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PTP抑制剂对VacA空泡活性的影响
近期在VacA的研究中发现,该毒素对多种生长因子(尤其是EGF)作用于胃粘膜上皮细胞的信号转导通路有显著影响,VacA对EGF诱导的受体蛋白酪氨酸激酶(receptor protin-tyrosine kinase,RPTK)自身磷酸化及随后一系列的信号转导过程有明显的抑制作用.国外学者已初步分离并克隆出胃癌细胞株膜表面的VacA受体,分子量大小约250kDa,氨基酸序列同源性分析显示该受体属于受体蛋白酪酸磷酸酶家族(receptor protin-tyrosine phosphatase,RPTP),RPTPT是细胞信号转导过程中与RPTK相拮抗的一类具有酶活性的受体,可导致多种信号肽的去磷酸化,从而减弱EGF等生长因子对胃粘膜上皮细胞增殖、修复的促进作用.
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日本血吸虫尾蚴(中国大陆株)表达序列标签的获取及同源性分析
目的了解日本血吸虫尾蚴cDNA文库中基因的基本情况,为新基因的筛选鉴定提供依据.方法日本血吸虫尾蚴cDAN文库中的噬菌体侵入大肠杆菌BM25.8后环化成质粒.筛选出已转入质粒的菌株.提取质粒DNA,用质粒上的一段测序引物序列进行一次性测序,得到一个表达序列标签(EST).通过BLASTx及BLASTn公共数据库经编辑分析的EST序列进行同源性比较.经过分析编辑后的新EST序列,以编写好的程序和E-mail方式递交,以获得GenBank登录号.通过对同源性比较结果的总结,对该文库的基本情况进行分析.结果与结论在测出的58个EST中有3个核苷酸序列与日本血吸虫已知基因高度同源,有2个核苷酸序列与曼氏血吸虫较高度同源,有7个EST的蛋白质序列与其他物种有较高同源性而核苷酸序列同源性很低,有27个EST的蛋白质及核苷酸序列同源性都很低.
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一株鸭乙型肝炎病毒DHBV全基因的克隆和序列分析
目的从本地樱桃谷鸭血清中克隆鸭乙型肝炎病毒(DHBV)DNA,并进行序列分析.方法用PCR扩增DHBV全基因,连接至T载体上,挑选克隆进行测序分析,与GenBank中16株DHBV全基因组进行同源性比较,并进行分子进化树分析.结果24-18与16株DHBV基因组比较,核苷酸同源性介于89.4%99.3%之间,各开放阅读框氨基酸同源性比较显示差异显著地方位于P区.结论24-18属于DHBV西方基因型中的一个亚型.
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链球菌感染中毒综合征17例临床观察
1 引言 1998年、 1999年夏季,江苏省海安、如皋、通州、泰县等地区发生成批生猪发病,数以千计的病猪死亡,同期与病猪密切接触者中有多人发病.经流行病学调查、临床观察、病原体分离鉴定、猪的人工感染试验及菌株 PCR指纹图同源性分析等,确定这是由链球菌引起的感染中毒综合征,为人猪共患疾病,人可由猪传染而发病、死亡[1].两年来我院收治了由链球菌引起的感染中毒综合征 17例.现报告如下.
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狂犬病研究进展
狂犬病是一种古老而又极其凶险、危害极大的人兽共患病.目前尚未得到控制,人们、社会、医学界对此十分关注.近年来随着科学的发展,特别是分子生物学和免疫学的进展对狂犬病病毒的结构与功能、基因的核苷酸序列测定和同源性分析以及发病和免疫机制、流行规律等都有了新的认识.狂犬病疫苗取得重大进展,狂犬病防制的理念、策略和措施也发生了深刻的变化,这些对狂犬病的免疫预防和控制将起重大作用.
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耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染监测及同源性分析
目的 监测院内耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylo coccus aureus,MRSA)的感染现状和耐药性,并与同时期院感监测标本中检出的MRSA一起做同源性检测分析.方法 对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)的临床分布及耐药性进行统计分析,并检测mecA基因的携带情况,比较耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)与甲氧西林敏感葡萄球菌(MSSA)的耐药率,同时采用肠杆菌科基因间重复一致序列(ERIC)-PCR方法对MRSA做同源性分析.结果 共检出金黄色葡萄球菌117株,MRSA检出率为63.2％(74/117).MRSA感染以呼吸科、泌尿外科、普外科的患者居多.MRSA在痰液样本中分离率高(25.7％),其次是伤口分泌物、脓液(17.6％)和尿液标本(14.9％).MRSA对常用抗菌药物有较高的耐药率,如氨苄西林(100％)、红霉素(83.8％)、阿奇霉素(82.4％)、诺氟沙星(82.4％)、环丙沙星(68.9％)、克林霉素(68.9％)、丁胺卡那(64.9％)、四环素(60.8％)、氯霉素(55.4％)、氧氟沙星(51.4％)、复方新诺明(39.2％)、米诺环素(25.7％)、利福平(13.5％)、莫匹罗星(2.7％),万古霉素、替考拉宁的敏感性为100.0％.MRSA对抗菌药物的耐药率明显高于MSSA,差异有统计学意义(P＜0.05).通过ERIC-PCR分型,将74株MRSA分成8个型,同型菌株多来源于同一病房.结论 MRSA对常用抗菌药物呈多重耐药性.MRSA对抗菌药物的耐药率明显高于MSSA.医护人员手、床单和医疗器械等导致的交叉感染,是引起MRSA医院内传播的主要原因.应严格执行消毒隔离措施,严格控制广谱抗生素的应用,加强医疗器械的使用和消毒管理,是预防MRSA院内感染的重要措施.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 抗菌药物 耐药监测 同源性分析 -
ICU院感监测铜绿假单胞菌耐药率和同源性分析
目的：分析2015年1－6月牡丹江市第一人民医院重症监护病房（ICU）检出的铜绿假单胞菌耐药率及其同源性，明确该菌在ICU流行情况，为合理的院感防控提供依据。方法采用Vitek-2 Compact全自动微生物鉴定仪对2015年上半年ICU通过不同途径检出的126株铜绿假单胞菌进行耐药性分析，根据脉冲场凝胶电泳法对所有菌株进行同源性分析。结果2015年1－6月ICU进行2次院感监测，从护士手、换药车及监护室门把手的物体表面检出4株铜绿假单胞菌且均为敏感株；110例 ICU住院患者中，共检出122株铜绿假单胞菌，其中在18例ICU住院患者中检出多重耐药株38株。38株多重耐药株及4株院感监测检出菌株同源性分析可以分为5组（A～E），以A、C、D 这3个克隆型为主，院感监测检出菌株均为B克隆型。4例患者检出多个亚型感染。结论铜绿假单胞菌感染形势在ICU比较严峻，院感监测检出菌株未存在暴发流行，住院患者间存在多克隆株交叉流行现象。
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爆炸伤患者分离鲍曼不动杆菌的耐药性及同源性分析
目的：分析爆炸伤患者临床分离鲍曼不动杆菌（Ab）的耐药性和同源性，了解Ab的耐药性特点及感染流行状况。方法收集爆炸伤患者临床分离的61株A b ，采用纸片扩散法测定菌株对常用抗菌药物的敏感性；采用脉冲场凝胶电泳分析菌株间的遗传相关性。结果药敏试验结果显示：61株A b呈现出高耐药率及多重耐药的特点，其对替加环素和米诺环素的耐药率低，分别为11．5％和48．0％。61株多重耐药A b共分为8种基因型：其中A型25株，为主要流行型别；B型10株、C型6株、D型4株、E型8株、F型为3株、G型4株、H型1株。存在较高的同源性。结论爆炸伤患者检出的Ab具有多重耐药性，可能在地区间存在以克隆株的形式播散，应该引起高度重视。
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重症病房耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌KPC基因检测及同源性分析
目的 对该院4个重症病房(重症监护病房、急诊病房、神经内科重症病房、心脏内科重症病房)分离到的耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)进行耐药性检测,并对耐药基因KPC基因进行检测和同源性分析.方法 收集2015年1-12月该院重症病房中分离出来的非重复CRKP 40株,用小抑菌浓度(MIC)法进行耐药性检测,采用 Hodge试验进行A类碳青霉烯酶的表型实验,聚合酶链反应技术(PCR)扩增KPC基因,产物进行测序分析,并对所有菌株采用ERIC-Ⅱ为引物进行同源性分析.结果 40株CRKP均呈现了较高的耐药性;Hodge试验阳性率为100.0%,耐药基因KPC共检出29株,阳性检出率为72.5%,测序结果为KPC-2型;同源性分析40株CRKP可分为7种类型:其中A型28株,占70.0%;B型2株,占5.0%;C型1株,占2.5%;D型1株,占2.5%;E型2株,占5.0%;F型5株,占12.5%;G型1株,占2.5%.结论 该院各个重症病房分离的CRKP主要耐药基因型为KPC-2,共有7个型,以A型为主,并且在重症监护病房以及急诊病房之间有流行性传播的趋势.
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PFGE、RAPD、Diversilab及MLST四种分型技术在 不动杆菌同源性分析中的应用比较
目的 比较几种分型技术在不动杆菌属同源性分析中的应用效果.方法 用亚胺培南和美罗培南体外筛选不动杆菌属碳青霉烯类耐药突变菌株,用核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA)进行分子水平鉴定,用PFGE、RAPD、Diversilab及MLST四种分型技术分析亲代敏感菌株和耐药突变菌株的同源性.结果 碳青霉烯类亲代敏感株和耐药突变菌株A RDRA结果一致,包含了基因组3型不动杆菌、2型鲍曼不动杆菌及13TU型不动杆菌.采用PFGE、RAPD、Diversilab、MLST 4种方法对菌株进行分型后,发现每个株菌的体外选择耐药突变株和亲代敏感菌株的同源性密切相关;RAPD和Diversilab的分辨力比PFGE差,亲缘关系相近的菌株不能被区分,pu53亲代敏感菌株及其耐药突变菌株与pu61亲代敏感菌株及其耐药突变菌株,PFGE显示2株菌间相差7个条带以上,无亲缘关系;RAPD和Diversilab DNA密切相关;MLST显示,与其他分型方法相比,表现为遗传背景一致的菌株具有相同的ST型,尽管基因组3型不动杆菌gpi PCR和gdhB测序或扩增失败.rpoD非简并引物对基因组13T U型不动杆菌和基因组3型不动杆菌扩增效果不好.结论RAPD和Diversilab适用于实验室快速同源性分析,两者区分不好的再选用PFGE和MLST.
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建立ERIC-PCR技术快速分析不同耐药性鲍曼不动杆菌的同源性
目的 建立肠杆菌科基因间重复序列引物PCR技术(ERIC-PCR技术)用于分析亚胺培南耐药和亚胺培南敏感鲍曼不动杆菌同源性,为判断医院内感染发生提供一种简便的新方法.方法 收集2018年3-6月江苏大学附属医院重症监护室患者痰液中分离的非重复鲍曼不动杆菌80株,其中包含50株亚胺培南耐药菌株,30株亚胺培南敏感菌株.使用细菌基因组DNA提取试剂盒提取细菌基因组DNA,PCR扩增菌株ERIC序列,Quantity One软件分析不同耐药性菌株电泳条带以判断菌株同源性.结果 50株亚胺培南耐药的鲍曼不动杆菌可分为6种基因型,其中多的一种基因型有24株;30株亚胺培南敏感的鲍曼不动杆菌可分为20种基因型,其中多的一种基因型仅有3株.结论 该院ICU来源的亚胺培南耐药的鲍曼不动杆菌的基因型较少,提示该菌株可能发生了医院内感染.ERIC-PCR技术简单、方便,可以快速分析鲍曼不动杆菌同源性,适合于在各级医院中推广.
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超声探头表皮葡萄球菌分子流行病学同源性研究
目的 对表皮葡萄球菌进行分子流行病学研究和同源性分析,探讨超声探头的传染源及传播方式.方法 收集不同时间、不同来源的表皮葡萄球菌菌株30株,随机抽取10株进行分子流行病学同源性研究.10株表皮葡萄球菌分别来自超声探头(3株)、普通感染病例(2株)、医院感染病例(2株)和超声检查前后病人的皮肤(3株).对上述菌株进行药物敏感试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,以了解各菌株间的亲缘关系.结果 PFGE分析结果显示:由检查前超声探头上分离的406号表皮葡萄球菌株与超声检查后病人皮肤上分离的408号表皮葡萄球菌株图谱一致,表现为DNA片段大小一致和数量相同的电泳图谱,从基因上具有高度同源性,为流行病学相关带型大小和数量相近的菌株.除上述2株外,其他各个菌株相互之间条带差异都在3条或3条以上,不来源于同一个克隆,这些菌株存在多种污染来源.结论 病原微生物可通过超声探头媒介而传播到被检查者的皮肤.超声探头是医院感染的一种传播方式,故严格执行消毒隔离技术, 实行探头在接触患者前后消毒等常规措施对减少医院感染有重要意义.
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多重耐药铜绿假单胞菌的两种同源性分析方法的比较
目的 以脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)为金标准,评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)在多重耐药铜绿假单胞菌(multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa,MDR-PA)同源性分析中应用的可行性.方法 收集陆军军医大学第三附属医院2017年1-12月重症监护病房住院患者分离的20株MDR-PA非重复菌株,利用VITEK MS SARAMIS软件对MDR-PA蛋白图谱进行聚类分析,同时对其进行PFGE同源性分析,并将两种方法所得的分型结果进行对比分析.结果 MALDI-TOF MS同源性分析结果与PFGE同源性分析结果比较显示,20株MDR-PA通过MALDI-TOF MS聚类分析将其分为三大簇(Ⅰ型13株,Ⅱ型6株,Ⅲ型l株),而依据PFGE分型结果则将其分为6种亚型(A型2株,B型3株,C型4株,D型3株,E型7株,F型1株),其中有C型和E型中具有相同基因型菌株间,其MALDI-TOF MS亲缘性关系也较近,而其余4种亚型菌株间亲缘性比较,发现PFGE分型结果与MALDI-TOF MS聚类分析结果不完全相符.结论 与PFGE同源性分析相比,MALDI-TOF MS同源性分析结果一致性不稳定,具有一定局限性,尚不能取代PFGE同源性分析.
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北京世纪坛医院亚胺培南耐药肺炎克雷伯菌院内感染流行病学调查
目的 探讨临床分离亚胺培南耐药肺炎克雷伯菌菌株间同源性关系及耐药菌可能的传播途径,为临床该类菌的传播控制提供依据.方法 常规进行临床样本采集及细菌培养;同时对ICU病房医护人员手表面及患者床旁物品表面采样并做细菌计数及培养;细菌鉴定及药敏测定采用VITEK-2 COMPACT全自动细菌鉴定/药敏分析系统;细菌同源性测定采用肠杆菌科基因组内重复序列聚合酶链反应(ERIC-rep-PCR)法.结果 2011年1月至2013年12月临床共分离到642株亚胺培南耐药肺炎克雷伯菌,菌株来源为ICU 389株(60.59％);呼吸内科72株(11.21％);神经内科53株(8.26％);心血管科41株(6.39％);外科31株(4.83％);消化内科11株(1.71％);肾脏内科5株(0.78％);急诊科17株(2.65％);其他科室23株(3.58％).ICU物体表面分离到1株亚胺培南耐药肺炎克雷伯菌.642株临床菌株中含8个主要克隆,该8个克隆菌合计394株,占全部菌株的61.37％,其余248株菌为单一克隆.结论 亚胺培南耐药的肺炎克雷伯菌在该院确实存在单克隆流行,接触传播可能是此类感染的传播途径.
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MALDI-TOF质谱在院内感染致病菌检测中的应用
目的：采用 MALDI‐TOF 质谱分析方法鉴定院内感染致病菌。方法同步使用 VITEK‐2和 MALDI‐TOF 质谱鉴定院内感染致病菌。从检测时间、鉴定率及检出数量进行两种方法的对比。将微生物大分子指纹图谱进行共性峰比对计算，获得院内感染致病菌株间同源性结构关系的差异。结果共检出31株大肠埃希氏菌、28株肺炎克雷伯氏菌及解鸟苷酸拉乌尔菌等罕见致病菌9株。 MALDI‐TOF 质谱检测能够在1 h 内检出所有的致病菌，且鉴定率和检出数量高于 VITEK‐2。结论致病菌的院内感染呈现科室为中心点源传播的模式。 MALDI‐TOF 质谱检测速度快、准确率高，能够进行临床耐药菌的聚类分析，有望成为致病菌鉴定和临床耐药菌风险监测工作的主要技术力量。
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无锡市第三人民医院烧伤科病房环境细菌与烧伤病员创面细菌的同源性分析
目的 对烧伤科病房环境细菌和烧伤病员创面细菌进行同源性分析,以判断是否存在耐药菌株的克隆性播散,为制定积极有效的消毒灭菌措施和控制感染传播提供依据.方法 医院烧伤科病房于2012年8月28日搬迁,对搬迁前后新病房水池、病床护栏、床柜台面、心电监护仪按键及输液泵按键进行自2012年8月28日-9月5日为期5个采集日的采样、菌落计数并做细菌鉴定,同时也对病员创面进行5个采集日的同步骤操作.利用ERIC-PCR对采集的主要类型细菌进行同源性分析.结果 在5个采集日内,烧伤科病房环境物体表面检出细菌数呈递增趋势,分离所得的20株鲍曼不动杆菌中18株的同源性为99.5％～ 100.0％,13株金黄色葡萄球菌中11株的同源性为100.0％.结论 病房环境和病员创面的检出细菌间同源性很高,存在一定的交叉感染途径,有可能会造成院内感染的流行.
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埃柯19型病毒的鉴定及VP1区基因特征分析
[目的]研究河南省埃柯19型病毒分离株VP1区基因特征.[方法]从2009年手足口病例标本中分离病毒,提取RNA并逆转录,应用VP1区特异型引物扩增VP1区全长基因片段并进行序列测定、系统发生树构建和核苷酸同源性分析.[结果]从2009年河南省手足口病人标本中分离出的肠道病毒,其中一株VP1区扩增成功,VP1区基因序列测定和同源性比较分析表明,该分离株为埃柯19型肠道病毒,且与山东省2009年分离株同源性高,达到97.3%,[结论]河南省手足口病原谱中存在埃柯19型病毒,并与山东分离株属同一分支.
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多位点序列分型技术在深圳副溶血弧菌同源性分析中的应用研究
目的 了解副溶血弧菌临床分离株的毒力基因、血清型及基因分型特征,探讨多位点序列分型(MLST)分型技术对其同源性分析的应用价值.方法 收集深圳地区2007-2014年食物中毒及医院散发病例来源的68株副溶血弧菌菌株,对其进行血清型、毒力基因分析.选择副溶血弧菌MLST数据库提供的7个管家基因,PCR扩增测序后采用BioEdit、eBURST等软件,对本次研究的68株副溶血弧菌进行MLST同源性分析.结果 68株副溶血弧菌共得到7种不同的血清型,优势血清型为03∶K6(47/68),其余血清型分别为04∶K8、05∶K68、04∶K13等.副溶血弧菌临床分离株94％为tdh+ trh-.MIST分型将68株副溶血弧菌分为5个序列型(ST型),ST3为优势序列型(55/68),其余4种ST型中的ST189与ST345构成一个同源复合体CC345,且ST189为ST345的单位点变异型.结论 深圳地区副溶血弧菌所致的腹泻病暴发疫情,其流行菌株ST型别多样化,疾病控制中需警惕非主流ST型别引起暴发可能.
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VITEK MS在快速检测食物中毒和菌株同源性分析中的初步应用
目的 研究VITEK MS对细菌性食物中毒样品的快速检测方法和效果,以提高致病菌检测效率.同时即时对检出的菌株进行同源性分析,以协助调查患者发生食物中毒的原因,预防食物中毒的再次发生.方法 针对疑似细菌性食物中毒的6份样品,增菌分离培养后使用VITEK MS进行检测,并使用VITEK MS附属的SARAMIS系统对检出的菌株进行同源性分析.结果VITEK MS共检出3株条件致病菌粪肠球菌(Enterococcus faecalis).同时SARAMIS系统通过质谱图进行同源性分析,表明3株菌具有高度同源性(90％以上).结论 VITEK MS用手细菌性食物中毒的检测简单快速,对单个纯菌落进行菌种鉴定具有很高的准确性.同时还可以进行同源性分析,及时为现场流行病学调查提供帮助,具有良好的应用价值.
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耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的SCCmec分型和耐药特点以及同源性分析
目的 对临床分离的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行葡萄球菌染色体mec盒(SCCmec)分型并了解其耐药性,同时结合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术对其进行同源性分析.方法 收集2016年鉴定出的100株MRSA,同时加做K-B法验证耐药表型.普通PCR检测mecA基因,多重PCR进行SCCmec基因分型,MALDI-Biotyper软件进行同源性分析.结果 SCCmec分型为:SCCmecⅡ型38株(38％),SCCmecⅢ型9株(9％),SCCmecⅣ型12株(12％),SCCmec Ⅴ型35株(35％),未分型6株(6％).同源性分析结果将100株MRSA分为MS1和MS2两大群,其中MS1又分为MSla和MSlb两个亚群.各型MRSA对替考拉宁、利奈唑胺和万古霉素的耐药率均为0,MS2群的MRSA对其他非β-内酰胺类抗生素的耐药率明显高于MS1群.结论 临床分离MRSA以Ⅱ型和Ⅴ型为主,多重耐药较为严重,MALDI-TOF MS技术可以准确鉴定金黄色葡萄球菌,结合SCCmec分型技术可以有效区分Ⅴ型社区感染菌株和Ⅱ型院内感染菌株.
