上海3所妇产科医院白念珠菌基因同源性分析

目的 了解上海地区白念珠菌主要基因型,为监测和诊治临床白念珠菌感染提供实验依据.方法 收集2013年11月-2014年1月复旦大学附属妇产科医院、国际和平妇幼保健院和上海市第一妇婴保健院3所医院阴道炎患者阴道分泌物分离的白念珠菌共115株,随机扩增多态性DNA检测其基因型,ATB FUNGUS 3试剂盒检测5种抗真菌药物低抑菌浓度.结果 随机扩增多态性DNA结果显示,115株菌分为A、B、C3型,其中A型89株(占77.4％)又分5个亚型,B型22株(占19.1％)分为2个亚型.C型4株(占3.5％).115株白念珠菌对5-氟胞嘧啶敏感率为96.5％;对两性霉素B敏感率为100％;对氟康唑敏感率为85.2％;对伊曲康唑敏感率为55.7％;对伏立康唑敏感率为84.3％.结论 上海地区3所医院分离的白念珠菌基因型没有明显区别,同源性分型主要以A型为主.药敏试验显示,该地区白念珠菌对5-氟胞嘧啶、两性霉素B、氟康唑、伏立康唑敏感率较高.

间日疟原虫安徽地域株乳酸脱氢酶基因序列同源性分析

采集安徽省蚌埠市区、五河县、怀远县、蒙城县和利辛县2009-2010年的39例间日疟患者血样,分别提取DNA,PCR扩增间日疟原虫乳酸脱氢酶(PvLDH)基因,并克隆测序,以及Blast序列分析.结果显示,克隆的PvLDH基因片段为951 bp.序列分析发现,采自安徽地区的39例间日疟患者血样的PvLDH基因序列之间无差异(登录号为GU078391),与GenBank中其他地域株的PvLDH基因序列同源性均＞99％,氨基酸序列仅分别与EJEU60134株和MIA061251株存在1个氨基酸的差异.

2例输入性卵形疟的实验室检测

目的 比较输入性卵形疟实验室检测方法,分析他们的基因特征.方法 分别用吉氏染色镜检、CareStartTM疟疾快速诊断试剂盒和巢式PCR等3种方法.对2例河南省自刚果(布)务工归来的输入性卵形疟病例进行检测,并比较检测结果.对2例外周血中疟原虫的18S rRNA基因进行测序、基因特征和同源性分析.结果 2例患者均通过吉氏染色镜检观察到典型的卵形疟原虫形态,巢氏PCR均扩增出与卵形疟预期一致的特异性条带,但CareStartTM疟疾快速诊断试剂盒检测结果均为阴性.对2例外周血中疟原虫的18S rRNA基因测序,获得一条长度均为906 bp的序列,GC含量为35.4％,与已知卵形疟18S rRNA的基因序列(GenBank登录号为AB182492)同源性为99％.结论 巢式PCR检测与吉氏染色镜检结果一致,CareStartTM疟疾快速诊断试剂盒检测阴性则不能排除卵形疟原虫感染.

猪囊尾蚴一种蛋白抗原基因的分子克隆

目的从猪囊尾蚴cDNA文库中筛选出编码某种蛋白抗原的基因.方法提取猪囊尾蚴mRNA,经反转录合成cDNA,构建cDNA文库.以兔抗猪囊尾蚴多克隆抗体筛选cDNA文库,得到阳性克隆后,将其亚克隆到pBluescript SK质粒中,以载体臂上的通用引物采用双脱氧末端终止法测定插入片段的核苷酸序列,GENETYX软件分析核苷酸序列编码的氨基酸序列,在GenBank中进行核苷酸序列同源性检索.结果与结论经过3次筛选,从cDNA文库中筛选出一个长度为1 320bp的基因片段.此克隆的开放阅读框为1 260 bp,编码420个氨基酸,含有两个糖基结合位点.与GenBank中的基因进行同源性分析,其部分核苷酸序列与秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)红细胞膜内蛋白和恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)红细胞表面抗原高度同源.

应用核糖体及其内转录间隔区基因同源性分析鉴定致病性真菌

近年来随着广谱抗生素、免疫抑制剂的广泛应用,以及肿瘤、器官移植等免疫低下人群的不断增多,念珠菌、隐球菌等深部真菌感染的发生率呈现明显上升趋势.一些新的致病性真菌或真菌的新特性也在不断地被认识,而对致病性真菌的鉴定则是其认识的基础与关键[1].我们应用真菌核糖体保守区及其内转录第2间隔区基因(ITS2)序列同源性分析,为致病性真菌的分子鉴定提供一个客观依据.

一起副溶血性弧菌食物中毒的病原学检测与分析

目的 调查一起家庭婚宴中发生的食物中毒事件,运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对所分离的菌株进行同源性分析,为溯源提供依据.方法 调查分析该起事件的流行病学特点,采集患者和食品从业人员肛拭样本及剩余食品和环节样本,采用传统细菌检测的方法进行常规鉴定和血清分型后,对所分离菌株进行PFGE分子分型,用BioNumerics软件对PFGE分型图谱进行聚类分析.结果 本次事件报告确诊发病人数为28例,共检出12株副溶血性弧菌,其中从患者肛拭样本中分离出10株,剩余食品样本中检出2株,血清型均为O4∶K8,菌株经PFGE分子分型和聚类分析得到3种带型,3型之间只有2～4条电泳条带的差异,具有高度相似性.结论 此起食物中毒事件由PFGE型别副溶血性弧菌污染食物引起.

2012-2015年江苏省食源性肠炎沙门菌同源性分析

目的 了解江苏省食源性肠炎沙门菌的流行病学特征与PFGE分子分型.方法 对2012-2015年来源于江苏省食品污染调查、食源性疾病监测及食源性疾病暴发事件中的肠炎沙门菌,开展PFGE分子分型并进行聚类分析.结果 检测非伤寒沙门菌741株,其中肠炎沙门菌108株(14.6％),主要来源于食品与食源性疾病病例;2012年与2014年分离菌株多,分别占总数的48.1％和26.9％;具有明显的季节性,主要为夏季(7-8月)、秋季(11-12月)两个高峰;108株肠炎沙门菌共有60个Xba Ⅰ PFGE带型模式,14个克隆系及4个基因簇,P37为主要的Xba Ⅰ PFGE带型模式(n=18),M基因簇为主要的独立基因簇(n=73,67.6％).结论 江苏省肠炎沙门菌的流行具有明显的季节性,在食品、病人均有分布;PFGE带型较多,但具有一个主要的基因簇,存在由单一带型的肠炎沙门菌引起暴发的风险.

冷冻食品中金黄色葡萄球菌分型及同源性分析

目的 目的对某品牌不同食品中检出的金黄色葡萄球菌分离株进行鉴定及同源性分析,对该冷冻食品生产厂进行食品安全风险评估.方法 采用PCR法扩增分离株耐热核酸酶(Nuc)基因片段对菌株进行鉴定;采用重复序列-聚合酶链反应(rep-PCR)对9株分离株进行扩增、电泳,并以SPSS 19.0对其指纹图谱进行聚类分析,构建树状图.结果 9株金黄色葡萄球菌分离株经rep-PCR扩增后呈3种带型,条带数为6～9条,扩增产物大小200～1 500 bp;用SPSS软件进行聚类分析,可分为3种类型,其中rep-Ⅰ型7株(rep-I1型6株,rep-Ⅰ2型1株)、rep-Ⅱ型、rep-Ⅲ型各1株.结论 某品牌不同食品中均有金黄色葡萄球菌检出,其中rep-Ⅰ型为主要克隆菌株.生产厂家生产过程中有交叉污染现象,存在一定的食品安全风险.

南疆地区结核分枝杆菌复合群耐药性及同源性分析

目的 了解新疆南疆地区的结核分枝杆菌复合群耐药情况及各菌株间的同源性.方法 用改良罗氏培养基培养分离菌株及初步鉴定菌种;用比例法对分离菌株进行药物敏感实验;随机抽取50株耐药结核分枝杆菌复合群菌株,用DiversiLab系统进行分型及同源性分析.结果 共分离出371株分枝杆菌,结核分枝杆菌314株,牛型结核分枝杆菌55株,非结核分枝杆菌2株.371株中119株(32.1％)有耐药性.根据DiversiLab系统同源性的判断,以相似性95％为分割点,50株耐药结核分枝杆菌复合群分成27个群.其中,初治患者耐药菌同源率为41.2％ (7/17),复治患者耐药菌同源率为18.8％(3/16);喀什市的耐药菌同源率为33.3％ (5/15),莎车县的耐药菌同源率为41.2％ (7/17).结论 南疆地区结核分枝杆菌获得性耐药仍处于较高水平,不同患者群分离的耐药菌均有一定的同源性.

浙江地区2012年麻疹病毒流行株基因特征研究

目的 探讨浙江地区2012年3～9月麻疹病毒(MV)的基因特征.方法 用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测麻疹患者的咽拭子标本,对部分PCR扩增阳性的片段进行基因测序并绘制系统进化树进行同源性分析.结果 88例麻疹患者咽拭子标本中经RT-PCR检测阳性76例,阴性12例；随机选择13例阳性标本进行基因测序,结果显示均为H1a亚型；系统进化树分析结果表明,13株均为H1a基因亚型,与该型参考株AF045205、AF045206核苷酸同源性为98.0％～ 99.0％.结论 H1a 基因型是浙江地区2012年MV流行的优势亚型,无输入性的其他亚型出现.

4种不同方法用于院内感染肺炎克雷伯菌菌株同源性分析的价值比较

目的 比较不同同源性方法 对暴发感染的菌株进行同源性分析的价值.方法 用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应(ERIC-PCR)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对福建省立医院儿科ICU 1个月内7名新生儿患者检出的15株肺炎克雷伯菌进行同源性分析,并用多位点序列分析(MLST)进行菌株ST分型.结果 15株肺炎克雷伯菌经ERIC-PCR分为a类(7株)、b类(7株)和c类(1株);PFGE分为A类(7株)、B类(1株)和C类(7株);MALDI-TOF MS分为Ⅰ类(7株)、Ⅱ类(7株)和Ⅲ类(1株);MLST将菌株分为3个ST型:ST37(7株)、新型ST3006(7株)(gapA 69,infB 19,mdh 90,pgi 20,phoE 125,rpoB 18,新型tonB 406)和ST1224(1株).结论 MALDI-TOF MS可用于院内感染肺炎克雷伯菌菌株的同源性分析,与ERIC-PCR、PFGE和MLST方法一致性较好,并具有便捷、快速等特点.

儿童血流感染苍白杆菌的鉴定和同源性分析

目的 对儿童血液样本中分离的苍白杆菌进行菌种鉴定和同源性分析.方法 收集经Vitek 2 Compact仪器鉴定的人苍白杆菌26株,用API微生物鉴定药敏分析系统及配套20非肠杆菌科细菌鉴定试条(20NE)进行再鉴定,并用手工试验进行生化表型鉴定;PCR扩增16S rRNA基因、recA基因并进行测序分析;采用Vitek 2 Compact及配套GN13卡进行药敏试验;采用脉冲场凝胶电泳进行同源性分析.结果 26株经仪器鉴定及手工生化鉴定均为人苍白杆菌.16S rRNA基因和rec A基因扩增产物测序分析,25株为解糖假苍白杆菌,1株为假贵格纳苍白杆菌.药敏分析显示以上26株菌株对氨曲南均耐药,对喹诺酮类、氨基糖苷类、复方磺胺甲噁唑、头孢菌素和哌拉西林/他唑巴坦的敏感率在80％以上.脉冲场凝胶电泳分析显示,该25株解糖精假苍白杆菌为高度同源菌株,仅有1～3条带的差异.结论 结合生化表型、基因扩增和测序分析可以将苍白杆菌鉴定至种.检测菌株中解糖精假苍白杆菌高度同源,可能为一次聚集性感染.

MALDI-TOF MS技术在鲍曼不动杆菌鉴定及同源性分析中的应用

目的 评价基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术对我院鲍曼不动杆菌属的鉴定及同源性分析的能力.方法 对2014年9月至2015年2月我院29株经PhoneixTM 100全自动微生物鉴定仪鉴定为鲍曼不动杆菌属的菌株进行MALDI-TOF MS鉴定,用MALDI-Biotyper软件进行同源性分析,并用16S rRNA基因测序进行验证.结果 MALDI-TOFMS鉴定结果为鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)26株,院内不动杆菌(Acinetobacter nosocomialis)3株.MALDI-TOF MS 鉴定为院内不动杆菌的3株菌株的16S rRNA基因测序结果显示,2株为院内不动杆菌,1株为鲍曼不动杆菌.26株质谱鉴定为鲍曼不动杆菌的菌株分为2大簇(Ⅰ型,Ⅱ型),Ⅱ型又分为2小簇(Ⅱa、Ⅱb).Ⅰ型、Ⅱ型分布在我院4个病区.结论 MALDI-TOF MS技术鉴定鲍曼不动杆菌精准,可以鉴别鲍曼不动杆菌和院内不动杆菌.MALDI-Biotyper数据库软件进行同源性分析十分快捷.

血链球菌和变形链球菌耐酸相关基因ffh的同源性分析

生物信息学分析软件的开发及在药学领域的应用

针对新药研发需求开发了中文生物信息学分析软件--Wonderful生物信息学系统.本系统能提供生物信息学常规分析工具,包括核酸、蛋白质序列统计分析,开放阅读框(ORF)搜索定位,基因组、蛋白质组信息搜索、分析、同源性比对等工具,并为实验室PCR克隆扩增靶分子基因、进行基因产物改造及修饰等提供简便的设计操作软件,以促进药物新靶点的筛选以及基于药物靶分子的新药设计与开发.

PFGE对医院分离鲍曼不动杆菌的同源性分析

目的:调查鲍曼不动杆菌的临床分布状况,分析医院内不同病房鲍曼不动杆菌是否存在同源性和医院交叉感染的可能途径,以便更好地控制鲍曼不动杆菌在医院中传播.方法:收集我院2012年2月至12月临床分离的55株鲍曼不动杆菌,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对菌株进行同源性分析,采用Kerby-Bauer琼脂纸片扩散法测定鲍曼不动杆菌对临床常用抗菌药物的敏感性.结果:55株鲍曼不动杆菌经PFGE分型分为A、B、C、D4个主要基因型,其中A型33株,B型14株,C型4株,D型4株,A型和B型为主要的流行株,分布在多个不同的科室.ICU病房分离的菌株以A型和B型为主,骨科系统病区以B型为主,呼吸科病区以A型和C型为主.结论:医院内鲍曼不动杆菌存在多个基因型,初步判断存在多重耐药鲍曼不动杆菌院内交叉感染.

医院感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的耐药性及基因分型

目的 了解广州市番禺区中心医院医院感染MRSA的耐药情况及分子流行病学特点.方法 收集该院2009-2012年在各个病区住院患者不同感染部位分离的16株MRSA,采用VITEK 2 Compact及其配套的药敏卡AST-GP67进行耐药性检测,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对其作同源性分析及基因分型.结果 16株MRSA对万古霉素、复方磺胺甲(口恶)唑、利奈唑胺、奎奴普丁/达福普汀和替加环素敏感,对青霉素G、苯唑西林、环丙沙星和左氧氟沙星耐药,对庆大霉素和红霉素的耐药率为93.75％(15株).16株MRSA的PFGE谱分11型(A～K),A型3株,B、C、D型各2株.结论 不同耐药谱MRSA的PFGE的分型不相同,相同耐药谱PFGE的分型也并不完全相同.

ICU耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测结果分析

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant staphylococcus aureus,MRSA)是金黄色葡萄球菌的一个独特菌株,它对所有青霉素耐药,包括甲氧西林及其他抗β-内酰胺酶的青霉素.由于过度使用抗生素,MRSA已经成为医源性感染中的重要致病菌之一,被称为"超级病菌".本文通过对分离自本院重症监护病房(ICU)的MRSA菌株对抗生素的药物敏感试验及其同源性分析,以了解ICU中MRSA的流行情况,为及早采取消毒预防措施、减少MRSA的流行提供依据.

发热伴血小板减少综合征临床误诊3例患者的病原及免疫学检测与鉴定

目的探讨发热伴血小板减少综合征易被误诊的原因。方法采用间接免疫荧光法检测患者急性期与恢复期血清中新布尼亚病毒IgG抗体，荧光RT- PCR检测新布尼亚病毒RNA及S、M、L 3个特异性基因鉴定，新布尼亚病毒核酸测序及比对分析。结果2例误诊患者的血清中IgG抗体效价恢复期较急性期增高4倍以上，3例患者的急性期血清中均能检测到新布尼亚病毒核酸及3个特异性基因，S基因序列比对均为新布尼亚病毒，重症患者与轻症患者的基因序列有一定的差异。结论通过病毒特异性基因鉴定、序列比对分析以及双份血清新布尼亚病毒IgG抗体效价检测，3例临床误诊的患者均为由新布尼亚病毒感染引起的发热伴血小板减少综合征。

53株龟分支杆菌脓肿亚种临床分离株的同源性研究

目的　分析引起院内感染爆发的53株龟分支杆菌 脓肿亚种临床分离株的同源性。方法 采用核酸脉冲电泳场分析技术，分 析53株临床分离株酶切电泳图谱，并比较图谱的差异。结果　53株临床分 离株出现两种电泳图谱，49株临床分离株为相同的电泳图谱，4株临床分离株表现为另一种 电泳图谱。结论　分子水平上确认院内术后龟分支杆菌脓肿亚种感染爆发 主要是由同一传染来源引起。核酸脉冲电泳场分析技术适于分析菌株的同源性和传染来源追 踪。