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一起O139霍乱暴发的传染来源分析
目的 对一起霍乱暴发疫情中来自患者和甲鱼的O139群霍乱菌株分离株分子特征分析,判断传染来源.方法 对疫情调查中的3株患者分离株和3株来自水产市场甲鱼标本的分离株,采用聚合酶链反应(PCR)检测分离菌株的毒力相关基因(ctxAB、toxR、zot);用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,所得结果以Bio-Numeric V 4.0软件进行聚类分析.结果 6株菌所有毒力相关基因全部阳性,均为产毒株.6株菌可得2个PFGE型,其中2株甲鱼株与3株患者株带型相同,1株甲鱼株独立成型.通过Pulse Net China数据库搜索,6株菌与中国某省O139群霍乱弧菌聚餐暴发菌株分子分型不同.结论 此次霍乱暴发疫情中甲鱼为可能的传染来源,提示该地区在今后霍乱防治工作中,应注意以甲鱼为重点的水产品的安全.
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江苏省环境来源的O139群霍乱弧菌的核酸特征分析
目的 分析江苏省2003-2005年之间从环境样本中分离到的霍乱弧菌的核酸特征,及其差异的程度.方法 将11株目的菌株的表型特征(包括血清型,耐药谱,生化特征以及El Tor霍乱弧菌的噬菌体分型)和核酸特征(包括霍乱毒素基因ctx-A、zot、ace、tcp-A的分布情况和脉冲场凝胶电泳指纹图谱)结合起来进行比较和分析.结果 11株菌株中有10株O139群霍乱弧菌,1株El Tor小川;其中6株O139同时对5种以上抗生素耐受,2株O139对4种抗生素耐受,1株0139对2种抗生素耐受,另外1株O139(属于PFGE-C型)和1株小川分别只对一种抗生素耐受;11株霍乱弧菌的生化特征没有明显差异;8株O139同时携带4种毒力相关基因,1株0139只携带zot和ace,另外1株O139(05052)和1株小川未携带这4种基因;9株O139的脉冲场凝胶电泳指纹图谱聚为一类,另外1株O139和小川各自聚为一类.结论 10株O139中有1株(属于PFGE-C型)的耐药谱、毒力相关基因分布及PFGE指纹图谱与其他9株不同,而与分离地点相同的小川相似,提示自然环境中的O139群霍乱弧菌存在着差异.
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应用脉冲场凝胶电泳技术对浙江省福氏4c型痢疾志贺菌的分型研究
目的 通过应用脉冲场凝胶电泳技术对浙江省痢疾志贺菌福氏4c(F4c)型菌株进行分子流行病学研究,耐药谱分析,为了解本地区菌型的变化提供资料.方法 60株F4c型志贺菌均按GB16002-1995标准鉴定分型并采用kirby-Bauer法检测其对13种抗生素的敏感性.参照美国疾病预防控制中心PulseNet USA的统一方法进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型并做同源性分析.结果 60株F4c型菌株都存在多重耐药,其中红霉素、利福平的耐药率高,达100.0%,其次是奈定酸、氨苄西林、多西环素,耐药率均在96.2%以上;丁胺卡那、庆大霉素敏感,其敏感率均在86.5%以上.脉冲场凝胶电泳分型60株试验菌株共分为24个型,1型36株占60.0%,且所有的暴发型菌株都为1型,2型2株占3.3%,其余22个型各为1株,各占1.7%.结论 F4c型志贺菌是2004年在浙江首次分离到,PFGE分型1型菌株占60.0%,有明显的优势,并且容易引起暴发,其余各型均为少见菌型.此次检测发现其多重耐药现象严重,这可能与浙江省F4c型菌痢病人迅速增多和高度散发有关,应引起临床和疾病控制部门的高度重视.
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浙江省134株甲型副伤寒沙门菌的分子分型研究
目的应用分子分型分析浙江省甲型副伤寒沙门菌的遗传相关性,分析流行规律,制定有效的防治措施.方法运用PFGE方法对浙江省134株甲型副伤寒进行分子流行病学研究.结果134株受检菌株分为11个型,其中1型占47.8%,2型占36.6%,3型占0.7%,4型占4.5%,5型占0.7%,6型占0.7%,7型占0.7%,8型占1.5%,9型占0.7%,10型占1.5%,11型占4.5%.结论1、2型菌株占全部134株的84.3%.可见,受检的134株菌同源性较高.其中8种菌型为少见菌型,可能与浙江省甲型副伤寒高度散发有关.
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应用脉冲场凝胶电泳分型技术对江西省伤寒菌株的分析
目的 分析江西省1986年以来伤寒爆发疫情菌株的分子分型特征.方法 对所收集的伤寒沙门菌株利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行菌株的分子分型.结果 40株伤寒菌株分离自1986、1987、2000和2003年的伤寒患者和带菌者,利用PFGE可分为16个型.不同年份、不同地点爆发的伤寒菌株带型不同,同一年份同一地点爆发的伤寒菌株带型也有差异.结论 基于PFGE的分子分型能很好地应用于菌株特征的分析,伤寒杆菌在不同年份变异较大.常规的疫苗是否能应对不同PFGE型菌株的流行值得关注.
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产ESBLs的肺炎克雷伯菌耐药性及脉冲场凝胶电泳分型研究
目的 探讨产超广谱β-内酰胺酶(extended-spectrum β-lactamases,ESBLs)肺炎克雷伯菌的耐药性状况和分子流行病学特点.方法 采用 Kerby-Bauer纸片扩散法测定49株临床分离的产ESBLs肺炎克雷伯菌对19种抗菌药物的耐药性;并采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对其做同源性分析.结果 49株产ESBLs肺炎克雷伯菌对美罗培南和亚胺培南敏感率达100%,对其他17种抗菌药物均表现不同程度耐药;PFGE图谱有6组(A～F),以A型(27株)、B型(10株)、C型(9株)流行为主,49株产ESBLs肺炎克雷伯菌中共有19株和重症监护病房(ICU)相关,占38.8%,流行菌株在各病房之间传播.结论 产ESBLs肺炎克雷伯菌呈多重耐药,其对美罗培南和亚胺培南的敏感率为100%,可作为治疗感染的首选药物,其他药物可根据药敏结果选择;浙江大学医学院附属第一医院在2006年2-8月有产ESBLs肺炎克雷伯菌流行,ICU是高发区域,普外科、呼吸内科、综合病房和干部病房中的分离率也较高,需加强检测和控制.
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广州市一起非O1/O139群霍乱弧菌食物中毒分离株的病原特征分析
目的 了解2014年广州市某工厂发生的一起非O1/O139群霍乱弧菌食物中毒分离株的耐药特性及分子特征.方法 对分离到的6株非O1/O139群分离株进行生化鉴定、血清学鉴定、药物敏感性实验、毒力相关基因检测和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型分析.结果 6株分离株经生化鉴定、血清学鉴定为非O1/O139群.药物敏感性分析显示,6株分离株均对氨苄西林、头孢克肟、头孢拉定、阿米卡星、妥布霉素、庆大霉素和多粘菌素B耐药,对诺氟沙星、环丙沙星、复方新诺明、呋喃唑酮、四环素、吡哌酸、红霉素和氯霉素敏感.毒力基因聚合酶链反应检测结果显示,所有菌株均携带毒力表达调控基因(toxR和溶血素基因(hlyA),未检出霍乱肠毒素基因(ctxA)、毒力协同调节菌毛基因(tcpA)和肠毒素基因(ST);5株病例分离株和1株冷柜内壁分离株经限制性内切酶Not Ⅰ消化后的PFGE图谱为同一型别.结论 此次食物中毒的病原体为非O1/O139群霍乱弧菌,具有共同的遗传特征,菌株出现了多重耐药,提示应加强该类菌株的监测,防止大范围扩散或暴发流行.
关键词： 非O1/O139群霍乱弧菌 食物中毒 脉冲场凝胶电泳 毒力基因 耐药 -
肠集聚性大肠埃希菌分离株脉冲场凝胶电泳分析
目的 对我国散发腹泻患者肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)分离株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,以了解其分子流行病学特征并初步建立我国EAEC菌株的基础数据库.方法 参照PulseNet大肠埃希菌O157∶H7的PFGE实验方法对52株EAEC分离株进行分析,并使用BioNumerics软件进行聚类.结果 在限制性内切酶Xba Ⅰ和PulseNet推荐的电泳参数下,菌株基因组酶切片段分布均匀,条带易于识别.52株EAEC分离株产生了48种PFGE带型,初步聚类为A～N 14个群,不同地区来源及不同HEp-2细胞黏附表型的菌株广泛分布在不同PFGE聚类群中.结论 我国散发腹泻患者EAEC分离株呈现高度多态性,PFGE电泳参数和限制性内切酶XbaⅠ适用于我国EAEC菌株的分析.
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血清群6肺炎链球菌分子分型与耐药特征研究
目的 比较不同方法鉴别血清群6肺炎链球菌不同血清型的能力,了解血清群6肺炎链球菌的耐药性与分子特征.方法 采用荚膜肿胀分型方法与聚合酶链反应(PCR)分型方法鉴别33株血清群6肺炎链球菌的血清型及相应的基因型；检测菌株对6种常用抗生素的敏感性；采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法分析不同血清型菌株的基因组特征.结果 PCR分型方法与传统的血清学分型方法结果一致.全部菌株对阿奇霉素均耐药,对利福平及左氧氟沙星均敏感；6B型菌株呈现较高的多重耐药特征.根据PFGE带型特征,所有菌株可分为2个簇,6C菌株之间、6B菌株之间带型呈现较高相似性.结论 PCR分型方法可用于鉴别血清群6菌株的不同血清型；菌株耐药情况严重,且大多数菌株呈多重耐药特征；PFGE对鉴别肺炎链球菌不同菌株间的差异有较高的分辨率.
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一起食源性疾病暴发中的副溶血性弧菌病原学分析
目的 分析2016年夏季宁波市一起食源性疾病暴发中副溶血性弧菌的病原学特征.方法 采用血清凝集方法对所有分离菌株进行血清学分型.采用PulseNet China网络实验室的标准方法,对所有分离菌株进行脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分型,采用BioNumerics软件对菌株PFGE指纹图谱进行聚类分析;实时荧光PCR方法用于检测菌株的tdh、trh和tlh基因,MIC法检测菌株对10种抗生素的耐药性.结果 从腹泻患者粪便标本共分离到8株副溶血性弧菌.血清学分型鉴定为2株O3∶K6型,6株O4∶ KUT型.所有菌株经SfgiⅠ、NotⅠ酶切后分别分为3个和4个PFGE带型.VPAN 11.ZJNB002/VPAS12.ZJNB002带型为优势型,共4株细菌.副溶血性弧菌对10种选定的抗生素均敏感.结论 这是一起由混合血清型,并对应多种PFGE带型的多克隆副溶血性弧菌引起的食源性疾病暴发事件,应提高对多克隆副溶血性弧菌引起的混合感染性食物中毒的认识水平,防止漏检.未发现菌株对10种选定的抗生素产生耐药.
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多菌型副溶血性弧菌共感染引起集中事件调查分析
目的 分析一起副溶血性弧菌(VP)集中感染事件的菌株特征,明确该起感染事件的性质.方法在2017年9月,广西某乡镇发生一起疑似食源性疾病暴发,现场采集13例患者肛拭子,分离到10株VP,利用O和K诊断血清对分离株进行玻片凝集实验分型,采用TaqMan水解探针荧光PCR检测分离株毒力相关tlh、tdh、trh和ORF8基因,并分别用Not Ⅰ和Sfi Ⅰ两种酶进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,导入Bionumerics 6.6软件进行聚类分析.结果 10株VP有5种血清型,6株为O3∶K6,其余4株血清型分别为O4∶K8、O1∶KUT、O2∶KUT和O10∶K19.所有菌株tlh基因均呈阳性,而trh基因呈阴性;6 株O3∶K6 血清型菌株和1 株O4∶K8 血清型菌株tdh基因均呈阳性;其余3株tdh基因呈阴性.经Bionumerics 6.6软件聚类分析,Not Ⅰ和Sfi Ⅰ酶切PFGE有8种型别,同为O3∶K6血清型的6株菌可分为4种型别.综合以上3个指标进行分析,该事件分离的10株菌中仅2株菌完全相同.结论该起集中暴发事件由多种血清、不同PFGE型别的致病和非致病性VP多菌型共感染引起.
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北京市昌平区食源性单增李斯特菌特征分析
目的 了解北京市昌平区食源性单增李斯特菌(Lm)的毒力基因携带情况、抗生素敏感性及分子特征.方法 对2010-2016年12类食品中分离的22株Lm进行血清型、毒力基因、抗生素敏感性、多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析.结果 22株Lm分为5种血清型(以1/2c、3a血清型为主);19种毒力基因携带谱(T1～ T19),毒力基因阳性数为6～12个;对氨苄西林、青霉素、美罗培南、复方新诺明、万古霉素和环丙沙星敏感,出现对四环素、红霉素耐药菌株;分为8个序列型(ST)(包括7个新型STA1～STA7),STA3为主要型别;分为17种PFGE带型,其相似系数为63.5％～ 100.0％,PTI为主要PFGE带型.结论 昌平区食源性Lm以1/2c、3a血清型为主,STA3为主要型别,PTI为主要PFGE带型,其毒力基因的携带具有差异性,出现对四环素、红霉素耐药株,为食源性Lm的研究提供了参考.
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2010-2015年深圳市龙岗区肠产毒性大肠埃希菌感染的流行特征及脉冲场凝胶电泳分子分型
目的 了解广东省深圳市龙岗区腹泻患者中产毒性大肠埃希菌(ETEC)的流行状况及菌株的分子特征.方法 对2010-2015年来自深圳市龙岗区散发腹泻病例的1204份粪便标本进行ETEC分离培养、生化、血清分群及PCR毒力基因(estIa、estIb、elt)鉴定,并采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对阳性菌株进行分子分型.结果 腹泻人群中ETEC的阳性率为5.8％;年龄分布上检出率差异有统计学意义,以19～25岁成年人感染多见;季节分布上检出率差异无统计学意义.70株ETEC共检出14种血清型,以O159和O148多见,分别占25.7％和l8.6％;携带毒力基因以estIb为主,占65.7％.PFGE共分为60个型别,共存在10个克隆群组,C、G为地区内的优势克隆株.结论 2010-2015年深圳市龙岗区腹泻患者中ETEC的检出率较稳定,流行具有年龄分布特征,感染呈高度散发状态,但存在优势克隆菌株的感染流行.
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上海市浦东新区副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征分析
目的 了解上海市浦东新区副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征.方法 运用玻片凝集法对505株副溶血弧菌菌株进行血清学分型,运用K-B纸片法对菌株进行12种抗生素药敏试验,同时对菌株基因组DNA经限制性内切酶Not Ⅰ酶切后进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分子分型,利用BioNumerics Version 6.64分析软件对图谱进行聚类分析,初步建立PFGE分子分型数据库.结果 505株菌株中有117株血清型未能分型,O3∶K6为患者分离株中的优势血清型,其中69.14％ (56/81)的食物中毒分离株和61.87％ (185/299)的散发病例分离株血清型为O3∶K6型;监测食品分离株血清型分布呈现多样性,无优势菌株.99.41％ (502/505)菌株对氨苄西林耐药.505株菌株共获得221个不同的PFGE带型,有26株PFGE未能分型.监测食品分离株的PFGE呈现遗传多样性,无优势带型,并且与散发及食物中毒患者分离株的PFGE带型不同.食物中毒与散发病例分离株的优势带型相同.耐2种或以上抗生素的菌株与其他菌株的PFGE型不相同,相同PFGE带型内的菌株血清型相同,不同时间、不同腹泻监测点之间存在完全相同PFGE条带.结论 浦东新区未出现多重耐药菌株,存在多起疑似聚集性病例事件,但与监测食品分离株的遗传谱系关系较远.
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阿贡纳沙门菌引起的聚集性腹泻病例监测及分析
目的 应用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型技术分析时间上高度集中的散发腹泻病例,发现可能的聚集性,并进行流行病学调查和追溯.方法 利用已建立的北京市肠道多病原分子分型监测系统,采集腹泻病例粪便标本进行病原菌分离培养、生化鉴定、血清凝集、药敏试验及PFGE分子分型.结果 2012年5月2-7日连续一周内,从北京市某区(县)肠道门诊采集的22份腹泻病例粪便标本中分离到9株沙门菌,血清学鉴定为阿贡纳沙门菌.XbaⅠ酶切的PFGE带型一致,与中国细菌性传染病分子分型实验室监测网络(PulseNet China)中心数据库及各地区网络实验室数据比对分析后,确认该带型为一新的图谱带型,编码为JABX01.CN0072.结论 9例阿贡纳沙门菌感染病例的发病时间和地理分布高度集中,且PFGE带型聚集成簇,提示感染菌株具有同一克隆来源.随后的流行病学调查和感染来源分析,虽并未发现共同暴露因素,但说明PFGE技术的应用可以提高监测的敏感性,应长期持续的进行病原菌分子分型监测,进一步完善PulseNet网络和运行机制.
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2012年全国伤寒和副伤寒重点监测数据分析
目的 了解2012年中国(未含香港、澳门、和台湾地区,以下同)伤寒和副伤寒国家监测点的优势菌型、菌株耐药变化情况以及脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)优势带型变化特征.方法 用描述流行病学方法对伤寒、副伤寒国家监测点2012年伤寒和副伤寒重点监测结果进行描述,并与法定报告数据进行比较和分析.结果 13个监测点伤寒和副伤寒总报告发病率为7.86/10万,其中实验室诊断病例(510例)中副伤寒占56.08％.重点监测显示:13个监测点共分离出147株病原菌,阳性检出率为2.55％;分离的病原以甲型副伤寒沙门菌为主(占73.47％),显著高于法定报告数据中副伤寒的比例.不同监测点病原阳性检出率差异很大,病原构成比差异也很大.2012年伤寒、甲型副伤寒沙门菌株对萘啶酸和环丙沙星的耐药率均有所上升.PFGE分析表明,2012年伤寒沙门菌监测菌株出现了3种新的优势带型,而JKPX01.CN0001仍为甲型副伤寒沙门菌监测菌株的优势流行带型.结论 伤寒和副伤寒重点监测系统是法定报告的补充,监测点病原以甲型副伤寒为主,需阶段性地对该系统进行评估以保证监测质量.
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北京市首次检出长湾泥沙门菌
对北京市首例婴儿感染长湾泥沙门菌的诊治经过和流行病学调查进行总结,掌握其生物学特性和分子分型特征,新型别的发现丰富了沙门菌血清型的多样性.菌株符合长湾泥沙门菌的表型特征,对15种抗菌药物均敏感,该菌感染与外来宠物龟有关.
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中国肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型数据库的分析
目的 了解近几年我国肠炎沙门菌临床分离株的流行病学及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特点,为以实验室为基础的食源性疾病暴发的发现及疫情控制提供依据.方法 根据PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案,对2004-2012年分离自我国13个省(直辖市)的981株肠炎沙门菌进行流行病学及PFGE分子分型分析.结果 981株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE获得126种带型,其分辨能力(D值)为0.8336.优势带型为JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001、JEGX01.CN0002、JEGX01.CN0005和JEGX01.CN0016.暴发相关带型是JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001和JEGX01.CN0150.肠炎沙门菌优势带型PFGE的共有条带分别为(±0.8％)655、325、310、245、178和110 kbp.结论 我国肠炎沙门菌临床分离株存在PFGE优势型别,PFGE对于肠炎沙门菌XbaⅠ单酶切分型能力有限,用于暴发确认或发现时需多种酶切联合使用,提高分辨能力.
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PulseNet China网络实验室能力考核结果评价与分析
目的 为促进中国细菌性传染病分子分型实验室监测网络——PulseNet China网络实验室执行技术标准,实现监测技术的统一化、标准化、规模化.方法 PulseNet China对19个具有脉冲场凝胶电泳(PFGE)设备的省(市)疾病预防控制中心相关实验室开展了分子分型技术考核.结果 被考核单位中有78.9％的单位通过评价考核,递送的图谱带型经过软件分析得到相似度为100％.结论 说明这些实验室PFGE技术条件和技术能力已经达到PulseNet China实验室网络化监测的要求.对PFGE考核谱图存在的问题分析了相应原因,提供了可能的解决方案.
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急性腹泻病患者与健康体检人员肠集聚性大肠埃希菌分子特征及耐药性研究
目的 比较急性腹泻病患者与健康体检人员肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)在携带毒力基因、耐药性及分子分型之间的差异.方法 以PCR方法检测EAEC的7种毒力基因,微量肉汤稀释法检测菌株对13种抗菌药物的耐药性,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型分析.结果 来自急性腹泻病患者的分离株中,毒力基因检出率高为air,体检分离株为sat.48株EAEC对13种抗菌药物中的12种均表现出不同程度的耐药,对亚胺培南完全敏感,急性腹泻病患者分离株耐药性较体检分离株强.PFGE分型共得到43种带型,均呈现高度多态性.结论 不同来源EAEC携带的毒力基因差异不显著,PFGE带型呈高度多态性,来源于腹泻病患者的EAEC耐药性明显高于健康体检人员.
