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脉冲场凝胶电泳分型技术在追溯O139霍乱传染来源中的应用
目的分析四川省2004年7起因聚餐暴发霍乱疫情的分离菌株之间,及其与常规监测中从外环境、水产品中分离的霍乱弧菌之间的分子分型特征和遗传相关性,查找霍乱传染来源.方法利用聚合酶链反应检测霍乱毒力基因(ctxAB),用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对菌株进行分子分型,所得结果以BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果所试72株O139群霍乱弧菌中所有4株从河水分离的菌株ctxAB阴性,其余均具有ctxAB,为产毒株.对其中的67株菌以Not I酶切后PFGE可分为16个型别.从甲鱼分离的O139群霍乱弧菌与同期流行的O139群霍乱弧菌优势PFGE型别一致,并且也为产毒株.7起暴发中分离的菌株型别各不相同.结论2004年四川省O139霍乱暴发感染来源复杂,提示并非因为菌株在该地持续存在而引起,但甲鱼可能是2004年度霍乱聚餐暴发的主要传染来源之一.
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江西省2005-2008年C群脑膜炎奈瑟菌分子分型分析
对2005-2008年江西省流脑暴发、常规监测中分离的79株C群脑膜炎奈瑟菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点测序(MLST)分析,描述江西省C群脑膜炎奈瑟菌的菌型分布和变迁,从分子水平了解其流行特征.
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湖北省22株B群脑膜炎奈瑟菌分子分型分析
湖北省自2006年以来多次出现B群流行性脑脊髓膜炎(流脑)病例,健康人群B群菌株的带菌率也很高,占96.56％[1].本研究对湖北省2006-2010年流脑病例和健康人群分离的22株B群脑膜炎奈瑟菌(Nm)菌株进行分析.
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广东省2009-2011年鼠伤寒沙门菌监测及菌株分子分型的研究
目的 了解广东省鼠伤寒沙门菌监测现况及菌株分子分型特点,并初步建立数据库,为食源性疾病暴发追踪污染源及传播途径提供基线数据.方法 参考国际PulseNet公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方案及7个位点的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法,分析广东省2009-2011年10个市275株鼠伤寒沙门菌分型特点,利用BioNumerics软件建立分子分型数据库.结果 2009-2011年广东省沙门菌年均检出率为4.03％;鼠伤寒沙门菌年均检出率和构成比分别为1.38％和34.29％,均呈双峰形分布趋势,流行高峰为5和9月.275株鼠伤寒沙门菌经Xba Ⅰ酶切和PFGE分析,获得124种带型,其分型D值为0.928 6,而MLVA分型获得143种型别,D值为0.966 5,分辨能力高于单酶切的PFGE分型.对其中＞3株的相同带型进一步采用PFGE-XbaⅠ-Bln Ⅰ双酶切分型,获得分型共174种,D值为0.989l,与采用MLVA方法相同,即对同一菌株的分辨结果具有较高一致性.结论 广东省鼠伤寒沙门菌具有遗传多样性.初步建立的菌株分子分型数据库显示采用MLVA分型方法可完成菌株聚集性分析,以确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发.
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青岛地区医院内感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分子分型研究
目的 探讨青岛地区医院内感染的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)分子流行病学特征及脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别与菌株表型、一般临床资料间的关系.方法 收集2003-2007年间青岛地区主要医院内感染MRSA 360株,Sma Ⅰ酶切菌株染色体DNA后,进行PFGE电泳,用Bionumericus 2.0软件对电泳图谱进行比较和聚类分析,绘制进化树.同时对患者的性别、年龄、菌株来源等进行多变量统计分析.应用纸片扩散法测定分离菌株的药物敏感谱,并与PFGE型别进行比较分析.PCR扩增不同PFGE型别MRSA代表株25株分离株的7个管家基因进行序列测定和多位点测序分型分析(MLST).结果 所有菌株经PFGE电泳后共分为5型(M0～M4型),其中M1型为优势菌型,M2型次之,M4型相对少见,M0为独特型,明显不同于其他已知PFGE型别.统计学分析发现5种PFGE型别在患者性别、年龄分布上的差异无统计学意义,但在菌株分离部位、来源有统计学的差异:M2型多分离自伤口感染,而M3型菌株多来自ICU病房,5种PFGE型在不同医院间及医院内的分布存在差异.M1与M2两型构成各医院分离菌株的主要型别.抗生素敏感性测定中未发现万古霉素耐药菌株,亦未发现某种PFGE型别与某种特定抗生紊抗性之间的直接相关性.MIST分型发现优势型M1与M3共属于国内常见ST239型,M2型则归类于ST5,M4型属于ST240,独特型中的2种PFGE谱型则分属于ST45及ST398.结论 ST239菌株为青岛地区医院内感染MRSA优势菌株;医院内MRSA的PFGE分型与菌株来源明显相关,与患者年龄、性别无关,MRSA感染普遍存在于各年龄人群中.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 分子分型 医院感染 -
河南省登封市2009-2015年甲型副伤寒沙门菌耐药性及PFGE分型研究
目的 分析2009-2015年河南省登封市甲型副伤寒沙门菌临床分离株耐药性与PFGE分子型别特征.方法 采集登封市2家医院临床诊断为副伤寒病例患者静脉血,利用沙门菌科玛嘉选择性培养基分离培养,API20E肠杆菌科系统生化板条鉴定后使用丹麦SSI分型血清进行沙门菌O抗原及H1/2相鞭毛诱导血清凝集试验.根据PulseNet China病原体分子分型网络实验室公布的沙门菌PFGE操作指南与美国临床实验室标准化协会沙门菌K-B法药敏测试方案,对其进行PFGE分子分型与聚类分析及8类13种抗生素药敏测试.结果 从248例患者血培养物中共分离到126株甲型副伤寒沙门菌,血清抗原式为1,2,12:a:-.126株甲型副伤寒沙门菌对广谱合成类青霉素氨苄西林(AMP)的耐药率为83.3％,对三代头孢类抗生素头孢他啶(CAZ)、头孢噻肟(CTX)的耐药率分别为29.4％和31.2％;对四代头孢类抗生素头孢吡肟(FEP)的耐药率为17.5％;对一代喹诺酮类抗生素萘啶酸(NAL)的耐药率为62.6％,对三代氟喹诺酮类抗生素环丙沙星(CIP)、诺氟沙星(NOR)的耐药率为19.3％和26.4％;对氨基糖苷类抗生素庆大霉素(GEN)、链霉素(STR)的耐药率为22.8％和47.9％;对氯霉素类抗生素(CHL)的耐药率为19.2％;对增效磺胺类抗生素甲氧苄氨嘧啶(TMP)与复方新诺明(SXT)的耐药率为24.2％和58.6％;对四环素(TET)的耐药率为46.7％.126株甲型副伤寒沙门菌中耐2种以上抗生素的多重耐药菌株为109株(86.5％),其中耐2～3种的为9株(7.1％),耐5～8种的为76株(60.3％),耐9～ 10种的为17株(13.5％),耐11～12种的为7株(5.6％);三代头孢类抗生素CAZ、CTX,一代与三代喹诺酮类抗生素NAL、CIP、NOR,氨基糖苷类抗生素STR耐药率总体呈年份上升趋势;经Xba I酶切与PFGE后,126株甲副菌株获得14种带型,每种带型包含菌株数1 ～ 98株不等,相似度为64.10％～ 100.00％,PTYA1、6、9、10为其主要优势带型.结论 河南省登封市临床分离的甲型副伤寒沙门菌耐药状况比较严重,PFGE带型呈现多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性与聚集性.
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黑龙江省4个市肉鸡生产链中沙门菌分子分型研究
目的 了解黑龙江省4个市肉鸡生产链中沙门菌分子分型的情况.方法 参照美国CDC PulseNet实验方法,对2012年黑龙江省4个市肉鸡生产链环节中(孵化、养殖、屠宰和配送分销)分离到的沙门菌进行PFGE分型,利用BioNumerics软件对分离菌株的指纹图谱进行聚类分析并初步建立数据库.结果 4个环节中屠宰环节的污染为严重(13.84％).150株肠炎沙门菌和65株印第安纳沙门菌分别有89个和55个带型,带型存在多样性.肠炎沙门菌在不同环节或是不同地区具有相同的带型;印第安纳沙门菌在所有不同环节和地区没有相同的带型.HLJ2的肉鸡肠炎沙门菌污染已溯源到孵化环节的种鸡.结论 黑龙江省4个市肠炎沙门菌和印第安纳沙门菌的带型有地区差异,不同环节的优势带型各不相同.屠宰加工过程存在交叉污染,部分地区污染源可追溯到孵化环节.
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河南省2009-2011年伤寒副伤寒沙门菌分子分型与耐药研究
目的 分析2009-2011年河南省伤寒副伤寒沙门菌临床分离株耐药状况与PFGE分型特征.方法 根据PulseNet公布的伤寒副伤寒沙门菌PFGE分型操作规程与美国临床实验室标准协会(CLSI)沙门菌K-B法药敏测试方案,对2009-2011年分离自河南省监测哨点医院78株伤寒副伤寒沙门菌进行抗生素药敏测试与PFGE分子分型.结果 78株伤寒副伤寒沙门菌对8类13种抗生素均有不同程度的耐药,62株为多重耐药菌株(79.5％),其中耐2～3种4株(5.1％),耐5～8种41株(52.6％),耐9～10种14株(17.9％),耐11 ～ 12种3株(3.8％);菌株对头孢类、喹诺酮类等5类抗生素耐药率总体呈上升趋势.经XbaⅠ酶切与PFGE后,获得14种带型,每种带型包含菌株数1 ～ 47株不等,相似度为66.03％～ 100.00％.结论 2000-2011年河南省临床分离的伤寒副伤寒沙门菌耐药状况普遍比较严重,PFGE带型呈现多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性和聚集性.
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脉冲场凝胶电泳技术对成都市两起细菌性痢疾暴发的分型研究
目的 运用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和聚合酶链反应(PCR)技术对成都市两起细菌性痢疾暴发分离株进行分析.方法 利用PCR检测志贺菌分离株ipaH基因和ial基因.用PFGE对菌株进行分型,所得结果用BioNumeries V 4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果 所试54株分离菌ipaH基因均为阳性,48株为ial阳性.以Xba Ⅰ酶切后PFGE分型,崇州可分为4个带型,有26株型别一致,占实验菌株(36株)的72%,为优势菌株.自凉拌白肉中分离的菌株带型与优势菌株相同.大邑县可分为8个带型,有10株型别一致,占实验菌株(18株)的56%.崇州和大邑县的优势菌株带型差异较大.结论 利用PFGE能够有效地鉴别细菌性痢疾的暴发和传播来源.
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上海市1962-2011年霍乱弧菌表型特征及分子分型研究
目的 分析1962-2011年上海市霍乱弧菌的表型及分子分型特征.方法 采用WHO推荐的改良K-B纸片法,对222株霍乱弧菌进行11种抗菌药物(头孢曲松、强力霉素、诺氟沙星、环丙沙星、复方新诺明、丁胺卡那霉素、四环素、氯霉素、萘啶酸、氨苄西林、庆大霉素)敏感试验.以PCR检测霍乱毒素基因(ctxA)、小带联结毒素基因(zot)、辅助霍乱肠毒素基因(ace)、溶血素基因(hlyA)、毒素协调菌毛基因(tcpA)、外膜蛋白基因(ompU)和调控蛋白基因(toxR.采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对菌株进行分子分型,用BioNumerics软件分析电泳图谱.结果 222株霍乱弧菌经药物敏感试验分析显示,1962-1996年的菌株对多种药物敏感,2005-2011年的菌株对多种药物耐药.O139群耐药率明显高于O1群,O139群产毒株的耐药率比非产毒株高.毒力基因分析显示,1962-1996年霍乱患者来源菌株多为O1群产毒株,2005-2011年患者来源菌株多为O139群产毒株,水体来源菌株未检出ctxA基因,O1群水产来源菌株以hlyA+ toxR+ omp U+为主,占25.6％(11/43),O139群水产来源菌株以hlyA+ toxR+ompU+ctxA +ace +zot+ tcpA+为主,占76.1％(16/21).PFGE分析将222株菌分为121个PFGE型,O139群分为3个聚类,O1群分为5个聚类.结论 上海市霍乱弧菌随着时间推移表型及分子特征均发生了很大变化,耐药情况加重.
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山东省2013年致猩红热及无症状携带者A群链球菌分子分型研究
目的 描述2013年山东省致猩红热及无症状携带者A群链球菌(GAS)分子分型特征,探讨各分型方法与emm型别的关联.方法 自猩红热、无症状携带者咽拭分离获得GAS72株,利用emm、多位点序列分型(MLST)、超抗原(SAg)基因(speA、speC、speG、speH、speI、speJ、smeZ、ssa、speK、speM、speL)检测和脉冲场凝胶电泳(PFGE)对其进行分型检测.结果 72株GAS中,以emm1型(41.67％)和emm12型(56.94％)为主;共检出两种ST型别,其中ST28型31株(43.06％),ST36型41株(56.94％);ST28型与emm1相关(P＜0.05),而ST36型与emm12相关(P＜0.05);speA、speC、speG、speH、speI、speJ、smeZ、ssa的检出率分别为38.89％、95.83％、97.22％、38.89％、54.17％、41.67％、100.00％、100.00％,speK、speM、speL未检出;emm1型菌株倾向于含有speA、speJ,不含有speH、speI(P＜0.05);emm12恰好相反,倾向于含有speH、speI,不含有speA、speJ(P＜0.05);PFGE共检出20种型别.结论 2013年山东省致猩红热和无症状携带者中GAS型别分布较为单一,emm型别以emm1和emm12为主;ST型别主要为ST28和ST36,超抗原基因携带以speC、speG、smeZ、ssa为主.各分型方法间存在一定关联.
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北京市副溶血弧菌病原学和分子流行病学特征分析
目的 了解北京市副溶血弧菌腹泻病例分离株的病原学和分子流行病学特征.方法 2010年4-12月从临床收集散发腹泻病例2118份粪便标本,进行副溶血弧菌的分离培养、生化鉴定.阳性菌株进行血清分型；采用药敏纸片法对12种抗生素进行敏感性检测；用实时荧光定量PCR方法检测毒力基因tlh、tdh和trh；用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型.结果 2118份粪便标本分离出副溶血弧菌114株,阳性分离率为5.38％.114株副溶血弧菌分属于23种血清型,其中O3:K6为优势血清型,占63.16％.临床分离株对氨苄西林和庆大霉素产生耐药；对阿莫西林、头孢曲松、氯霉素、亚胺培南、萘啶酸和四环素等均具有较高敏感性.全部菌株tlh基因阳性；tdh存在于大部分菌株中,所占比例为93.86％；只有1株菌trh阳性.O3:K6型菌株tdh基因阳性率(98.61％)明显高于非O3:K6型菌株(85.71％)(P=0.0098).114株副溶血弧菌分成54种PFGE型别,72株O3:K6型菌株分成34种PFGE型别,带型分散,无明显聚集性.结论 北京地区感染性腹泻病例副溶血弧菌分离株以O3:K6型为主.毒力基因tlh和tdh携带率高,且O3:K6型临床分离株毒力更强.副溶血弧菌对多数抗生素均具有较高敏感性.PFGE结果提示北京地区流行的副溶血弧菌存在多克隆来源.
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河南省外环境中沙门菌流行特征和分子分型研究
目的 了解河南省外环境中沙门菌的分布,探讨外环境沙门菌的不同型别分布和同源关系.方法 采集动物粪便、生熟肉制品和厨具等各类标本4 488份,进行沙门菌分离培养、生化鉴定及血清学分型;对其中部分优势血清型菌株进行PFGE分子分型研究.结果 从18种标本中共分离出324株沙门菌,分离率为7.21％;分离株分属于39种血清型,优势血清型是肠炎沙门菌(24.07％,78/324)和德尔比沙门菌(20.37％,66/324).46株肠炎沙门菌经Xba I酶切后共分为12种带型,其宿主多来自于鸡宿主源;30株德尔比沙门菌Xba Ⅰ酶切后共分为17种带型,其宿主多来自于猪宿主源.结论 河南省外环境沙门菌血清型分布呈多样性,不同来源的沙门菌的血清型有一定的差异;同一克隆菌株在相同地区内流行.
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江苏省2012-2015年伤寒/副伤寒沙门菌耐药及分子分型研究
目的 回顾性分析2012-2015年江苏省伤寒/副伤寒沙门菌的耐药表型和分子分型特征.方法 采集江苏省伤寒/副伤寒监测病例的血液和粪便标本,分离培养伤寒/副伤寒沙门菌后进行生化鉴定和血清分型;采用Kirby-Bauer纸片法检测菌株对抗菌药物的敏感性;应用PFGE技术对伤寒和甲型副伤寒沙门菌进行分子分型.结果 134株伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌对萘啶酸的耐药率高,分别为61.2%和86.7%,其余抗生素的耐药率均低于15.0%.伤寒和甲型副伤寒沙门菌中只耐1种抗生素的菌株多,多重耐药菌在伤寒沙门菌中占2.6%,而在甲型副伤寒沙门菌中占13.3%.2015年伤寒沙门菌的全敏感菌株构成比较2012年增加了44.3%,同年副伤寒沙门菌中出现了耐5种和6种抗生素的多重耐药株.甲型副伤寒沙门菌可分为8种PFGE型别,多重耐药株与其他菌株条带相似性低,不同型别与耐药谱有对应关系;伤寒沙门菌可分为68种PFGE型别,不同型别间变异度较大,与耐药谱无对应关系.结论 2012-2015年江苏省伤寒/副伤寒沙门菌对抗生素的耐药性总体随时间降低,耐药种类数有所增加.伤寒沙门菌株PFGE带型呈现多样性,无耐药谱对应性;而甲型副伤寒菌株PFGE带型较少,有耐药谱对应性.需要加强重点地区重点型别菌株的监测.
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上海市山夫登堡沙门菌流行特征和分子分型研究
明,菌株存在遗传克隆的不稳定性和传播途径的复杂性.
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非O157产志贺毒素大肠埃希菌分离株脉冲场凝胶电泳分析
目的 对国内不同宿主来源的非O157产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)分离株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,以初步建立中国非O157 STEC菌株的基础数据库,了解其分子流行病学特征.方法 参照PulseNet非O157 STEC的PFGE实验方法对76株非O157 STEC分离株进行分析,并使用BioNumerics软件进行聚类.结果 在PulseNet推荐的电泳参数和内切酶XbaⅠ情况下,菌株酶切片段分布均匀,条带易于识别.76株非O157 STEC分离株产生62种PFGE带型,初步聚类为A～M 13个群,不同来源菌株的PFGE带型分布广泛,但均具有某些优势的PFGE聚类群.结论 国内不同来源的非O157 STEC呈高度多态性,PulseNet推荐的PFGE电泳参数和内切酶XbaⅠ适用于中国非O157 STEC菌株的分析.
关键词： 非O157产志贺毒素大肠埃希菌 脉冲场凝胶电泳 分子分型 -
艰难梭菌分子分型技术及其应用
艰难梭菌是一种专性厌氧的革兰阳性杆菌,能够产生肠毒素A和细胞毒素B,是导致假膜性结肠炎的主要致病菌,并能引起牛、猪等动物腹泻.2001年以来,艰难梭菌感染在欧美各国广泛流行,住院患者感染率在英国占15.0％、法国1.7％～6.4％、西班牙8.8％、加拿大17.0％、印度15.0％;在中国,由于开展厌氧菌培养鉴定的实验室很少,尚无确切的统计数据.
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扩增片段长度多态性分析用于霍乱弧菌分子分型的方法建立和应用评价
目的 建立霍乱弧菌的基于红外荧光标记引物的扩增片段长度多态性(AFLP)分型方法,评价脉冲场凝胶电泳(PFGE)和AFLP对霍乱弧菌的分型能力.方法 选择PFGE带型均不相同的47株霍乱弧菌作为评价菌株,建立AFLP对于霍乱弧菌的分型方法;确定操作程序后选择83株分离自1962-2005年11个省的霍乱弧菌,进行AFLP和PFGE对于霍乱弧菌分型能力的比较.AFLP分型方法采用了红外荧光标记PCR引物,利用LI-COR4300自动测序仪完成电泳、SagaMX软件对电泳图谱进行编辑.PFGE采用PulseNet提供的标准化程序.结果 AFLP用于霍乱弧菌分型时选择性引物携带碱基数为1,优引物组合为EcoR Ⅰ-G/Mse Ⅰ-T,AFLP分型实验的重复性达到99.2%.AFLP将83株霍乱弧菌分为52个型别,D值为0.9545;PFGE将此83株菌分为44种带型,D值为0.9251.结论 优化固定了AFLP对于霍乱弧菌的分型程序,重复性好;AFLP比PFGE具有更好的分型能力,能够用于分离菌株的分子分型.结合已成为实验室网络监测标准分析方法的PFGE,可对分离株做更细致的分型比较.
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脉冲场凝胶电泳方法在霍乱暴发溯源中的应用
目的 应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对不同类型的霍乱暴发事件进行分析,了解霍乱菌株的PFGE特征,追溯菌株的来源及其演变过程,探讨霍乱暴发流行的特点和规律.方法 采用限制性内切酶Not Ⅰ,对2003-2005年广州地区霍乱暴发疫情中41株霍乱弧菌进行PFGE分子分型,用BioNumerics Version 4.0软件(复选Dice相关系数和UPGMA方法)进行聚类分析,并与噬菌体-生物分型及致病相关基因分型方法作比较.结果 在霍乱暴发事件中,PFGE能有效地区分流行病学上密切相关菌株与无关菌株,与噬菌体-生物分型和致病相关基因分型方法相比具有更高的分辨能力.结论 PFGE分型可揭示人和环境分离的霍乱菌株之间的流行病学联系,为霍乱疫情溯源提供分子流行病学证据和支持.
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深圳市1993-2002年霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析
目的 分析深圳市1993-2002年霍乱弧菌菌株的相关性.方法 60株霍乱弧菌基因组DNA经Not Ⅰ酶切,通过脉冲场凝胶电泳获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析.结果 60株霍乱弧菌被分为39种脉冲场凝胶电泳图谱,聚类分析将大部分菌株分为A、B两群.结论 深圳地区霍乱弧菌存在紧密相关的流行克隆群.霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析,有助于霍乱的主动监测和传染来源追踪.
