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  • 一起诺沃克病毒引起的急性胃肠炎爆发的分子流行病学研究

    作者:杨洪;何雅青;李庆;张海龙;赵锦;阳帆

    目的 查明2005年深圳市一起急性胃肠炎的病原体,为制定控制疾病流行策略及指导临床合理用药提供依据.方法 收集该次腹泻患者及相关人员的粪便标本15份,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和实时荧光PCR方法检测诺沃克病毒核糖核酸(RNA).结果 15份标本中,RT-PCR及实时荧光PCR方法均检测出10例诺沃克病毒阳性,阳性率为56.7%;2种方法的符合率为100%.同时对其中的10份RT-PCR阳性标本进行脱氧核糖核酸(DNA)序列测定,并进行同源性分析和进化分析.结论 该次群体性胃肠炎是由诺沃克病毒G2型感染引起;10份阳性标本中9株的核苷酸同源性为100%,另外1株与其他9株的同源性为99.8%;本次流行的毒株(05-53-61及05-63)与日本东京的SaitamaU201及SaitamaU18亲缘关系较近,核苷酸同源性分别为96%及95%,而与1997年深圳本地株97-11及97-30亲缘关系则较远,核苷酸同源性分别为76.4%及76.7%.

  • 江西省赣州市两株冠状病毒的全基因组遗传特征分析

    作者:管晓庆;廖勇;李建华;王文;陈志海

    目的 分析江西省赣州市2株亚洲鼩鼱携带冠状病毒的全基因组遗传特征.方法 用反转录-聚合酶链式反应及RACE方法从亚洲鼩鼱粪便中扩增其全基因组;利用MegAlign软件进行序列同源性分析;利用phyML软件构建系统发育树.结果 全基因组的同源性分析表明毒株GZ01、GZ02与已知的亚洲鼩鼩携带冠状病毒的序列具有很高的同源性(88.6% ~92.1%).系统发育分析表明毒株GZ01、GZ02与上述序列有近的亲缘关系.结论 赣州市亚洲鼩鼱携带α属冠状病毒,与已知的毒株为同一种冠状病毒,系统发育分析发现亚洲鼩鼱在冠状病毒的起源与进化过程中起着重要作用.

  • 云南新分离四株流行性乙型脑炎病毒全基因组序列特征研究

    作者:孙玉杰;冯云;章域震;杨卫红;张海林

    目的 对云南省2009年和2010年分离的4株流行性乙型脑炎(乙脑)病毒进行全基因组序列测定和分析,阐明近期乙脑病毒流行株的分子生物学特征及基因型.方法 通过反转录-聚合酶链反应和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用Clustal X、DNAstar和Mega等生物学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列分析及系统进化分析.结果 2009年和2010年在云南省中部和西部地区三带喙库蚊(Culex tritaeriorhynchus)中分离到4株乙脑病毒,其中YN09M57株基因组全长10 967 bp,DH10M865、DH10M978和DHL10M62株基因组全长均为10 965 bp,均编码3432个氨基酸.这4株病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为98.3% ~99.9%和99.5% ~99.9%,与来自GenBank的7株基因Ⅰ型乙脑病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为98.3% ~99.9%和99.7% ~99.9%;与基因Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ型参考株核苷酸和氨基酸同源性分别在78.7%~89.7%和91.4% ~ 98.4%;与乙脑减毒活疫苗SA14-14-2株在E蛋白编码区有15个氨基酸位点差异,均位于抗原关键位点之外.基于E基因、全基因组系统进化分析显示云南4株乙脑病毒均为基因Ⅰ型,并形成2个进化分支,分别与相邻省份和东南亚流行株进化关系较近.结论 云南新分离4株乙脑病毒属基因Ⅰ型,虽然它们之间及其与该型参考株核苷酸和氨基酸位点存在某些差异,但决定病毒毒力和抗原性的关键位点未见明显变化.本研究提示这些乙脑病毒流行株具有稳定的遗传特性和地域特征.

  • 浙江省富阳区临床分离甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌的流行现状及耐药性分析

    作者:严平;陆元胜;李珺;赵锋;阮陟;张钧

    目的 分析浙江省富阳区临床分离的甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)的检出率、基因分型及药敏特征等流行现状.方法 收集2013年11月至2014年10月两家医院临床标本中分离的金黄色葡萄球菌,对其中经头孢西丁纸片表型筛选确认的44株MRSA进行应用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、spa、SCCmec基因分型,筛查vl基因,应用脉冲场凝胶电泳的分型图谱进行菌株间的同源性分析.同时应用16种抗菌药物进行药敏实验.结果 44株MRSA,占金黄色葡萄球菌的16.4% (44/268).两家医院流行的主要克隆不同,富阳中医骨伤医院以ST59-t437-SCCmecⅣ型为主,菌株间同源程度低;人民医院以ST5-t311-SCCmecⅡ型为主,部分菌株间同源程度高.检出3株pvl阳性菌株,占6.8%.药敏结果表示MRSA对β内酰胺类普遍耐药,红霉素、克林霉素的耐药率高(>85.0%),未发现万古霉素、利奈唑胺、替加环素的耐药株.结论 富阳地区MRSA的检出率相对较低,流行以ST5-t311-SCCmecⅡ型为主,两家医院MRSA流行的主要克隆有较大差异.MRSA的耐药情况不容乐观,多重耐药现象严重,不同基因型别的菌株其药敏结果有差异.

  • 采用高级微生物基因分型系统对食品中单核细胞增生李斯特菌进行同源性分析

    作者:曾静;周雪婷;张锡全;张琳;张西萌;魏海燕;周熙城;马丹;倪元颖

    目的 采用高级微生物基因分型系统(DiversiLab系统)对食品中单核细胞增生李斯特菌进行基因型分析,将分型结果与血清型和菌株的耐药性进行比对研究.方法 DiversiLab系统是基于rep-PCR原理对微生物进行分型,将分型结果与菌株的血清型进行比较研究,同时对菌株的耐药性与rep-PCR型别进行研究.结果 采用DiversiLab系统将46株单核细胞增生李斯特菌分为9个型别A~I.血清型为1/2a的分离株以A型为主,所测试的6株血清型为4b的分离株均为H型;14株呋喃妥因耐受菌株9株为A型、1株为B型、3株为C型、1株为F型,除2株血清型为3a外,其余均为1/2a.结论 DiversiLab系统分析结果,揭示了46株从食品中分离的单增细胞增生李斯特菌间的亲缘关系,rep-PCR分型结果与H抗原结合位点存在一定联系,呋喃妥因耐受菌株的DNA指纹图谱相似度高,与耐药基因有关.

  • 某院金黄色葡萄球菌感染PFGE溯源分析

    作者:张春玲;陈慧红;苏谦;沈伟伟;郭婷婷

    目的 利用脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)技术对某院新生儿室发生的1例金黄色葡萄球菌院内感染进行调查和溯源分析.方法 对某院新生儿室环境和新生儿室患者样本进行采样和细菌培养.对金黄色葡萄球菌采用PFGE检测技术进行分子分型.结果 医生工作站电脑键盘分离出1例金黄色葡萄球菌,新生儿病房环境监测未发现金黄色葡萄球菌.PFGE分析显示,未分离出与院内感染株同源的菌株.结论 应用PFGE技术对新生儿病区的院内感染株进行监测,新生儿病区并未发生金黄色葡萄球菌院内感染株的暴发流行.

  • 19株甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌的同源性分析

    作者:苏关关;俞云松;林洁;俞美红;马亦林

    随着β-内酰胺类抗生素广泛的应用,甲氧西林耐药的金黄色葡萄球菌(MRSA)在临床分离的葡萄球菌中比例不断增加,为了控制MRSA感染,我们对2002年1-10月临床分离的MRSA菌株,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术作同源性分析.

  • 类鼻疽伯克霍尔德菌跨洲际流行株的同源性分析及历史溯源

    作者:郑霄;王鲁茜;吴华;陈海;朱雄;贺金荣;夏连续;李伟

    目的 比较不同年代分离自澳大利亚、中国海南地区7株ST562型类鼻疽伯克霍尔德菌(类鼻疽伯克菌)的同源性,并分析其传播来源.方法 利用生物信息学方法提取ST562型类鼻疽伯克菌澳大利亚临床株MSHR5858、中国海南历史菌株350105基因组中Spe Ⅰ限制性酶切片段指纹谱、多位点可变数目串联重复序列多态性指纹(MLVA-4)等遗传特征,并与近年分离的5株海南ST562型临床株的脉冲场凝胶电泳(PFGE,Spe Ⅰ酶切)、MLVA-4分子分型结果相比较.同时分析MSHR5858与350105在基因组水平的共线性及同源性.结果 5株海南ST562型临床株的PFGE带型相同(相似度>97%)且与澳大利亚临床株MSHR5858的Spe Ⅰ限制性带型一致;澳洲临床株(MSHR5858)与海南历史菌株(350105)基因组中Spe Ⅰ限制片段数分别为31和34,其中31个片段的长度一致.5株海南ST562临床株的MLVA-4型别各不相同,但HPPH43(MLVA-4指纹谱:10,8,10,8)与MSHR5858(10,8,8,6)在2341 k、1788 k两个位点重复数相同;HK003(11,8,15,7)、HK061(11,8,17,7)与历史菌株350105(11,8,11,8)在此二位点重复数也相同.此外,350105与MSHR5858在基因组水平具有良好共线性,共有基因占绝大部分,提示来源一致.结论 分离的7株ST562型类鼻疽伯克菌(包括中国海南临床分离株、历史菌株及澳大利亚临床分离株)遗传特征一致,且ST562型近年流行株与历史菌株350105可能具有同源关系.

  • 山东省某地屠宰场猪肝内戊型肝炎病毒感染状况研究

    作者:王娜;陆一涵;郑英杰;姜庆五

    目的 研究商品猪肝脏内戊型肝炎(戊肝)病毒(HEV)的检出状况及其基因分型.方法 采集35份山东省某个人屠宰场和某城镇大型屠宰场内的猪肝,处理后采用逆转录-巢式聚合酶链反应(nested RT-PCR)方法检测HEV RNA.并与GenBank中登录的HEV全长序列进行同源性分析.结果 35份猪肝标本中共有3份检出HEV RNA,阳性率为8.57%.同源性分析显示这3株病毒均为Ⅳ型HEV.结论 即将上市的商品猪肝脏内存在HEV感染,其基因型与中国大陆HEV流行株相同,均为基因Ⅳ型.

  • 一起无防护禽肉加工引起人感染H7N9禽流感病毒的流行病学调查

    作者:马钰;张周斌;曹蓝;陆剑云;李魁彪;苏文哲;李铁钢;杨智聪;王鸣

    目的 分析1例人感染高致病性H7N9禽流感病例的感染模式及病原变异情况,为禽流感防控提供依据.方法 采用流行病学方法调查病例可疑暴露史及感染途径,追踪调查病例病情进展;使用核酸检测、病毒分离、基因测序及进化分析等技术对采集的相关标本展开病原学分析.结果 病例无活禽接触史,发病前一周在狭小通风不畅厨房内不带手套加工烹饪光鸡;病例下呼吸道提取物、病家剩余冷冻光鸡表面涂抹标本、活禽来源市场环境标本均检出高度同源的H7N9禽流感病毒,且均在HA基因的裂解位点出现多个碱性氨基酸(PEVPKRKRTAR/GL)插入的突变.结论 无防护禽肉操作是“禽-人”传播模式下的重要感染方式之一,现行的活禽限售区防控措施效果有限,应尽快推进规模化标准养殖,实现活禽全城限售、集中屠宰、冰鲜上市.

  • 深圳市鼠类感染汉坦病毒的分子特征

    作者:刘建军;阳帆;何建凡;张小岚;梁焯南;张顺祥;张海龙;杨洪

    目的 了解深圳市宿主动物携带汉坦病毒状况、病毒型别及分子特征.方法 笼日法捕鼠,计算鼠密度,确定鼠种构成.共捕获宿主动物472只,褐家鼠为优势鼠种,占87.29%.免疫荧光抗原阳性鼠肺标本中提取病毒RNA,应用汉坦病毒型特异性引物进行逆转录.套式PCR扩增M片段基因和核苷酸序列测定,对汉坦病毒进行基因分型和同源性分析.结果 21只来自我市不同区褐家鼠的鼠肺标本中均发现携带汉城型病毒,汉坦病毒M片段核苷酸同源性高达95.4%以上,属于同一亚型.系统进化树显示它们可以分为6个小进化分支,与SZ2083进化关系相对近.但发现来源于地理位置较近的病毒株并没有显示出较高的基因组核苷酸序列的同源性,反而相隔较远的病毒株呈现出一致性.结论 深圳市汉坦病毒的主要宿主动物是褐家鼠,携带的汉城型汉坦病毒之间的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较高,但也存在一定的差异.这种差异形成的原因有待进一步研究.

  • 三门峡市手足口病病原分离检测及肠道病毒71型VP1基因分析

    作者:武恕星;武景福;杨洁;卫海燕;许玉玲;黄学勇

    了解三门峡市2011年手足口病例及健康儿童肠道病毒型别及生物学特征.本研究采集55份手足口病临床病例及60份健康儿童粪便接种敏感细胞进行肠道病毒分离,提取RNA,用荧光RT-PCR检测肠道病毒通用型(Pan-enterovirus,PE)、肠道病毒71型(Human enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A16型(Coxsackie virus A16,CA16).EV71、CA16分别用各自的VP1引物全序测定鉴定,对其它肠道病毒使用引物对012/011、008/013进行扩增测序,并与已知序列对比分型鉴定,并且对EV71病毒VP1基因特征进行了分析.临床病例肠道病毒检出率为52.73%(29/55)、健康儿童肠道病毒检出率为18.33%(11/60);临床病例检出22株EV71、4株CA16和3株其它肠道病毒,健康儿童检出肠道病毒11株,其中柯萨奇B组病毒占81.82%(9/11).对19株EV71病毒VP1基因分析证实,三门峡市2011年流行株为C4a亚群,其进化聚类以灵宝市、卢氏县聚类为明显.引起手足口病主要为EV71和CA16,健康儿童中存在大量的柯萨奇B组病毒,隐性感染广泛存在,2011年本地EV71病毒流行株为C4a亚群,有明显地域聚集特点.

  • 阿卡斑病毒云南分离株全基因组序列特征研究

    作者:冯云;章域震;杨卫红;张海林

    为阐明分离自云南省的蚊媒阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV) DHL10M110株(简称云南株)的分子生物学特征,采用RT-PCR和核苷酸序列测定方法,对云南株进行全基因组序列测定和分析.结果获得了云南株全基因组核苷酸序列,该病毒株的L、M和S基因核苷酸序列全长分别为6 869bp、4 309bp和856bp,其中开放读码框(Open reading frame,ORF)核苷酸序列依次为6 756bp、4 206bp和702bp,并分别编码2252、1402和234个氨基酸.这三个基因片段ORF的系统进化分析表明,云南株L基因与AKV标准株OBE-1(日本)和AKVS-7/SKR/2010株(韩国)处于同一进化分支;在M和S基因进化树中,云南株与日本、韩国和台湾地区的AKV流行株亲缘关系较近,但云南株单独处于一个小的进化分支.同源性分析表明,云南株L、M和S片段ORF与OBE-1株的核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.6%(98%)、88.5%(94%)和96.4%(99.1%).云南株与OBE-1株的L、M和S片段分别有45、84和2个氨基酸位点的差异.此外,无论L、M和S基因核苷酸序列的同源性或系统进化分析均表明,云南株与肯尼亚和澳大利亚AKV分离株进化关系较远,同源性较低.本研究进一步通过病毒全基因组序列分析证实DHL10M110病毒株为AKV,属亚洲进化群,但与日本和韩国株相比仍有一定差异,云南株地域特征明显.这是首次在中国大陆地区测定到该病毒的全基因组序列.

  • SPF鸡胚中内源性白血病病毒全基因序列鉴定与分析

    作者:孔义波;张兴晓;姜世金;赵钦;孙亚妮

    摘要:以国内某3家SPF鸡场的SPF鸡胚成纤维细胞提取的基因组DNA为模板,参照已发表的序列,设计合成了4对检测内源性白血病病毒引物,分别检测gag基因、pol基因、env基因和LTR片段,结果显示4者检出阳性率很高(gag,29/46;pol,27/46;env,24/46;LTR,31/46).设计合成了8对引物,选取4片段检测均为阳性的样品之一,经PCR成功扩增出了8段连续的、相互部分重叠的目的DNA片段,分别连接入T载体进行克隆测序.用DNAstar软件对测序结果进行拼接,从一个鸡胚得到了内源性白血病病毒前病毒全基因组序列.比较分析发现,该序列env基因与已知的E亚群内源性病毒代表株env基因的核苷酸序列同源性在98.5%以上,全基因组序列同源性在99.1%以上,而与其他亚群代表株同源性相对较低,env基因同源性仅为56.3%~91.5%.

  • 柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析

    作者:李琳琳;何雅晴;朱俊萍;薛颖;朱雅芳;徐星晔;金奇

    对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox.A16)病毒SHZH00-1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox.A16 SHZH00-1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7 410bp,其中5'端非编码区(5'UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6 582个核苷酸,编码一个含2 193个氨基酸残基的多聚蛋白,3'端非编码区长为83bp.Cox.A16 SHZH00-1基因组的结构与Cox.A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AF177911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97.5%,氨基酸同源性为98.8%;而与Cox.A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79.1%,氨基酸同源性为94.5%.Cox.A16SHZH00-1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80%.

  • 云南蚊虫中阿卡斑病毒的分离和鉴定

    作者:冯云;何彪;付士红;杨卫红;章域震;涂长春;梁国栋;张海林

    为掌握云南省德宏州芒市和瑞丽市蚊媒病毒分布状况,2010年8月用诱蚊灯采集蚊虫17种2 149只,用金黄地鼠肾细胞(Baby hamster kidney cell,BHK-21)培养法分离病毒,阳性分离物用阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV)S和M片段特异性引物的RT-PCR法鉴定.从采集蚊虫中分离到能引起BHK-21细胞病变和致乳小白鼠发病死亡的2株病毒,其中DHL10M110株分离自瑞丽市迷糊按蚊(Anopheles vagas),DHL10M117株分离自芒市三带喙库蚊(Culex tritaeniorh ynchus).RT-PCR扩增获得S片段的702bp序列和M片段的456bp序列,系统进化树分析表明DHL10M110和DHL10M117株与肯尼亚和澳大利亚AKV分离株进化关系较远;与日本、韩国和中国台湾的AKV分离株亲缘关系较近,但云南株形成一个独立的小分支.2株新分离病毒的S片段与中国台湾CY-77株的核苷酸(96.6%和96.7%)和氨基酸(99.6%和100%)同源性高;M片段与日本Iriki株的核苷酸同源性高(93.2%和93.6%),与中国台湾CY-77株氨基酸同源性高(99.6%和100%);与肯尼亚MP496株核苷酸(69.7%和70.0%)和氨基酸(91.0%)同源性低.本研究证实云南省德宏州存在AKV的流行,与亚洲流行株具有较近的亲缘关系.三带喙库蚊和迷糊按蚊可传播该病毒.

  • 我国分离的肠道病毒71型(SHZH03病毒株)全基因组核苷酸序列分析

    作者:周世力;李琳琳;何雅青;杨洪;喻子牛;金奇

    对肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)中国(深圳)分离株SHZH03进行了全基因组(未包括多聚腺苷尾)7406个碱基的核苷酸序列测定.结果表明,SHZH03株与其它肠道病毒71型毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,其5′UTR和3′UTR区的长度和序列有一定的差异.核苷酸同源性比较结果表明,在P1区SHZH03株与SHZH98株、中国台湾流行株(TW2086、TW2272)的同源性较高(分别为92.5%,90.1%和87.9%),与新加坡流行株SIN5666、SIN5865及标准株MS、BrCr的同源性则在81%左右,而与Coxsackievirus A16(Cox.A16)的同源性低(63.6%).氨基酸同源性比较结果表明,在P1区SHZH03株与Cox. A16的同源性低,但在P2和P3区SHZH03株与Cox.A16的同源性高.P1区的遗传进化分析表明,SHZH03株和中国台湾1998年流行的EV71毒株的亲缘关系较近,属于同一型(genogroup),而与标准株BrCr和MS的亲缘关系较远.上述结果有助于肠道病毒71型的基础研究和中国对于EV71所致疾病的预防.

  • 首次从我国蚊虫中分离到类似广平病毒

    作者:冯云;李鸿斌;朱进;章域震;杨卫红;范建华;梁国栋;张海林

    为掌握云南省西双版纳州勐海县蚊媒病毒分布状况,用诱蚊灯采集蚊虫标本,用细胞培养法分离病毒,对阳性分离物进行分子生物学鉴定.2012年7月,在勐海县打洛镇采集蚊虫32批共1 468只,其中三带喙库蚊(Culextritaeniorh ynchus)28批1 383只,致倦库蚊(Culex quinque ascitatus)2批66只,按蚊(Anopheles)2批19只.用金黄地鼠肾细胞(Golden hamster kidney cell,简称BHK-21)和白纹伊蚊细胞(Aedes albopictus cell,简称C6/36)进行病毒分离,结果有2批三带喙库蚊标本(BNDL1205和BNDL1227)能引起C6/36细胞产生聚合病变,而不能引起BHK-21细胞病变.用黄病毒属特异性引物对这2株阳性分离物进行RT-PCR,扩增得到800bp左右的条带并进行核苷酸序列测定.对核苷酸序列的系统进化分析表明,这2株病毒与分离自越南的广平病毒(Quang Binh virus,QBV) VN 180株亲缘性近,处在同一进化分支;与VN180株的核苷酸同源性分别为83.4%和82.9%,而与既往国内外分离的18株蚊虫黄病毒的核苷酸差异较大.结果表明BNDL1205和BNDL1227病毒为类似QBV,此为国内首次报道.

  • 云南省登革3型病毒全基因组序列特征研究

    作者:胡挺松;张海林;刘永华;范建华;邓波;尹小雄;李鸿斌;李萍;朱进;杨召兰;张富强;范泉水

    为阐明云南省2013年和2016年登革3型病毒(DENV-3)流行株的全基因组分子进化特征及流行病学特点.采用C6/36细胞培养法从登革热患者血清中分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-3的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和氨基酸同源性及系统进化分析.结果从云南省本地登革热患者血清中分离到10株DENV-3,其中西双版纳州2013年5株(简称版纳分离株),德宏州瑞丽市2016年5株(简称瑞丽分离株).经RT-PCR和序列测定,获得这10株DENV-3的全基因组序列(10 707 nt),其开放读码框(95~10 265)编码3 389个氨基酸.基于全基因组或各种结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化分析表明,版纳分离株均为基因Ⅱ型(genotype-Ⅱ),瑞丽分离株均为基因Ⅰ型(genotype-Ⅰ),并各自高度聚集为同一进化群并与东南亚流行株具有较近亲缘关系.版纳分离株间和瑞丽分离株间的全基因组核苷酸(氨基酸)同源性分别为99.75%~99.91%(99.40%~99.91%)和99.21%~99.68%(98.78%~99.57%),并与DENV-3原型株(H87)的核苷酸(氨基酸)同源性分别为94.21%~94.34%(97.88%~98.14%)和93.81%~93.98% (97.12%~97.67%).与H87株比较,本次云南分离株结构蛋白和非结构蛋白分别存在26和63个氨基酸位点的改变.本研究证实,云南省西双版纳州2013年流行的DENV-3为基因Ⅱ型,瑞丽市2016年流行的DENV 3为基因Ⅰ型,它们的传播来源分别为老挝和缅甸北部边境地区.本次云南DENV-3分离株与H87株间存在明显差异,但决定病毒抗原性和毒力的关键位点未见明显变化.

  • 云南省新分离蚊浓核病毒的分子特征研究

    作者:冯云;付士红;张海林;李铭华;周涛;王丕玉;邓淑珍;李金梅;王静林;王环宇;梁国栋

    对云南省新分离的14株浓核病毒进行基因序列测定和分析,以了解浓核病毒基因组结构及特性.用浓核病毒基因组扩增引物(DNV3F,DNV3R),RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得基因序列.通过Clustal X(1.8)、DNAStar、GeneDoc (3.2) 等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果表明,2007年7~8月,在云南省西部中缅边境地区采获蚊虫4属29种54 673只,分离到14株浓核病毒,其中来自三带喙库蚊Culex tritaeniorhynchus 10株,中华按蚊Anopheles sinensis、伪杂鳞库蚊Culex pseudovishnui、环带库蚊Culex annulus和致倦库蚊Culex pipiens quinquefasciatus各1株.新分离株与我国其他省市的分离株核苷酸同源性很高,在99.9%~100%之间;氨基酸同源性在99.7%~100%之间.基于NS1和NS2基因进行进化分析显示,云南新分离的14株浓核病毒与以往中国分离株进化关系接近.

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