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深圳市某福利院一起急性结膜炎疫情的病原学分析
目的 鉴定深圳市某福利院一起急性结膜炎疫情的病原体.方法 采用荧光定量PCR方法对12份眼拭子标本进行检测以确定病原,阳性标本进行病毒分离培养,扩增特异基因并测序,对序列进行进化分析和分子分型.结果 12份标本荧光定量PCR检测结果为人腺病毒阳性,分离9株病毒.人腺病毒Hexon基因测序显示9株腺病毒之间核苷酸相似性在98.3％-100％之间,系统进化分析显示9株腺病毒与人腺病毒7型参考株位于同一进化分支.结论 本起疫情由人腺病毒7型引起,与我国近期流行的腺病毒7型同源.
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人鼻病毒分型变异研究进展
人鼻病毒(human rhinovirus,HRV)是引起普通感冒症状的主要病毒之一,超过50％的哮喘与慢性阻塞性肺炎(obstructive pulmonary emphysema diseases,COPD)患者可检测到鼻病毒感染.自1956年Pelon等人分离培养出第一株HRV以来,已经发现了100多个血清型[1].HRV 主要经过呼吸道传播,可通过手到鼻或飞沫直接传播,其他传播途径尚不明确[2].人感染HRV以后表现为一般感冒症状,主要包括发热、头痛、流涕、咽喉肿痛等.HRV不仅可以引起上呼吸道感染,而且与细支气管炎、肺炎、哮喘加重等下呼吸道疾病也密切相关.HRV感染在全年均有发生,主要在春秋两季高发,人群普遍易感,儿童感染率较高,发病率随年龄增长而下降,随后在高龄人群中随年龄增长而升高[3-5].随着鼻病毒研究的进一步深入,近年发现了不同于已知HRV-A与HRV-B的新亚型:HRV-C,作为新发现的呼吸道病原得到了全世界的广泛关注.
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一起O139霍乱暴发的传染来源分析
目的 对一起霍乱暴发疫情中来自患者和甲鱼的O139群霍乱菌株分离株分子特征分析,判断传染来源.方法 对疫情调查中的3株患者分离株和3株来自水产市场甲鱼标本的分离株,采用聚合酶链反应(PCR)检测分离菌株的毒力相关基因(ctxAB、toxR、zot);用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,所得结果以Bio-Numeric V 4.0软件进行聚类分析.结果 6株菌所有毒力相关基因全部阳性,均为产毒株.6株菌可得2个PFGE型,其中2株甲鱼株与3株患者株带型相同,1株甲鱼株独立成型.通过Pulse Net China数据库搜索,6株菌与中国某省O139群霍乱弧菌聚餐暴发菌株分子分型不同.结论 此次霍乱暴发疫情中甲鱼为可能的传染来源,提示该地区在今后霍乱防治工作中,应注意以甲鱼为重点的水产品的安全.
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应用脉冲场凝胶电泳技术对浙江省福氏4c型痢疾志贺菌的分型研究
目的 通过应用脉冲场凝胶电泳技术对浙江省痢疾志贺菌福氏4c(F4c)型菌株进行分子流行病学研究,耐药谱分析,为了解本地区菌型的变化提供资料.方法 60株F4c型志贺菌均按GB16002-1995标准鉴定分型并采用kirby-Bauer法检测其对13种抗生素的敏感性.参照美国疾病预防控制中心PulseNet USA的统一方法进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型并做同源性分析.结果 60株F4c型菌株都存在多重耐药,其中红霉素、利福平的耐药率高,达100.0%,其次是奈定酸、氨苄西林、多西环素,耐药率均在96.2%以上;丁胺卡那、庆大霉素敏感,其敏感率均在86.5%以上.脉冲场凝胶电泳分型60株试验菌株共分为24个型,1型36株占60.0%,且所有的暴发型菌株都为1型,2型2株占3.3%,其余22个型各为1株,各占1.7%.结论 F4c型志贺菌是2004年在浙江首次分离到,PFGE分型1型菌株占60.0%,有明显的优势,并且容易引起暴发,其余各型均为少见菌型.此次检测发现其多重耐药现象严重,这可能与浙江省F4c型菌痢病人迅速增多和高度散发有关,应引起临床和疾病控制部门的高度重视.
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浙江省134株甲型副伤寒沙门菌的分子分型研究
目的应用分子分型分析浙江省甲型副伤寒沙门菌的遗传相关性,分析流行规律,制定有效的防治措施.方法运用PFGE方法对浙江省134株甲型副伤寒进行分子流行病学研究.结果134株受检菌株分为11个型,其中1型占47.8%,2型占36.6%,3型占0.7%,4型占4.5%,5型占0.7%,6型占0.7%,7型占0.7%,8型占1.5%,9型占0.7%,10型占1.5%,11型占4.5%.结论1、2型菌株占全部134株的84.3%.可见,受检的134株菌同源性较高.其中8种菌型为少见菌型,可能与浙江省甲型副伤寒高度散发有关.
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应用脉冲场凝胶电泳分型技术对江西省伤寒菌株的分析
目的 分析江西省1986年以来伤寒爆发疫情菌株的分子分型特征.方法 对所收集的伤寒沙门菌株利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行菌株的分子分型.结果 40株伤寒菌株分离自1986、1987、2000和2003年的伤寒患者和带菌者,利用PFGE可分为16个型.不同年份、不同地点爆发的伤寒菌株带型不同,同一年份同一地点爆发的伤寒菌株带型也有差异.结论 基于PFGE的分子分型能很好地应用于菌株特征的分析,伤寒杆菌在不同年份变异较大.常规的疫苗是否能应对不同PFGE型菌株的流行值得关注.
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肠集聚性大肠埃希菌分离株脉冲场凝胶电泳分析
目的 对我国散发腹泻患者肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)分离株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,以了解其分子流行病学特征并初步建立我国EAEC菌株的基础数据库.方法 参照PulseNet大肠埃希菌O157∶H7的PFGE实验方法对52株EAEC分离株进行分析,并使用BioNumerics软件进行聚类.结果 在限制性内切酶Xba Ⅰ和PulseNet推荐的电泳参数下,菌株基因组酶切片段分布均匀,条带易于识别.52株EAEC分离株产生了48种PFGE带型,初步聚类为A～N 14个群,不同地区来源及不同HEp-2细胞黏附表型的菌株广泛分布在不同PFGE聚类群中.结论 我国散发腹泻患者EAEC分离株呈现高度多态性,PFGE电泳参数和限制性内切酶XbaⅠ适用于我国EAEC菌株的分析.
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上海市蒙得维的亚沙门菌流行特征研究
目的 研究蒙得维的亚沙门菌的耐药及分子流行病学特征.方法 基于上海市针对人群和食源、环境沙门菌的监测基线,分析蒙得维的亚腹泻和食源环境株的耐药表型和分子型特征.结果 蒙得维的亚在本地区的人源和食源沙门菌型数据库中列第24位(32株)和32位(13株).经实验室确诊的28例蒙得维的亚病例均符合食源性感染特征,易感人群为5岁以下儿童和20 ～ 60岁男性,城郊地区高发.人源和食源株均发现对三代头孢(头孢他啶)耐药株,近5年中食源株的多重耐药(MDR)明显增多,28.1％的人源株对环丙沙星处于耐药临界值,来自境外动物制品的蒙得维的亚菌株对抗生素多数敏感.32株人源和13株食源株的分型聚类提示存在优势克隆簇,包括3起经回顾性鉴别诊断的蒙得维的亚的成人暴发,其中2起为多重耐药(MDR-ACSSuT)的克隆暴发.MDR-ACSSuT的人源流行株与甲鱼株之间存在高度的遗传同源性,与境外输入菌株间的耐药和分子型特征差异较大,2个不同克隆簇之间存在遗传进化关系.结论 蒙得维的亚尚未在本地区成为优势种型,但其已通过贸易等方式不断输入国内,逐渐定殖于沿海地区的甲鱼养殖产业链和人群的消费食物链中,终进化成稳定的MDR和非MDR克隆容易形成分散而隐蔽的食源性暴发.
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2014-2017年北京市顺义区腹泻病例中沙门菌流行特征与分子分型特征分析
目的 分析2014-2017年北京市顺义区腹泻病例中沙门菌流行特征和分子分型特征,为沙门菌的防控、预警、溯源等提供依据.方法 收集北京市顺义区腹泻病例标本和流行病学数据,分离沙门菌并进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型检测,利用国家致病菌识别网平台进行指纹图谱比对,结合实验室检测结果、流行病学资料、临床资料对本地区沙门菌流行和分子分型特征进行描述分析.结果 顺义区腹泻病例中沙门菌检出率为5.23％,21种血清型,以鼠伤寒沙门菌(32.89％)和肠炎沙门菌(30.26％)为主;沙门菌检出率呈春秋季双高峰分布;女性和男性肠炎沙门菌的检出率差异有统计学意义(x2=5.978,P=0.014);发热体温越高的病例组,沙门菌属检出率越高,差异有统计学意义(x2=22.579,P＜0.001);菌株PFGE分析结果显示存在多次聚集的现象.结论 沙门菌在北京市顺义区腹泻病原中占有重要位置;不同血清型沙门菌的人群分布、临床症状分布和分子分型分布均具有一定特征;利用国家致病菌识别网识别、预警、评估、溯源沙门菌引起的食源性疾病和肠道传染病是本地区沙门菌防控工作的方向.
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山东省济南市脑膜炎奈瑟菌多位点序列分型研究
目的 分析2005-2018年山东省济南市分离的脑膜炎奈瑟菌(Nm)分子流行病学特征.方法 采用多位点序列分型(MLST)方法,对Nm的分子分型进行研究,并使用BioNumerics软件进行分子分型分析.结果 2005-2018年,共分离到130株Nm,涵盖A、B、C、W135、Y5种血清群及不可分群(NG).130株Nm分为37种序列型(ST):2株A群分为2种ST,分别属于已知克隆群(cc)5和未知克隆群(UA);24株B群分为17种ST,分别属于cc4821、cc162及UA;39株C群分为8种ST,分别属于cc4821、cc32及UA;54株W135群分为3种ST,分别属于cc11和cc4821;1株Y群为ST-92型,属于cc92;10株NG分为8种ST,分别属于cc4821、cc198及UA.108株已知cc菌株中,cc11占48.15％(52/108),cc4821占45.37％(49/108);22株UA菌株包括18种ST,其中,15株B群具有10种ST.结论 济南市2005-2018年分离的Nm ST型别分布呈现多态性,在NG和B群中尤为明显.cc4821和cc11为两大优势克隆群,B群Nm呈现多克隆化趋势.
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2010-2015年深圳市龙岗区肠产毒性大肠埃希菌感染的流行特征及脉冲场凝胶电泳分子分型
目的 了解广东省深圳市龙岗区腹泻患者中产毒性大肠埃希菌(ETEC)的流行状况及菌株的分子特征.方法 对2010-2015年来自深圳市龙岗区散发腹泻病例的1204份粪便标本进行ETEC分离培养、生化、血清分群及PCR毒力基因(estIa、estIb、elt)鉴定,并采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对阳性菌株进行分子分型.结果 腹泻人群中ETEC的阳性率为5.8％;年龄分布上检出率差异有统计学意义,以19～25岁成年人感染多见;季节分布上检出率差异无统计学意义.70株ETEC共检出14种血清型,以O159和O148多见,分别占25.7％和l8.6％;携带毒力基因以estIb为主,占65.7％.PFGE共分为60个型别,共存在10个克隆群组,C、G为地区内的优势克隆株.结论 2010-2015年深圳市龙岗区腹泻患者中ETEC的检出率较稳定,流行具有年龄分布特征,感染呈高度散发状态,但存在优势克隆菌株的感染流行.
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上海市浦东新区副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征分析
目的 了解上海市浦东新区副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征.方法 运用玻片凝集法对505株副溶血弧菌菌株进行血清学分型,运用K-B纸片法对菌株进行12种抗生素药敏试验,同时对菌株基因组DNA经限制性内切酶Not Ⅰ酶切后进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分子分型,利用BioNumerics Version 6.64分析软件对图谱进行聚类分析,初步建立PFGE分子分型数据库.结果 505株菌株中有117株血清型未能分型,O3∶K6为患者分离株中的优势血清型,其中69.14％ (56/81)的食物中毒分离株和61.87％ (185/299)的散发病例分离株血清型为O3∶K6型;监测食品分离株血清型分布呈现多样性,无优势菌株.99.41％ (502/505)菌株对氨苄西林耐药.505株菌株共获得221个不同的PFGE带型,有26株PFGE未能分型.监测食品分离株的PFGE呈现遗传多样性,无优势带型,并且与散发及食物中毒患者分离株的PFGE带型不同.食物中毒与散发病例分离株的优势带型相同.耐2种或以上抗生素的菌株与其他菌株的PFGE型不相同,相同PFGE带型内的菌株血清型相同,不同时间、不同腹泻监测点之间存在完全相同PFGE条带.结论 浦东新区未出现多重耐药菌株,存在多起疑似聚集性病例事件,但与监测食品分离株的遗传谱系关系较远.
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婴幼儿腹泻感染的非伤寒沙门菌分子分型和耐药情况研究
目的 研究婴幼儿感染的非伤寒沙门菌的分子流行病学特点和耐药情况.方法 收集上海地区腹泻婴幼儿粪便标本,进行沙门菌的分离培养,生化鉴定,血清型分型,分子分型和药物敏感性检测实验.结果 583份婴幼儿粪便中分离出沙门菌共19株,主要为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌.肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)带型相似度较高(88.7％),且主要带型为上海近年流行的优势带型.药物敏感性实验结果显示,菌株对测试的15种抗生素的总体耐药率为78.95％ (15/19),对萘啶酸(68.42％)和氨苄西林(63.20％)的耐药率较高,对环丙沙星(10.53％)和庆大霉素(10.53％)的耐药率较低,对三代头孢类抗生素的耐药率较高(40％).菌株耐药谱分布广泛,发现多重耐药菌株13株.结论 本研究中,婴幼儿感染的非伤寒沙门菌耐药情况比较严重;不同血清型和分子分型的菌株耐药性差异无统计学意义.
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PulseNet China网络实验室能力考核结果评价与分析
目的 为促进中国细菌性传染病分子分型实验室监测网络——PulseNet China网络实验室执行技术标准,实现监测技术的统一化、标准化、规模化.方法 PulseNet China对19个具有脉冲场凝胶电泳(PFGE)设备的省(市)疾病预防控制中心相关实验室开展了分子分型技术考核.结果 被考核单位中有78.9％的单位通过评价考核,递送的图谱带型经过软件分析得到相似度为100％.结论 说明这些实验室PFGE技术条件和技术能力已经达到PulseNet China实验室网络化监测的要求.对PFGE考核谱图存在的问题分析了相应原因,提供了可能的解决方案.
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广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析
目的 研究珠海市沙门菌1,4,[5],12:i:-和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据.方法 用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S.1,4,[5],12:i:-进行PFGE和MLVA分型.结果 药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S.1,4,[5],12:i:-的多重耐药株分别为45株(45/51,88.24％)和51株(51/70,72.86％),2种菌多重耐药率差异有统计学意义(x2=4.256,P=0.039),两者的耐药率＞50.00％的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素.121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型.MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87％的菌株在STTR10p位点无扩增产物.经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建小生成树分析发现91.74％(111株)菌株分布在Ⅰ群.结论 珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似.
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广东省霍乱病例与环境来源霍乱弧菌的耐药性和分子分型研究
目的 比较分析广东省霍乱病例及环境来源O1/O139群霍乱弧菌抗生素敏感性和分子分型特征.方法 选取2006-2007年广东省霍乱病例及相关来源、环境(珠江水体和海水产品)来源的O1/O139群霍乱弧菌.采用血清学、药物敏感性试验和分子生物学方法,研究不同来源的霍乱弧菌在菌型分布、药物敏感性、毒素基因携带以及分子分型方面的异同.结果 2006-2007年,广东省共分离各类来源O1/O139群霍乱弧菌170株.其中,病例及相关来源菌株37株,环境来源菌株133株(海水产品来源37株、珠江水体96株).两种来源菌株的菌型构成均以O1群EI Tor稻叶型为主;病例及相关来源菌株以产毒株为主,ctxA毒素基因携带率(83.8%)显著高于环境菌株(4.5%);药物敏感性试验显示,以产毒株为主的病例及相关来源菌株对萘啶酸和复方新诺明的耐药率(78.8%,78.8%)高于以非产毒株为主的环境来源菌株(50.6%,13.9%,P<0.05).环境来源菌株对多西环素的耐药率(17.7%)高于病例及相关来源菌株(0%,P<0.05).O139群菌株对氨苄西林的耐药率(70%)高于稻叶型和小川型菌株(8.9%,0%,P<0.01).脉冲场凝胶电泳(PFGE)聚类分析显示,O139群霍乱弧菌产毒株之间,O1群霍乱弧菌流行株之间以及其他的O1/O139群霍乱弧菌之间,PFGE型别表现为明显的遗传多样性.结论 广东省O1/O139群霍乱弧菌来源复杂多样,霍乱防控形势严峻,需要密切注意菌株型别变异情况及菌株变异趋势.
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沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析
目的 应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征.方法 抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点串联重复序列分析(MLVA).结果 药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素(头孢嚷肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋)均未产生耐药性.PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sa116位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别.结论 分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发.目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化.
关键词： 汤卜逊沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点串联重复序列分析 分子分型 -
耶尔森菌的分子分型
耶尔森菌属包括11个种,其中能引起人类疾病的有鼠疫耶尔森菌、小肠结肠炎耶尔森菌和假结核耶尔森菌.本文综述了目前耶尔森菌多种分子分型技术的研究现状.这些分子分型技术是对常规表型分型技术的补充和深入,使我们对所要研究的细菌有更加全面的了解.
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脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)在分子分型中的应用现状
近年来,以脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)为代表的分子生物学分型方法日渐受到青睐,其原理为通过一定的方法,直接或间接反映病原体变异分化的本质即DNA序列的改变,从而做到微观变化的宏观显示.电泳结果通常是条带图谱.该方法的发展成熟为监测控制细菌的流行提供了广阔的前景.通过分型可以鉴定比较菌株是否一致,对于细菌性传染病监测[1,2]、传染源追踪、传播途径调查和识别等暴发调查有着非常重要的意义[3,4].
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细菌基因组分型方法的应用研究进展
对病原菌进行分子分型已经成为细菌性传染病暴发调查和分子流行病学分析中的常规工具.近年来,基于基因组序列的分型方法被应用于多起细菌性传染病的暴发调查中,显示了很好的分型能力.本研究对基因组分型方法在细菌性传染病暴发调查和分子流行病学领域的发展和应用现状进行阐述.
