感染分布很广,并且具有较高耐药性.结论:铜绿假单胞菌多重耐药性明显,临床应加强对PAE耐药性的监控和防治耐药菌株的传播.
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广西1994~2001年伤寒流行病学及病原学遗传多态性研究
本研究对1994~2001年近8年来广西壮族自治区(广西)伤寒流行进行分析,对这期间的分离株进行16S核糖体(rRNA)基因多态性、噬菌体裂解分型试验,现将结果报道如下.
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西安市儿童和育龄期妇女中人疱疹病毒6型的血清流行病学调查
用人疱疹病毒6型(HHV-6)国内分离株建立的间接免疫荧光试验(IFA)方法,对西安市区儿童和育龄期妇女中HHV-6的感染和免疫水平状况进行调查.
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辽宁省1997-2002年霍乱弧菌分离株核糖体分型和脉冲场凝胶电泳分型分析
为探讨辽宁省不同地区、不同来源霍乱病原体之间的遗传相关性,并对从鸭绿江水中分离出来的霍乱弧菌进行基因水平的分析,我们采用16S RNA核糖体基因分型(RT)及脉冲场凝胶电泳(PFGE)等分子生物学方法,对23株分离自1997-2002年辽宁省患者、外环境霍乱菌株进行研究.所用菌株经鉴定均为El tor生物型.染色体DNA提取、Southern杂交、PFGE参照文献[1]进行.20株霍乱弧菌共分3个RT型,其中18株菌为RT1型,RT2型、RT3型各1株菌(表1).14株霍乱弧菌共出现3种电泳条带(PFGE分型),结果见图1和表1.
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大肠埃希菌O157:H7国内流行株新K抗原的发现
大肠埃希菌抗原主要有O抗原和H抗原,相当部分菌株还存在K抗原.K抗原与大肠埃希菌的致病力存在一定关系.我们研究发现,国内一些O157:H7临床标本分离株存在"O"不凝集现象,有K抗原存在的可能性.经实验证实,在分离自腹泻患者粪便标本的3株O157:H7菌株中发现一种新的K抗原(L型).
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宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析
目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%~99.4%,氩基酸同源性为96.6%~100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.
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丙型肝炎病毒西安株2a型包膜蛋白E区部分cDNA的分析
丙型肝炎病毒(HCV)包膜蛋白区(E区)基因是HCV基因组中变异大的部位,不同分离株的核苷酸差异可达40%左右[1]。作者对陕西省HCV地方株的全部E1,部分E2/ NSI区进行了序列测定,并与已发表的多个株做同源性比较。 1.材料和方法:HCV血清取自西京医院丙型肝炎患者,血清经5′非编码区通用引物RT-PCR确认HCV RNA阳性,引物参照HC-J6设计[2]。序列分别为:R1(+)GTGGGTAA-GGTCATCGAT(695~712),R2(+)GCCGACCTCATGGGGTAC-(731~748),R3(-)ACCTAGTGCCAACTGCCATTGGT(1 586~1 603),R4(-)GTTGATGTGCCAACTGCC(1 592~1 609)。 用异硫氢酸胍-冷酚法一步提取HCV RNA,反转录成cDNA,用R1/R4,R2/R3进行套式PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳鉴定,产物纯化、回收,与PGEM-T载体连接,克隆并测序。 2.结果:将所分离毒株的核苷酸序列和推导的氨基酸序列分别与已报道的HC-J6,HC-J1,BEBE1,HC-J8,HCV-H,HCV-HB,HCV-T的相应序列进行比较。从表1可见,在核苷酸水平上分离株E区与HC-J6相应序列的同源性为78.2%,与其他几株的同源性相对要低一些,与中国河北株HCV-HB的同源性低;在氨基酸水平上分离株E区与HC-J6相应序列的同源性为75.7%,与其他株的同源性低,与中国河北株HCV-HB的同源性低。 3.讨论:HCV 核酸存在广泛的异质性,其中E区不断发生变异,可能是使病毒在体内持续存在的原因,其变异亦可能与疾病程度、对干扰与治疗的抵抗、引起慢性化及肝细胞癌等有一定相关,赵小宁等[3]已经用RT-PCR法从1例陕西地区丙型肝炎患者血清中扩增并克隆和测定了5′NCR,C区的基因序列,分析同源性为2a型,本次研究用同一份血清,测定了全部E1区,部分E2/NSI区共878 bp的核苷酸序列,将所得序列与已报道的几株HCV序列比较后发现,我们的分离株同HC-J6的同源性大,同属于2a亚型。我国已有完整克隆的河北株、北京株和台湾株,但都属于HCV-1b型,本次对2a型的实验克隆对全面了解HCV基因组的结构及其变异,对HCV的基础及临床研究都具有重要意义。
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广西不同时期IBV分离株S1基因高变区Ⅰ的遗传变异分析
对广西1985~2007年间分离到的22株传染性支气管炎病毒(IBV)的S1基因高变区Ⅰ(HVR Ⅰ)进行序列测定,并与发表的其他IBV参考株及鸽子分离的冠状病毒株的基因序列进行比较和分析.系统进化关系显示毒株可分为5个基因群,其中有16个广西分离株属第Ⅰ群,它们与鸽子冠状病毒分离株的氨基酸序列同源性较高,与Massachusetts(Mass)型疫苗株的同源性较低.有15个分离株在33~34位和34~35之间分别有4个和3个氨基酸残基的插入,GX-NN6在33~34位和34~35位之间则均有4个氨基酸残基的插入;GX-YL1、GX-NN2与常用的Mass型疫苗株的亲缘关系近,同属于第Ⅱ群;GX-G、GX-XD与日本同一时期分离的毒株JP Miyazaki 89亲缘关系近,属于第Ⅲ群;GX-YL6、GX-NN7与欧洲毒株4/91亲缘关系较近,属于第V群.结果表明广西存在着多种类型IBV毒株的流行,毒株S1基因HVR Ⅰ碱基的突变或插入比较普遍,可导致其氨基酸序列的变化,绝大部分毒株与目前常用的Mass型疫苗株的亲缘关系较低.同一时期的分离株同源性较高,但无明显的地域性差异.
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3株不同宿主源弓形虫分离株的小鼠毒力差异分析
目的 分析分离于江苏地域的3株不同宿主源弓形虫YZ-1(ChineseⅠ基因型)、YZ-2(Chinese Ⅰ基因型)和KS(基因型Ⅰ型)株对ICR小鼠的毒力,初步探讨弓形虫鼠毒力与基因型的相互关系. 方法 采用5 μm滤膜及CF-11纤维素柱两步过滤法分离纯化弓形虫YZ-1 、YZ-2、KS、RH株的速殖子,经计数后稀释至一定浓度,分别以104 、103 、102、101、100个速殖子的剂量经腹腔感染ICR小鼠,统计其死亡率与平均存活时间,判定3个分离株的鼠毒力型. 结果 纯化后虫体回收率为37.84%~39.18,3个分离株感染小鼠引起的鼠死亡率与国际标准株RH株一致,均为100%;小鼠感染弓形虫后的存活时间随攻虫剂量的增加而缩短,KS分离株的鼠平均存活时间与YZ-1分离株相一致,与RH株也相近;YZ-2分离株感染小鼠的平均存活时间与KS、YZ-1和RH株差异有统计学意义(P<0.05). 结论 弓形虫YZ-1、YZ-2和KS分离株与RH株的鼠毒力相同,属强毒株型;在ChineseⅠ型弓形虫分离株间,鼠毒力存在差异.
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协同受体与艾滋病发病机理的研究进展
我们着重就协同受体与艾滋病发病机理的研究进展作一介绍。 1 协同受体介导病毒感染细胞 HIV-1感染人体后引起进行性的艾滋病病变,通常经历三个典型的时期,第一为急性感染期,表现为病毒血症;接着是无症状期,此时在淋巴器官中大多可检测出病毒的复制;后是免疫系统破坏,伴随病毒血症的再次出现。并产生继发性感染等而导致病人死亡。引起人体艾滋病的HⅣ-1病毒株有以下几种:①嗜巨噬细胞HIV-1株;②嗜T细胞HIV-1病毒株;③部分原代HIV-1分离株是双嗜性的,既感染嗜巨噬细胞,又感染T细胞[1-3]。
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TT病毒的基因变异分析与基因分型
我们对80例非甲~非庚型肝炎患者、血清ALT升高以及长期维持性血透患者(部分患者有输血史)进行检测,对二十余例 TTV分离株进行测序研究,结果如下: 提取患者血清DNA,巢式PCR扩增TTV。参照Okamoto等报道的N22分离株 TTV基因序列设计套式引物:n 5'-ACA GAC AGA GGA GAA GGC AAC- 3'(1892 ~ 1913),T2 5' - GGA TAC CTA TTAGCT C TC AT- 3'(2187 - 2207), T3 5' -GGC AAC ATG TTA TGG ATA GAC- 3'(1914- 1935) ,T4 5' - CCT C GC ATT TTACCA T TT CCA - 3'(2165 - 2186)。
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柯萨奇B1病毒VP1基因序列分析
柯萨奇病毒B组(CVB)有6个血清型(CVB1~6),是引起人类病毒性心肌炎等疾病的主要病原,近年来其发病呈上升趋势,目前尚缺乏有效防治措施.CVB VP1基因编码其主要中和抗原,本研究拟克隆柯萨奇B1病毒(CVB1)中国分离株的VP1基因并测定其序列,以期为我国CVB1感染的防治提供理论基础.
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SARS病毒的基因特性分析
严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新的冠状病毒感染所致的传染性疾病,现已分离出多株地方株,其中29株完成序列的测定,我们从美国国家生物中心(NCBI)的人类、小鼠和病毒数据库中获取用于比较的序列,SARS病毒:中国大陆分离株AY351680、AY278487-27490、AY279354、AY297028;中国香港株AY278491、AY278554、AY282752;中国台湾株AY291451、AP006557-561、AY348314、AY338174-175、AY321118;新加坡分离株AY283794-798;其他AY291315、AY274119、AY278441、AY323977.动物冠状病毒:AF201929.1、NC-001846、AF208066-208067、NC-003045.1、AF220295.1、NC-001451.1、NC-002306.2、NC-002645.1、AF353511.1、NC-003436.1、AF207551.1、AY078417.1.应用系统进化PHYLIP(Phylogeny Inference Package,version 3.0)及序列比较软件(Bioedit)对各地方株进行系统进化及基因特点分析.
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两株人微小病毒B19结构蛋白部分基因序列的测定及分析
人微小病毒B19(human parvovirus B19, PVB19)是微小病毒科微小病毒属中唯一致人类疾病的病毒,是动物病毒中体积小、结构简单的DNA病毒.近年来,国外对PVB19基因变异进行了大量的研究[1-4],但国内仅有少数学者对部分地区PVB19分离株的核苷酸片段进行了序列测定[5、6],且均与标准株对应序列完全一致.
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中国乙型脑炎病毒株的毒力变异和减毒活疫苗的研究
1949年以来中国学者在自然界分离到数百株乙型脑炎(乙脑)病毒株,并对这些病毒株进行神经毒力的研究,发现毒株间存在明显的毒力差异,特别是神经外毒力,差异的原因与自然界环境如媒介、宿主和气候等有关.乙脑的显性和隐性感染则与病毒株的毒力强弱密切相关.对乙脑病毒的变异进行研究,发现病毒可以通过小鼠脑内或不同的细胞传代而毒力逐步减弱,特别是神经外毒力降低更快,并且可以通过空斑把强弱病毒分离从而挑选到低毒力的弱毒株.通过不同减毒试验,获得多株不同毒力的弱毒株用于人体、猪和马的免疫.特别是其中发现病毒通过实验动物体内的非神经组织传代,能够进一步降低病毒的残余毒力并提高其免疫性,应用该创新性技术成功筛选到1株高度减毒而稳定并保持高免疫性的SA14-14-2株,用该株病毒生产的活疫苗,自1989年取得生产许可证以来已在国内外广泛应用,证实其安全高效达到国际领先水平,并于2013年取得WHO的预认证.
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烧伤患者鲍曼不动杆菌静脉导管分离株耐药机制研究
为建立输液和给药通道烧伤患者经常放置静脉导管,这为细菌入侵机体提供了便利.而鲍曼不动杆菌(Acineto-bacter baumannii,Ab),尤其是多重耐药Ab日益成为医院内感染的重要病原体.我们在研究烧伤患者Ab菌的耐药机制时,发现了一株分离自静脉导管携带9种不同类型耐药基因的Ab菌.
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幽门螺杆菌lpp20基因的克隆及序列分析
幽门螺杆菌(Hp) lpp20基因编码Hp外膜上的一种相对分子质量约为18×103的脂蛋白(Lpp20).有研究表明,Lpp20具有良好的免疫原性和免疫保护性,是一种理想的疫苗候选抗原.本研究对Hp郑州分离株MEL-HP27 lpp20基因进行克隆和测序;通过对7株Hp lpp20基因的核苷酸序列及相应的氨基酸序列进行同源性分析,确定Hp lpp20基因的变异性.
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2000年-2004年杭州地区副溶血弧菌分离株的PFGE和RAPD分型
应用脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electrophoresis,PFGE)及随机放大多态性DNA分析(random amplified polymorphicDNA analysis,RAPD)方法对2000年-2004年在杭州地区分离的03:K6型和O4:K8型致病性副溶血弧菌菌株进行分子分型,探讨近年杭州地区分离的O3:K6型和O4:K8型副溶血弧菌菌株与国际"大流行"O3:K6型菌株间的关系.
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流感嗜血杆菌患儿分离株的耐药性分析
流感嗜血杆菌在儿童中常引起呼吸道感染,也可侵入血液继发脑膜炎等多种感染性疾病.70年代中、后期,流感嗜血杆菌对氨苄西林的耐药率逐渐上升,如今耐氨苄西林流感嗜血杆菌已遍及全球,但不同地区的耐药率存在较大差异.为了解本地区流感嗜血杆菌的抗生素耐药情况,对我院细菌室鉴定的139株流感嗜血杆菌临床株进行体外抗生素敏感性分析.