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云南省登革3型病毒全基因组序列特征研究
为阐明云南省2013年和2016年登革3型病毒(DENV-3)流行株的全基因组分子进化特征及流行病学特点.采用C6/36细胞培养法从登革热患者血清中分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-3的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和氨基酸同源性及系统进化分析.结果从云南省本地登革热患者血清中分离到10株DENV-3,其中西双版纳州2013年5株(简称版纳分离株),德宏州瑞丽市2016年5株(简称瑞丽分离株).经RT-PCR和序列测定,获得这10株DENV-3的全基因组序列(10 707 nt),其开放读码框(95～10 265)编码3 389个氨基酸.基于全基因组或各种结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化分析表明,版纳分离株均为基因Ⅱ型(genotype-Ⅱ),瑞丽分离株均为基因Ⅰ型(genotype-Ⅰ),并各自高度聚集为同一进化群并与东南亚流行株具有较近亲缘关系.版纳分离株间和瑞丽分离株间的全基因组核苷酸(氨基酸)同源性分别为99.75％～99.91％(99.40％～99.91％)和99.21％～99.68％(98.78％～99.57％),并与DENV-3原型株(H87)的核苷酸(氨基酸)同源性分别为94.21％～94.34％(97.88％～98.14％)和93.81％～93.98％ (97.12％～97.67％).与H87株比较,本次云南分离株结构蛋白和非结构蛋白分别存在26和63个氨基酸位点的改变.本研究证实,云南省西双版纳州2013年流行的DENV-3为基因Ⅱ型,瑞丽市2016年流行的DENV 3为基因Ⅰ型,它们的传播来源分别为老挝和缅甸北部边境地区.本次云南DENV-3分离株与H87株间存在明显差异,但决定病毒抗原性和毒力的关键位点未见明显变化.
关键词： 登革3型病毒(DENV-3) 全基因组 系统进化分析 同源性分析 氨基酸位点分析
